关于中国史学史学科建设的理论问题。他在《白寿彝史学论集·题记》中这样写道：本书所谓史学，主要是指史学史。像民族史那样，这是一门新兴的学科，更确切地说，是一门在树立中的学科。史学史的任务是阐述史学发展的过程及其规律，阐述史学在发展中所反映的时代特点以及史学的各种成果在社会上的影响。对于中国史学史来说，是要我们对本国史学作出系统的自我批评和自我总结。这是一个艰巨的任务，没有长期细致的工作是做不好的。我在四十年代初，因学校要开设这门课程，我开始试写讲稿，讲稿写到清末。六十年代初，我另起炉灶，重新写史学史讲稿，写到刘知几，因社会主义教育运动开展起来，没有能继续写下去。这一次的讲稿，在北京师范大学排印了，题作《中国史学史教本》。1983年6月，我开始写史学史的第三个稿本，在1984年12月完成了第一卷，题名《中国史学史》，由上海人民出版社出版。经过十年动乱，第一个稿本已不知弄到哪里了。第二个稿本虽只印了500本，但毕竟是印出来了，因而得以保存下来，并在相当范围内得以流传。现在的第三个稿本，虽在不少地方已与《教本》大不相同，但《教本》仍有可以参考的地方，还有不少章节是第三稿还没有写到的。对于第一个稿本，我们已无从得知其面貌。第二个稿本是《中国史学史教本》初稿，曾经作为教材在北京师范大学历史系使用过，并在国内广泛流传。它包含两篇十章。第一篇是“先秦、秦汉间的史学”，从“远古的传说”写到“战国、秦汉间的私人著述”，凡四章。第二篇有六章，从“司马迁”写到“刘知几”。《中国史学史教本》在学术上有两个方面的突出成就。其一是它把刘知几以前的中国史学发展的脉络梳理出了一个流畅的头绪。其二是它提出了一些新的问题，如“远古的传说”同史学的关系，怎样看待“原始的历史观念”“神意的崇奉”与“人事的重视”对于史学发展的影响，对“战国中叶以后诸子的史论”的概括，等等。第三个稿本是《中国史学史》第一册。这是白先生主编的六卷本《中国史学史》的第一卷，它包含叙篇和先秦时期史学两个部分。这两个部分在中国史学史研究领域，分别展示了全新的气象。关于先秦时期的史学，先生在第二个稿本的基础上又提出了新的认识，一是提出了“历史观点的初步形成”，二是提出了“历史知识的运用”。前者进一步强调了对历史观点的研究；后者则明确地提出了史学同社会的密切关系，从而进一步阐明了史学的社会作用和社会价值。本书的叙篇，是中国史学史学科建设的里程碑。叙篇论述了理论问题、分期问题、思想遗产问题和作者关于史学史学科建设的设想。这对于史学史学科的“树立”具有重要的理论意义和学术意义。它论史学的任务和范围是：“史学的任务是研究人类社会发展过程及其规律。它的范围可以包括历史理论、史料学、编撰学和历史文学。”它论史学史的任务和范围是：“史学史，是指史学发展的客观过程。我们这部书（按：指《中国史学史》第一册），就是以中国史学史为对象，按照我们的理解，对于中国史学发展的过程及其规律的论述。按照这样的任务，本书论述的范围，包括中国史学史本身的发展，中国史学在发展中跟其他学科的关系，中国史学在发展中所反映的时代特点，以及中国史学的各种成果在社会上的影响。”从这些论述来看，我们可以认为，中国史学史学科性质这一基本问题，得到了很明确的论证。这距离白先生发表《中国史学史研究任务的商榷》已有20个年头，上距梁启超提出撰写中国史学史的问题已整整60年了。
关于中国史学史领域中一些重大问题的提出与精辟分析。
第一，对史学遗产的高度重视和精辟分析。这是白先生史学史思想的一个重要出发点。白先生在1961年发表的《谈史学遗产》长篇论文，可以看做是作者关于史学遗产的一份“宣言”。文中论到了整理史学遗产“是一种有意义的工作”，并从史学在意识形态和现实社会关系中的地位、中国史学发展的规律、史学遗产中的重大问题同当前历史的关系等三个方面论证这种意义。文章对史学基本观点、历史观点在史学中的地位、史学工作的作用、史料学、历史编纂学、史学家和史学著作、史书体裁等七个方面的遗产作了精辟的分析。文章还就“精华和糟粕”“要百家争鸣”等问题发表了见解。这篇论文首次详尽地论证了史学遗产的重要性，反映了作者对于史学遗产同现实社会、历史研究、探讨史学发展之密切关系的认识。白先生后来的许多论著，如《中国史学史研究任务的商榷》（1964年）、《中国史学史教本》上册（1964年）、《谈史学遗产答客问》（1981年）、《史学概论》（1983年）等，都是从这篇论文发展而来的。
