对于北大历史上蔡元培校长开始一直提倡的“兼容并包、学术自由”的传统，许智宏认为不能生搬硬套。他一直跟很多老师跟同学讲，绝对不可能把这种东西引导，譬如像管理上来，北大的管理如果也是这样的话就一团糟。他说：“作为大学的民主，我们肯定需不断发扬大学民主，譬如说管理，鼓励我们的教职工，我们的同学对学校各方面的工作提出意见。但并不见得你提了意见我一定要听你的，学校它有一个总的结论，最简单的譬如讲，去年我们学校西边有个门要开，有同学赞成要开，有同学要关，那总归有个决策。作为决定者，要怎么开怎么关，总会有人管。北大几万人不可能每个事情都统一。……作为一个大学，大家可以发表意见，但最后终归有一个意见。”
为了让学校的决策公开化，许智宏在网上有一个校长信箱，而且他的回信和别人的来信北大师生都可以看得到。许智宏觉得这是一个渠道，可以听取一部分同学的意见。他知道了这部分同学对学校的工作的主要的意见，就可以督促有关行政部门应该注意点，看看学校应该在哪个方面进行改进。
许智宏认为名校必须有名教授，如果大学里面没有一批很能吸引学生的教授，是不能成为名牌大学的。北大能够成为名校，是与有过一大批学问做得非常好课也讲得非常吸引人的教授密不可分的。他说，“我在北大做学生时经常听名教授给我们讲课，那时学校提倡名教授上各系的基础课，所以现在都记忆犹新。他们的形象，他们的风度和风格都不一样。”“现在北大部分教授中有种轻教育、重科研的倾向。而我们学校最重要的产品是人。如果我们不能把最好的学生培养成材，我们的教育便是失败的。在现代教育中，教师的作用是无形而巨大的。如果一个大学的教授讲课都没人爱听，这个大学还叫什么大学？”“以前有学生抱怨，在校4年没听过知名教授的课。而一些教师评上了教授就没动力了，或者不安于本职工作，精力外流。北大实行岗位分级后，很明显的变化是知名教授比以前更多地给学生讲课，尤其是基础课。这对学生来讲是件大好事。”
对于北大教师，许智宏认为每个教授都应该有他自己的讲课特色，重要的是要有新思想、新知识。他说：“比较教育学专家认为，美国的强大和它的教育体制的先进性有着极为密切的关系。它把教育自主权下放到每一个教育主体。所以每个美国大学都各有特色，各有专长领域，培养出来的学生也是万紫千红。而我国千百万中学生每年都读着一样的中学课文，做着一样的数学题，进行一样的物理化学实验，写作文是一样的格式，高考着同一样的试题。中国的教育缺乏个性。”许智宏认为学术著作“要有教师自己的思想（学术个性）在里面。经济学院的晏智杰教授的‘劳动价值论新探’观点很新，校外的出版社比较犹豫，最后还是由北大出版社出版了，引起了很大的社会反响。”
回首往昔，许智宏对曾经的艰苦与磨难有着更深层次的想法。他认为现在大学生中独生子女越来越多，优越的生活条件已经成为了一把“双刃剑”，年轻一代智商越来越高，但情商却普遍较低。他指出，“没吃过苦的人，在应付挫折和面对压力时，往往缺乏必要的心理准备。对于希望从事科学研究的青年人来说，更应有一种百折不挠的精神，因为在探索科学的道路上绝无平坦可言。而现代社会又是一个多变的世界，成功与失败不断地交替着，早上成功了，晚上可能就失败了。没有人知道明天会处在什么位置上，每个人都应具有心理上的抗震力。成功者指出，多数大富豪在学校时成绩平平，但他们却靠苦干和创意得以致富，这是情商重于智商的一个例子。”
他还认为：“现代的学生，就是智商也有问题，有偏差，不全面。”为此，他指出“我们的教育观念和教育体制必须变革，从小就要培养孩子们广泛的兴趣和对生活、对大自然的热爱以及对未来的向往。而我们的大学教育则要立足于培养通才而不是专才。如果一开始就把面弄得很窄的话，将来的发展余地就会很小。即便是读6年大学，也不可能对某个领域有十分专精的研究。更何况，一个人的最终定位也需要时间和实践。事实证明，狭窄的‘通道式教育’很可能制造出一大批‘在大千世界中找不到自己应有的位置’的学生。”他总结说，“现在是一个多学科兼容的时代，仅掌握单学科甚至一个学科中的某个侧面的知识，是无法取得真正的突破和开创性的成果的。”
