章士钊由提倡学西方转向主张回归传统，这是由三个因素造成的：第一，缺乏穿透复杂历史现象的观察力。20世纪上半叶有几个影响世界全局的历史事件：两次世界大战；1929年开始的世界经济大危机；苏联的出现及其计划经济貌似成功。章士钊面对这样的历史现象不能不驻足深思，努力找出原因和对策。1922年到欧洲，目睹尚未平复的战争创伤，耳聆对现行制度的强烈抗议，他的思想完成了又一次重大转折。他从欧战疑及资本主义。他说：“至于以工业立国者，则事事皆积极进行，故恒至生产过剩，竞争市场，推广殖民地，因此血战，前后相继。”与此同时，他断言：“盖文化者，与国民生活状况息息相关者也。一国生活状况枯涩纾促之度如何，即可以卜其文化高下真伪之度如何。知欧洲之情事者，可断言其资本之制不变，文化决无可讲。”欧战和战后的凄惨，从根本上动摇了章氏对资本主义的信心。这样的制度非变不可，而且要改变它的基础：“资本之制”。1929年开始的世界经济大危机，苏联精心渲染它的计划经济的“伟大”、“成功”，反差强烈，进一步震撼着中国知识阶层的思绪。
章士钊坦率说明他的农国论不是自己的创造发明。欧战爆发以后，被战争及其后果所震惊的西方思想家，正各抒己见，探幽烛微。章氏自己就说过：“以愚所知，今欧洲明哲之士，扬榷群制，思古之情，辄见乎词。如德之斯宾格勒，英之潘悌，其尤著也。”这些战后西方非主流文化给他留下非常深刻的印象。斯宾格勒的“西方没落论”固然是他立论的重要基础；农国论亦取自潘悌。他写道：“英伦群家潘悌之徒，倡为农业复兴之论，识解明通，无可辩驳”。惟一的保留是他认为西方积重难返，农业无法“复兴”；中国中毒未深，倒有希望“以农立国”。
章士钊出于文化民族主义情结在20年代在民族文化问题上讲了许多不切实际的大话。他说：“西化东渐者何也？乃欧洲挟其资本侵略之淫威，东临吾国，迫吾不得不放弃农治之本国……洎至今日，吾人弃礼义，毁廉耻，坏田园，鬻妻子，以求合于所谓西化者，仍不得一当。”他还讲，“须知中国文化实有其绝大之价值……家有敝帚，享之千金，我们何反轻视本国文化呢？”
章士钊为什么从早年的激进派转为保守派呢？章士钊是梁漱溟青年时代钦慕的人物之一，后来也经常来往。梁漱溟曾有一段评论：“行严先生在学术界才思敏给，冠绝一时，在时局政治上自具个性，却非有远见深谋。论人品不可菲薄，但多才多艺亦复多欲。细行不检，赌博、吸鸦片、嫖妓、蓄妾媵……非能束身自好者。每月用度不赀，率由其时其地秉政者供给之。”理解这段话，对章士钊何以前后期判若两人，很有帮助。
一生学术“三指要”
章士钊一生从事政治活动与学术研究，有专著二十余部，论文数百篇，诗词近五千首。他在从事政治、文化运动后，垂心于学术研究。在他长达7、80年的学术生涯中，主要从事逻辑研究、柳宗元研究和《论衡》研究。
1907年，章士钊始治逻辑于苏格兰大学。他晚年回忆：“就级之明日，有老儒至僦舍见访。接之，赫然斯学教授戴蔚孙博士也。博士弘识冲怀，锐意奖借。余得自意外，踊跃奋进。自是践履逻辑涂径，步步深入，兴会亦相缘而高。”西方Logic，我国原译为“名学”或“辩学”，日本人译为“论理学”。章士钊认为：“论理二字，义既泛浮，词复暖昧，无足道也。”名学或辩学，“亦惧不叶”。“皆不可用”。1910年，章士钊在梁启超办的《国风报》上发表《论翻译名义》一文，主张直接音译为“逻辑”。其后又在他自己办的刊物上阐述过这个意见。这一译名经过学术界的讨论和时间的考验，终于成为学者公认之名，至今还在沿用。