第二，科学地认识历史发展过程。1984年，白先生在讲“中国史学史上的两个重大问题”时指出：在新的历史形势下，“我们的史学史工作也应该甩掉旧的躯壳，大踏步前进，把新的史学史学科早日建立起来。”为此，他认为“有两个重要问题，是应该多下点工夫及早解决的”。他说的第一个问题，是对于历史本身的认识的发展过程，如，“是社会存在决定社会意识，还是社会意识决定社会存在？社会发展是有规律的，还是无规律的？群众是历史的主人，还是杰出人物是历史的主人？”等等，都是属于这一类问题。所谓规律，就是要通过对这些问题的研究和提升去发现，去概括。白先生举出《史记》《通典》《资治通鉴》《通志》《明夷待访录》《日知录》《文史通义》等著作，说明规律是可以被认识的。他尖锐地指出：“我们对于以上这些著作，在理论上的发掘很不够，对于历史本身的发展过程，缺乏总结，以致我们关于史学史的专书中的表述，显得内容贫枯。”白先生的中国史学史论著富于理论色彩和思想深度，皆出于探索规律的这一撰述宗旨。我们从这里可以得到两点重要启示：一是科学地认识历史发展过程，是认识史学发展的基础；二是对史学名著在理论上进行发掘和总结，是科学地认识历史发展过程的途径之一。
第三，全面地和深入地认识“史学的社会作用的发展过程”。这是白先生讲的两个重大问题之一，主要是指“史学的成果是否对社会有影响，史学家是否重视历史观点对社会的影响，以及历史知识的传播对社会的发展是否起作用？”白先生举出《诗》《易》言论和汉、唐史事进行论说，指出：“其实，在中国史学史上，这是一个老问题，不少古人曾经用言论或实践回答了这个问题，但在我们研究史学时，很少注意这个问题，甚至有时还觉得这是一个狭隘的、实用的问题，不愿理睬。我觉得，应该把这个问题重视起来，给它以应有的地位。”白寿彝先生认为，直到20世纪80年代初，关于中国史学史的著作，“有一个比较共同的地方，就是它们受到《隋书·经籍志》和《四库全书总目提要》的影响相当大，史书要籍介绍的味道相当浓。金毓黻先生的《中国史学史》和刘节先生的《中国史学史稿》，是两部比较好的书，但也似乎反映了它们由旧日的史部目录学向近代化的史学史转变的艰难过程”。白先生的这番话，指出了80年代治中国史学史的路径。关于上述两个重大问题，他的结论性意见是：“在中国史学史上，重要的问题不少，这两个问题，恐怕是当前更为重要的问题。在史学史的编撰上，一个史学家一个史学家地，一部史学名著一部史学名著地写，这可以说是必要的，也可以说是研究过程中再所难免的。但是否可以要求更高一些，要求更上一层楼，是否可以把这些以人为主、以书为主的许多框框综合起来，展示出各个历史时期史学发展的清晰面貌呢？这当然不容易，但总还不失为一个可以考虑的前进方向吧。”这就是白先生说的“甩掉旧的躯壳”，研究和撰写新的中国史学史著作的基本要求。
关于中国历史分期新认识观点的提出。作者通过《中国通史纲要》这部书在探索中国历史的进程及其特点方面，取得了许多新的进展，可以认为是具有突破性的创新观点。如对于中国历史划分阶段的看法，白寿彝先生提出了独到的见解，他从社会生产力的发展、阶级关系的变化、阶级斗争的发展、少数民族地区的发展和中外关系的发展等五个方面的因素把中国封建社会划分为四个发展阶段，并以此论证每一个发展阶段上的不同的特点；认为与此相适应的是地主阶级经历了由世家地主、门阀地主、品官地主到官绅地主的变化；同样，农民阶级也相应地由编户农民、荫附农民转变为佃农；认为封建社会的这一发展过程，在剥削关系上反映了国税和地租由统一到分离的发展过程，而这个发展过程同地主阶级的变化、农民阶级的变化、农民起义口号的变化、封建国家经济政策的变化，等等，是一致的；认为民族杂居地区和广大边区的封建化在中国历史发展中作用重大，也具有划分历史阶段的意义，等等。这些精辟的见解，多发前人之所未发，显示了他对于中国通史之研究和撰述的全局的器识与创新精神。