许智宏还注重学生的人品教育。他指出“信用让天之骄子拥有‘第二身份证’。古往今来，诚实信用被各民族视作美德，而予以提倡和鼓励；对于背信行为及无信之人予以谴责乃至惩罚。同时，‘诚信’也构成近现代法律的一个重要原则。恪守信用的要求被如此高扬，就在于信用被视为人类社会文明赖以存在的重要基石，是经济生活和社会生活应该遵循的重要准则。在经济发达的诚信国家，被视作‘第二身份证’的个人信用记录，在老百姓经济生活中扮演着重要的角色。”“大学生作为社会上的一个特殊群体，即将或者已经直接或间接融入到社会经济生活中，助学信用贷款可能或即将成为某些学生的第一份信用记录，这张经济身份证可能对大学生的一生产生深远的影响。……大学生是一个素质较高的群体，培养大学生的个人信用对于提高全社会的信用观念有着重要意义。”
做领导肯定是要影响科研的，时间、精力都是有限的，同时两者又是几乎完全不同的两种心态。但许智宏仍然还坚持带研究生，他觉得这也是了解青年人心理（包括一些年轻教师真实的思想动态）和基层情绪的一个很好途径。他很喜欢利用各种机会接触了解青年学子。在他办公桌上有许多同学的来信，虽然他很忙，无法给每个人回信，但他至少要把每封信都仔细看一遍。基层的声音，往往是最真实、最赤诚的声音。
肩负历史使命
许智宏上任伊始先做了三个月调查，他花了不少时间与教职员工和学生们接触，对发展北大有了日渐清晰的思路。在他来前几年里，北大是在稳步发展中的。特别是北大百年校庆以来，北大人的心态有了很大变化，加之“211工程”，士气得到振奋。但作为中国教育界的一个“名牌”，北大还有很多问题，面临着很大的挑战，清华大学、复旦大学、南京大学、上海交通大学等一批高校都在努力奋进，“北大独领风骚的日子已经过去”。
他认为在新世纪，北大人需要冷静地考虑一下北大的未来。创建世界一流大学就是北大明确的目标。他在一篇文章中说：“纵观20世纪末的世界，几乎所有发达国家都有自己的世界一流大学。这些大学凭借着优厚的人才和科技优势而对本国的经济、政治、科技以及社会的发展起着重大的影响。创建世界一流大学，是我国经济和社会发展的客观要求。创建世界一流大学，对于推动21世纪我国的高等教育发展，对于我国社会主义现代化事业的发展具有重要的战略意义。”他说，“我们全校上下都要有一种危机感和紧迫感。”
美国斯坦福大学格哈德·卡斯帕说，评判一所大学的终极标准乃是其学术研究对人类幸福所做的贡献。北大与世界一流大学的一大差距便是学术成果上的“高精尖产品”不足。北大要创建世界一流大学，就必须把自己办成研究型大学，并在研究上形成自己的特色。许智宏认为，科研与教学要形成合力。他指出，“我们应该提倡双赢，科研单位与大学，研究人员与师生，发挥双方各自的优势。”许智宏就任北大校长后仍兼任中科院副院长之职，这本身正是一个象征，即大学与科研机构应保持和加强联系与合作。他说，“我希望不要把与科学院的关系中断，至少在北京做出一个样子，促进大学与科研院所的紧密合作，从而实现优势互补”。
一个领导不能做一个“孤独的看林人”。领导必须是一个善于“点燃”别人的人，像胶水一样善于把形形色色的人凝聚在一起。点燃部下的进取心，工作环境就能始终保持燃烧状态。许智宏的师弟、老部下，美国杜邦公司高级生物学家、实验室主任的朱群说过：“（许智宏老师）善于发动大家集思广益、形式活泼多样，非常注重对年轻人的培养。”在许智宏身上有一种亲和力，让人感到亲切，感到自在，感到自己很受重视，感到今天的阳光分外和煦。
北大是率先实行教授分级津贴制的学校。对此，有些人觉得高了点。许智宏认为实行收入改革的真正意义是更好地体现知识的价值，打破大锅饭的分配机制，运用经济杠杆更好地调动教师的积极性。他说，“其实，每年5万元的津贴并不是很高。北大计算机系的大学生毕业后去企业，不少人每月工资就达1-2万元，而我们的教授——他们的老师，最多的一年才5万津贴，加上工资也才6-7万元。”“虽然可能会有这样那样的非议，但这一步终归是要有人跨出去。北大已开始取消教授的终身制，实行聘任制，不合格的就不再续聘了。”“不能等，一等就把机会等掉了。人们都说清华做起事来雷厉风行，而北大则总是讨论来讨论去，一遇到反对（意见）就搞散掉了。”
他认为在学术上要讲究自由探索的民主，但在管理上还是要强调民主集中。领导者既要善于听取别人的意见，更要果断决策。北大的教学和科研，学科齐全，不少在国内外都有很高声誉，关键是如何发挥北大多学科的优势，站在时代的前沿。“总之，国家3年资助18个亿用于促进北大的学科调整；用于吸引更多优秀的青年人才，并为他们创造良好的工作和生活条件，以及学术氛围；用于促进体制和运行机制的改革，促进建立一流的管理体系。”