1918年，章士钊开始在北京大学讲授逻辑学。1930年，在东北大学讲授名理，“以墨辩与逻辑杂为之。”1938年，章士钊旅居香港，撰写《逻辑指要》。后在重庆出版。1959年，三联书店要出版“逻辑丛刊”，章士钊将旧著“躬自校勘一遍”，1961年《逻辑指要》发行。
章士钊指出；“寻逻辑之名，起于欧洲，而逻辑之理，存乎天壤。其谓欧洲有逻辑，中国无逻辑者，伪言也。其谓人不重逻辑之名，而即未解逻辑之理者，尤妄说也。且欧洲逻辑外籀部分，自亚理士多德以至十七世纪，沉滞不进；内籀雅理诸贤，未或道及。自倍根《著僚具经》，此一部分，始渐开发，逻辑以有今日之仪容。若吾之周秦名理，以墨辩言，即是内外双举，从不执一以遗其二。惜后叶庚绍元人，遂尔埋塞到今。”《逻辑指要》的最大特色就是章士钊所自述的：“为国人讲逻辑，仅执翻译之劳，岂云称职！本编首以墨辩杂治之，例为此土所有者咸先焉。此学谊当融贯中西，特树一帜。愿嚆矢，以待有志之士。”柳宗元《辨鬼谷子》云：“元冀好读古书，然甚贤《鬼谷子》，为其《指要》几千言。”
章士钊自述其研究柳宗元文的经过，“余少时爱好柳文，而并无师承，止于随意阅读，稍长，担签受学干外亦即携柳集自随，逮人仕亦如之，此集随余流转，前后亘六七十年。”“忆余初知柳文，年始十三，所得为一湖南永州刻本，纸质极劣，而错字反较少。辛丑冬（光绪二十七年），余馆江朱氏，以此本教其长女湘筠，解馆未携走，……越二十八年戊辰（民国十七年），余与江朱氏俱寓天津，……其女捧书交还……持归后一直相随至今，其眉朱墨填委，批抹罕不堪辨认。”
章士钊解释自己“爱好”柳文原因时说道：“尝读柳子厚《梓人传》，审其有以通逻辑之邮。”又说：“（柳文《说车》）文中举出两个例子：一遇阳虎日诺，一叱齐侯类蓄狗。之两例者，高低有天与渊之别，而子厚将之纳入同一范畴之内曰圆。……自有柳文一千余年，吾迄未见有人解得作者善用二律背反之矛盾通象，督责其至亲密友之杨诲之。”柳文合乎逻辑，因而倍受作为逻辑学家的章士钊爱好。
1949年以后，章士钊在北京编写《柳文指要》，分为上下两部。上部依照柳宗元集原文编次，逐篇加以探讨，包括评论、考证、校笺等，称为《体要之部》，“体要者，谓柳集本体所有事，必须交代清楚也。”下部按专题分类论述有关柳宗元和柳文的各种问题，如政治、文学、懦佛、韩柳关系等，称为《通要之部》，”上部成于1964年，下部成于1971年，均由中华书局出版。
《柳文指要》是章士钊长期研究柳宗元和柳文的硕果，这部巨著的以下几点最令人称道：
（一）章士钊在《柳文指要·总序》中说：“余平生行文，并不摩拟柳州形式，独求柳州文之洁，酷好《公》《谷》，又文中所用助字，一一叶于律令，依事著文，期于不溢，……余遵而习之，渐形自然，假令此号为有得，而余所得不过如是。”章老将柳文的艺术性归纳为“洁”和讲求运用“助字”（虚字）两点，这也是他一生学习柳文，进行创作的心得。
（二）对柳文的珠帘倒卷笔法，章士钊做了大量研究。他甚至说：“柳文中惯用此种笔法，如《送僧洽初序》种种，随处可见，读者若不懂得此一笔法，即算于柳集无所捅晓。”
（三）章士钊精心研究了柳文的画龙点晴笔法。他在《体要之部》卷十六《说·鏑龙说》云：“子厚于此类文字之结尾，每轻轻下一语，如画龙点晴然，以示警惕。若《永某氏之鼠》日：‘彼以其饱食无祸为恒也哉？’而本文则日：非其类而押其鏑，不可哉！‘志之壮，声之远，意之斩截，戒之显白，都表里于是。”
