五卅运动的爆发，是由于日本资本家和英国租界当局枪杀我国人民造成震惊中外的“五卅惨案”而引起的。马寅初对日本，尤其是“号称文明先进国”的英国的“惨无人道之行为”，感到非常气愤，但他不赞成国人应立即采取罢工、罢课、罢市的报复行动，认为中国在三罢斗争中虽可收获如全国一致对外之类的精神利益，却要以高昂的经济利益损失为代价。他虽赞成商人罢市，但以为罢市可暂不可久，久则影响中国进出口事业的发达和全国财政，为“自杀之道，幸勿坚持”。对于工人罢工，他更是反对。他对工人悲惨生活虽然非常同情，认为“中国之工人实有莫大之痛苦”，但他又认为，中国民族资本家“亦有同等之感觉”，“两者均有日暮途穷之叹。”要求工人与资本家配合，放弃阶级斗争，努力增加生产，使劳资双方都能增加收入。他说，“三罢”斗争虽可使中国收获精神团结的果实，“但精神是精神，不足与语乎经济上实在之财富。”劝告工人，若长期实行罢工，资本家和工人将同归于尽。目前只可学习印度，采取较温和的抵制英日货一法，暂时“含痛忍辱”，象勾践一样，奋发图强，待国力强盛后，再采取直接行动，“徐图后报”。
马寅初的这一观点与民族资产阶级上层态度是一致的。马寅初将适度保护关税主张引入抵货运动，提出“中国的抵制英日货，并不是抵制所有英日货，而是有选择、有重点地抵制，以制其咽喉。”他认为，我国要发达实业，有许多地方不能不借重外货，如进口苎麻、金属管及铅等，都是工艺上的必需品，若一概抵制，则中国实业将受巨大打击。那么，中国要抵制英日什么货呢？
马寅初认为，中国要抵制的是英日的一些基本实业，也就是说，是中国要保护的基本实业，要抵制英日货的目的也是抵制其基本工业品。如英国输入中国的商品，以棉货为第一，如若实行抵制，则英国的第一大布匹生产地兰开斯，必根本动摇。“倘我拒绝其货，势必陷兰开斯于万劫不复之地”。这种观点，实际上仍是为了维护民族棉纺织业资本集团的利益。为维护爱国进口商的利益，马寅初提出，中国虽然要抵制英日基本工业品，但并不是说英日的基本工业品无论何时进来，都在抵制之列。从保护中国商人利益和维护民族工业计，马寅初认为，对中国商人购进的英日基本工业品，不必都采用极端办法，而应有所区别，即“五卅”以前的英、日货准卖，“五卅”以后购进的，得受检查。这样的抵制，既维护了正当商人的利益，又打击奸商，从而获得中国正当商人的支持，这样的抵制就成功了。
五卅运动中，许多人把抵制英日货理解为与英日经济绝交，“有许多人主张经济绝交者，大概所谓经济绝交，即指抵制英日货而言”！所谓经济绝交，即既不允许其国生产之工业品进入中国，也不承认其在华厂商的合法性。持这种观点的不仅有共产党人，甚至连持保守观点的人也认为，“五卅惨案”的发生，是帝国主义加于中华民族全体的一大威胁，“我们要从根本上救济中国”，不仅要从取消不平等着手，还要“反对一切的所谓‘既得权利’”！
马寅初虽赞成取消不平等条约，但是，他强烈批评与英日经济绝交的观点，认为中国可以抵制英日基本商品，却不能拒绝与英日的经济联系。其理由包括：第一，若经济绝交，英商汇丰银行将收回所有拆款，钱庄必起大恐慌，影响中国金融。而日本将拒绝为东三省奉票作交易中介，如此，则东三省与津、沪之汇兑必先被判死刑；第二，若经济绝交，会遭英日反抵制。马寅初认为，若实行经济绝交，中国抵制英日，英日也将抵制中国，“你所有的，固可一概拒绝；你所缺的，他们未见得肯供给你。”在抵制英日货上，马寅初认为美国对华利害关系，“不若英、日之切也。”因此，中国可以进口美货，用联美的办法抵制英日。这中间虽有利用帝国主义国家之间的矛盾，争取外援之意，但这也表明，马寅初又回到联络某一帝国主义国家反对另一帝国主义国家的老路上去了。马寅初认为，对日经济绝交，既是一对外问题，也是一对内问题。由于中国“内政不修明”，对外自然“无经济绝交之可能”。东三省与上海、天津间汇兑，为何必须依靠日本银行的金票？就是因为东三省的奉票系用来充当军饷，以致愈发愈多，在当地不兑现。只得转经日本之手。
因此，马寅初得出结论，在今日而言抵制英日货则可，若“谓经济绝交，太不自量其力。”正因为害怕工人的罢工斗争会危及民族资本集团的利益，更由于害怕西方资本的反抵制，马寅初在取得列强同意召开关税会议等条件后，赞成上海总商会牺牲工人的利益，首先退出“三罢”斗争。由于民族资产阶级上层的退出，五卅时期全民反帝统一战线遭到破坏。为保存力量，中国工人阶级在中国共产党领导下，在取得部分经济利益后，也陆续复工，马寅初以抵制洋货代保护关税的尝试同其依靠北洋政府收回关税自主权一样，再次失败。