提出并论述了关于中国历史的一些重大理论问题，集中地反映在《中国通史》第一卷中。作为多卷本《中国通史》的导论，它的基本宗旨是：在历史唯物主义指导下，结合中国历史发展的史实，主要阐述如何认识中国历史的一些基本理论问题，《中国通史》在历史编纂上的理论依据和基本要求，中国历史与世界历史的关系。这些阐述，填补了历史理论研究与中国历史研究这两个方面的空白，有突出的理论创新意义。如：
——关于中国历史上的统一问题。认为统一的多民族国家是逐渐形成起来的，提出了统一的四个类型的论点，即单一民族内部的统一、区域性多民族的统一、全国性多民族的统一和社会主义的全国性多民族的统一。
——关于历史分期问题。认为分期问题的讨论不要局限于中原，要努力在全国范围内考察，应当从社会发展的不平衡的状态上掌握一个时期的整体性。提出了封建社会可以分为四个时期的见解，而分期的标准，应当考察生产力的发展、地主阶级身份的变化、农民阶级身份的变化、民族地区和广大边区的发展变化、中外关系的变化等综合考察的标准。
——关于地理条件与历史发展问题。提出了中国地理条件的特点及其与中国历史发展的关系的理论认识：地理条件的复杂性和经济发展的不平衡性，地理条件之局部的独立性和整体的统一性及其与历史上政治统治的关系，地理条件与民族、民族关系，地理条件的变化及其对社会的影响。
——关于生产者、科学技术和社会生产力问题。突出了直接生产者在社会生产力发展中的作用，提出了中国历史上的直接生产者在不同时代的不同特点；把科学技术作为生产力的一个方面看待，把科学技术和生产力问题作为中国历史之基本理论看待。
——关于生产关系、阶级结构问题。提出了封建社会中多种生产关系的并存、封建社会阶级结构的等级以及地主阶级在封建社会的社会矛盾中之居于主要的矛盾方面的论点，并把世家地主、门阀地主、品官地主、官绅地主视为封建社会中地主阶级变化的四个阶段。
——关于国家职能问题。全面阐述了国家职能，即国家不仅具有统治职能，还具有社会职能，认为简单地把剥削阶级掌权的国家看成是一无所取，是不符合历史情况的。
——关于中国通史编纂的形式问题。提出了新综合体的理论和框架，阐明了《中国通史》以序说、综述、典志、传记四部分结合而成的基本内容和主要优点，为中国通史编纂开创了一种新的形式。
——关于中国与世界关系问题。阐述了中国历史发展之连续性的两个主要方面：一是中国作为一个政治实体在其发展过程中未曾为外来因素所中断，二是中国文明在文化发展上也未曾有断裂现象。同时阐述了中国史在世界史中的重要性。
以上这几个方面，都显示了本书的理论创新。
4.关于中国民族关系史研究的独到见解
从20世纪50年代起，白寿彝先生关于民族史的研究开始逐步突破回族史研究的范围，转而涉及民族关系史研究中的一些理论问题。他撰写的《论历史上祖国国土问题的处理》（1951年）、《关于中国民族关系史上的几个问题》（1981年）等论文，提出中国历史上的国土疆域的划分与历史上的民族关系是密切联系的论点，以及用发展的观点、全面看问题的观点来考察中国民族关系史上的主流问题的论点，等等，引起了史学界的广泛重视。同时他还提出爱国主义思想教育要与民族史结合起来，既要反对大汉族主义，也要反对狭隘的民族主义的主张。
早在20世纪50年代初期，白寿彝先生就提出要把爱国主义思想教育和少数民族史结合起来的主张。他指出：“爱国主义思想教育和少数民族史的结合，不只可能宽广了爱国主义思想教育的内容，并且还深刻了、强化了爱国主义思想教育的内容。这一方面是通过爱国主义思想教育，而更加巩固了各族人民的团结；又一方面是由于各族人民团结的更加巩固，而大大提高了爱国主义思想教育的效果。所以，爱国主义思想教育方在展开的今日，把爱国主义思想教育和少数民族史的问题提出来，有完全的必要。”在他撰写的12卷本《中国通史·导论》卷第一章里，一个最突出的特点是肯定了各民族在创造中国历史中所占的位置，真正把通史写成了各民族共同创造历史的纪录。他认为，只有这样的理解和认识，才能更好地开展爱国主义思想教育。并从时代的要求出发，阐明了少数民族史研究是开展爱国主义思想教育的一个重要方面，也提出了要把握住爱国主义思想教育这个时代的主旋律，开展民族史的研究。