经过二十余年的艰辛努力，我国原有的建立在计划经济体制基础之上、以中央高度集权、政府部门办学和高度专门化的人才培养为特征的旧体制已经发生了根本性的转变，与社会主义市场经济和政治体制相适应、与国际高等教育发展与改革的总趋势相适应的高等教育新体制已经初步地建立起来。他说，“这些改革和发展为我国创建若干所世界一流大学提供了有利的环境和条件。也正是在这样的改革和发展过程中，我国政府明确提出了要建设若干所世界一流大学的目标，将这一目标作为科教兴国战略的重要内容，并以实际行动向世界表明，我们完全有可能和能够创建出世界一流大学。”
然而，尽管在过去二十年间我国的高等教育有了巨大变革，高等教育事业发展迅速，在进入二十一世纪之后，随着知识经济的不断发展，我国现代化步伐的加快和经济全球化趋势的发展，创建世界一流大学既面临着机遇，也面对着一系列重大的挑战。他指出，“这些挑战主要表现在下述几个突出矛盾的存在，譬如公众对高等教育的巨大需求与高等教育目前尚远远不能满足这种需求的矛盾；高等教育的发展与经费严重不足的矛盾；扩大高等教育规模与改善和提高教育质量的矛盾；地区之间高等教育发展严重不平衡的矛盾，以及我国高等教育的发展迫切需要大量优秀人才与发达国家对高等教育人才的激烈争夺的矛盾，等等。”
许智宏十分冷静地看到北京大学的发展现状以及与世界一流大学存在的差距，进行大刀阔斧的改革。首先，北京大学作为中国现代意义上的第一所国立大学，在过去二十年的改革中也发生了历史性的变化。她已由一所文理学院式的大学发展成为包括文、理、工、法、商、医等多种学科，集教学、科研以及社会服务为一体的综合性研究型大学。2000年初，北大首次与中科院结合，建立了中科院北大联合理论天体物理研究中心。2000年4月北大顺利地实现了与北京医科大学的合并，随后，正式成立了北京大学教育学院、新闻传播学院。北大还从国内外吸引了一大批优秀学者到校工作（其中包括长江学者30多位），通过产学研结合，在促进高科技产业化方面也取得了很大的发展，至今巳在信息技术、生物技术、新材料和环保等领域发展形成了几个具有特色的高科技产业集团，在我国高校中处于领先地位。
制定发展对策
许智宏认真总结了北京大学一个世纪的经验，探讨和研究了北京大学第二个百年的发展前景，为北京大学迈入世界一流大学开列了时间表。他说：“从1999年初开始，大体用17年左右的时问，即到2015年前后，将北京大学建设成为一所‘综合性、研究型和开放性’的国际公认的世界一流大学。”
许智宏一方面立下了宏伟目标。另一方面有看到了任务的艰巨性。他说，“我们应该看到，一方面我国尚属发展中国家，高等教育的发展水平还远落后于发达国家；另一方面，我们还面对着来自国际国内多方面的竞争与挑战。与世界一流大学相比，北京大学还有相当大的差距，面临着诸多现实问题。最大的差距是‘人’的差距。世界一流大学最大的标志实际上是一个‘人’宇。与世界一流大学相比，我们处于国际学术前沿的学科和有世界性影响的学者还不多。北大历史上曾有过一批国际知名的学术大师。这几年，虽然也引迸了一批优秀人才，包括长江学者，其中不乏有十分优秀者，也有很大的发展潜力，但他们要确定国际学术地位还需要时间，同时，我们也面临着国内外对优秀人才空前激烈的竞争。一流的大学应该有一流的科研。与中国其他的大学相比，北大是比较注重科研的，这也是北大能出一批顶尖教授的原因。但在教育科研方面与世界一流大学比，北大重大的创新性研究成果和对经济社会发展有重大价值的开发应用性成果还不多，科研工作比较分散，综合性优势未能很好发挥。”
确实，一流大学要有一流的人才和科研，但必须要有足够的资金投入。尽管近年来政府对北大加大了经费投入，并列人国家“2ll程”和创建一流大学计划，学校也多方筹资，但由于过去长期投人不足，历史上沉积的问题很多，与实际需求仍有很大差距。一流大学必须有一流的管理。没有一流的管理，也很难实现一流大学的目标。他说，“对于一个企业来讲，管理就是效益。而对一流大学来讲也是同样的。如果我们管理不善，国家已经投入的资金就不能发挥最大的效用。”