马寅初从保护民族工业的目的出发，就中国缺乏关税保护的现实，提出了以抵制洋货代保护关税的思想。这些思想，显示了马寅初对发展中国民族资本集团的良苦用心。但是，由于中国民族资本集团与西方资本间千丝万缕的联系，使马寅初不敢也不能提出彻底的反帝要求。不仅如此，马寅初从保护民族资本集团的利益出发，特别害怕在罢工斗争中中国工人的阶级觉悟，因此，他处处要求中国工人阶级忍受民族资本家的剥削。当中国工人的反帝斗争波及民族资本集团的利益时，马寅初不惜赞成民族资产阶级上层退出反帝统一战线。但是，正如廖仲恺所说，不依靠人民从根本上打倒帝国主义，中国不可能收回关税自主权，民族资本主义是没有发展前途的。“中国产业界上，无论有甚么高深的学问的人才，化学、工业、矿学等等研究无论那样精深，资本无论那样巨大，皆不能有所作为。”！由此也注定了马寅初以抵制洋货压迫西方同意中国关税自主尝试的失败。
忧国忧民的经济学家
抗战时期，国民政府实行法币政策和通货膨胀政策，致使币值极不稳定。于是，马寅初提出了稳定币值的经济理论，即货币发行应以维持货币流通规律为限。为了稳定币值，他认为国民政府应采取收缩法币、不滥发纸币以及对发国难财者收取重税等措施。尽管他的这些见解和主张受到了国统区人民的拥护和中国共产党的支持，但并不能真正解决战时经济条件下国民政府的财经问题。
1935年11月3日，国民政府颁布《民国廿四年十一月实施新货币政策命令及章程》，开始在全国进行币制改革。其主要内容有四个方面。一是集中钞票发行权，宣布“自本年11月4日起，以中央、中国、交通三银行发行之钞票为法币，规定其他银行不再享有发行权，逐渐收回正在流通的纸币，并停止使用。”二是规定法币为“无限法偿货币”，国内“所有完粮纳税，及一切公私款项之收付，概以法币为限，不再行使现金。凡银钱行号，公私机关或个人持有银币生银等类者，应即兑换法币使用”。三是废除银本位制，全部白银收归国有以充作法币准备金。四是规定法币不予兑现，但可在指定金融机关无限制买卖外汇，法币与英镑实行固定汇价。
法币改革是我国历史上一次重要的币制改革。它的成功实施在一定程度上促进了商贸，推动了国内工农业生产，培养和增强了国力，因而在中国抗日战争中发挥了“长期效果”，而这种“长期效果”远比它的近期效果更为巨大，成为“增强抗战能力之最大因素”。
抗战兴起，国民政府实行通货膨胀政策。日军大举侵华，中国大片国土沦于敌手，国民政府财政的三大支柱即关税、盐税、统税也因此严重亏损。国民政府虽采取了一些补救措施（如推行各种直接税、改订收支系统、把田赋营业税等赋税收归中央、实行田赋征实、消费品专卖等政策），但仍无法解决战时巨大的财政赤字问题。为弥补战时亏空，国民政府乃发行大量法币妄图补救。当时国民政府已准备不负责任地搞不兑现的法币“空投”。1939年1月，国民党召开五届三中全会，认为：抗日战争中军政的需要，必须收买大量物资，必须使用大量货币，因而需要大量法币，而且，军事费用更需要以法币来满足。1939年9月国民政府公布《巩固金融办法纲要》，公开修改法币准备金办法，把实施法币政策时所规定的法币准备金限于金银与外汇两项，再扩大至短期商业票据、货物栈单、生产事业之投资三项，并把国民政府发行的公债充作准备金。
从1937年6月至1941年6月为止的4年中货币发行额增加了16倍，而同期后方物价总指数也相应增长11倍。到1948年8月21日实行金圆券止，法币发行额竟然高达664万亿元，比抗战前夕增长了474万倍。之后，发行的金圆券比法币败得更快更惨。在1948年8月到1949年6月的10个月中，就膨胀了65万倍，在长达10余年的恶性通货膨胀中，国民政府增发钞票1400多亿倍，而物价上涨85000多亿倍。通货膨胀使全中国人民遭到空前浩劫，“人民被掠夺了价值159亿银元以上的财富”。