对柳文的三条评语，章士钊点明了柳宗元写小品文的两种笔法：一种是在文章的结尾处，用几个字作结论。这种笔法使用较多，如《谪龙说》、《罴说》等。另一种是在序中用一句话提纲，在文中用一句话作结，如《三戒》。后一种笔法包括了前一种笔法，后一种笔法是前一种笔法的发展。章老指出：柳宗元用这种笔法“以示警惕”，“使人知做”，这是柳文的思想性所在。
（四）章士钊研究柳文的重点是论证柳文的思想性和政治意义。章士钊反复揭示柳宗元立大中为准绳，善于持喻，论古箴今、托物言志等要义。他指出：“柳文不甚言道，而重言中。”除了在《体要之部》各卷随文诠释之外，又在《通要之部》卷《柳志》撰《大中》一篇，进行专题论述，其要点为：“柳文立大中为准绳，万变不离其宗”，“或单言中”，“或言中道”，“或用骈俪语，如中庸又如中正”，“抑或别加状物词如时中”。关于“中”，章士钊引用柳宗元《与杨诲之第二书》说明，即“夫刚柔无恒位，皆宜存乎中，有召焉者在外，则出应之。应之咸宜，谓之时中”一段话，认为“右数语，子厚自作中之解释，尤为通彻”。
（五）章士钊自己指明撰《柳文指要》目的，即“所三致意者，为文中之政治意趣也。《体要之部》一一揭出政治性强的、各种体裁的代表作品，如《体要之部》卷三《论·封建论》云：“子厚之论封建，不仅为从来无人写过之大文章，而且说明子厚政治理论系统，及其施行方法之全部面貌。”《天爵论》云：“子厚所为《天爵论》，可视为抗古箴今，双管齐下工作。”《时令论》云；“吾尝论子厚非薄当时礼制，而迹之差显明者，莫如《时令论》。”章士钊对这些政治性强的代表作品，进行了比较研究，分析透彻，他说；“子厚之政治理想，往往执持甚坚，遇题发露，不一而足。如《六逆论》篇中言任用者之道，此在《封建论》中已发其大凡，即所谓‘士大夫世食禄邑，以尽其封略，圣贤生于其时，亦无以立于天下’是也。此外《非国语·命官篇》，对晋文公树一义曰：‘官之命，宜以材耶？抑以姓乎？文公将行霸，而不知变是弊俗，以登天下之士，而举族以命乎远近，则陋矣。若将军大夫必出旧族，或无可焉，犹用之耶？必不出乎异族，或有可焉；犹弃之耶？则晋国之政可见矣。’此以视《六逆论》中远间亲、新间旧之驳义。”
章士钊偏爱柳文，又喜好王充《论衡》。他曾在《甲寅》杂志上宣布整理《论衡》计划，并设“通讯”一栏，与学者切磋。《逻辑指要》中引用《论衡》之处，触目皆是，如第三章《思想律》即引用《论衡》之《无形篇》、《书虚篇》、《实知篇》。《柳文指要》中还常以王充与柳宗元对比，如：“子厚之所谓偶然者，非子厚之创论也，王充著《偶会篇》，曾详哉其言之。彼《感虚篇》……惶不为灾之为偶然甚明。”“王充《论衡》，未见子厚稍一涉及，然而两家唯物论点，无形中适与暗合，《天说》其尤也。试取子厚所说，与仲任所论两两对勘，谓自汉逮唐，吾国唯物理论萌芽，实以此二人为中枢，应是天下方闻之士所公认。”等等，举不胜举。
综述，王充与柳宗元是章士钊最为景仰的两位古人，主要是《论衡》、柳文都合乎逻辑和具有唯物观点。相比之下，章士钊对柳宗元更为敬佩，所以先撰《柳文指要》，后撰《论衡指要》。遗憾的是，《论衡指要》尚未完成，章士钊就去世了。可以告慰的是，章士钊研究《论衡》的学术成果，已经被学术界重视。