熟谙货币与经济理论的马寅初对国民政府法币政策和通货膨胀政策洞若观火，很早就预见到这些政策将产生祸国殃民的严重后果。所以，他自抗战爆发时起便一直热忱鼓吹稳定币值。他指出：发行法币之多寡，应以维持货币流通规律为限。“考货币之功用，为媒介交易，故交易多时，货币应多发；交易少时，货币需收宿，能发而能收，方能尽货币之责任。今日我国发行之法币，既因抗战之需要，陆续流出，所购买之物资则烟消云散，化为乌有。社会之物资不但不增加，反日见减少，即交易之数额，日见其少，而政府增发之纸币，依然流通于社会，能发而不能收，物价安能不涨？”马寅初认为，要抗战必须稳定法币，要建国亦需稳定法币。他在论述西南建设与法币的关系时，就曾强调：“要建设西南，非先稳定法币之价值不可，倘法币长此下跌，毫无稳定希望，建设几无从谈起。”
马寅初严肃地指出，靠发行纸币来解决中国的财政问题，必将造成严重后果。其元气之断丧与恢复之困难，比德国第一次世界大战后尤为严重。同时，政府若靠发行纸币的方法吸收民间资本，贫民的损失较富人为重，实在太不公平。因此，他说：“发行纸币实即从人民手中取去一部分物资，与加税无异，不过方法不同罢了。”马寅初认为，发行纸币，法币贬值，物价必将高涨；物价高涨之结果必将招致商人囤积居奇；囤积居奇必然造成物价的进一步高涨。一方面是市场商品奇缺，一方面是物资的积压，普通民众深受其害，人心必将恐慌，也将严重影响抗战前途。囤积居奇必须取缔，但取缔囤积居奇，物价是否能得到解决呢？马寅初指出：“囤积居奇者非物价高涨之独立原因，乃为物价高涨之结果。……在平时经济言之，囤积原系一冒险行为，既须能耗大量之利息，加以保险需费、储藏需费，毁损在所不免，使无获利把握，谁愿为之。谁能使其获利，非消费者之需要乎？因消费者在任何价格之下皆愿购买其所欲买之货物，此商人之所以有恃无恐也。”
他还一针见血地指出：“造成囤积货物之根本原因，在法币价值失去保障。法币价值何以失去保障，则以法币之数量不断增加故也。故欲安定人心，平定物价，最妥者须能收缩法币，则收效必宏。法币既收缩，物价无增高之患，囤积之风自可免去。”马寅初在《提议对发国难财者开办临时财产税以充战后之复兴经费》一文中指出，滥发纸币所造成的种种危害，还会给将来的经济和建设带来困难，德国就是一个例子，战后德国经济的复兴是建立在人民极端痛苦之上的。他说：“殊不知其间德国人民所经过之痛苦，非短篇文字所能描写。……使今日吾国之法币，继续增发至于滥，五年之后，即仿德国之方法，将法币一笔勾销，换发一种新法币，其谁能堪？中国人民能遵守奉行乎？政府尚能维持不坠乎？全国人民破产尚能实行抗战后之经济建设乎？故战后复兴工作之第一步，必竭尽心力恢复货币之信用，减少其数量，扩大其用途，双方并进，务使法币对内对外之价值稳定，然后扩大生产事业，从事各种经济建设，如因事业扩大而流通之筹码不足，再行增发纸币以应其所需亦未为晚。”
马寅初认为，要使法币稳定，并支持伟大的民族战争，必须“请发国难财的人拿出钱来收回纸币不可”，“我们看吧，在前线拼命的，都是下层阶级，……在后方出钱的，又是一般中层阶级。总括起来说，我们的抗战，中等人出钱，下等人出力。至于有钱的上等人呢？既未出钱，又未出力，反而发了国难财。要铲除这种阶级性的不公平，便要大家均等牺牲，便要彻底实行‘有钱出钱，有力出力’的基本原则。也就是说，非实行我的主张，请发国难财的人们拿出钱来不可”1938年5月，他在重庆提出征收战时过分利得税的主张。他说：“战时过分利得税，重在‘过分’两字。故战时过分利得税，只对因战争而获得意外收入的事业征利得税。”1939年，他在一次立法院的会议上又正式提出提案，要向发国难财者征收“临时财产税”，作为抗战经费并要求从孔祥熙、宋子文等开始征收。马说：“‘临时财产税’，英语称为：capitallevy，直译之应称为资本捐，是一种应非常之手段。‘临时财产税’不以财产的收益为税源，乃征收人民财产之一部分。在国家存亡危急之秋，人民所贡献于国家者，不外力与财，所谓有力出力，有财出财，无产者既尽其力，甚至流其鲜血以卫国，则有产者牺牲一部分财产，亦在情理之中。”他指出：“征收临时财产税，美英诸国在战后都采用过，是收效甚宏的一种办法。所以我再次提议对发国难财者开办临时财产税以充战后之复兴经费。”在立法院会议之后，他又把自己的主张于1940年7月10日，分别写成《提议对发国难财者开办临时财产税以充战后之复兴经费》、《对发国难财者征收临时财产税为我国财政与金融唯一出路》两篇文章，在国民党立法院主办的一个名叫《时事类编》的刊物的特刊第54、57两期上发表，还四处发表演讲，并撰文在香港的报纸上向社会呼吁，必须从速对发国难财者，开办“临时财产税”。