这时，大臣伍子胥谏争道：“不可赦越！吴与越，是仇敌互战之国。三江环绕，人民没有其他地方可去。有吴则无越，有越则无吴。员听说陆人居陆，水人居水。北方中原国家，我攻胜了不能居其地，不能乘其车；而越国，我攻胜了，就能居其地，乘其舟。现在是一次极有利的机会，不可失掉它啊！”此时的太宰伯嚭又发挥了他的作用，他对夫差说：“古之伐国者，服之而已。现在越国已臣服矣，你还要求什么呢？”又说：“子胥也是聪明一世糊涂一时，希望大王还是顺己所愿，不要被群小之口所约束。”文种到底没有看错伯嚭，他的说法不仅投合夫差“威而喜谀”的个性，而且也符合春秋战国时期的霸主所提倡的“存亡继绝”的王道善举。于是吴王道：“吾将许越成，而无拂吾意。”（《国语·吴语》）
子胥一听，更是着急，不管夫差反对，还是直言进谏：“不可许啊，大王！越国实在不是真心要与吴国和好，还不是屈服于我兵甲之强。越国大夫文种勇而善谋，他将玩弄大王于股掌，以达到他自己的目的。他本来知道君王你尚威好胜，就故意卑顺其辞，以放纵你君王的志向，使你醉心于攻伐中原诸国，而使自己受害，使我甲兵钝弊，人民离落，国力衰微。这样他就可以轻易地来灭掉我国，以报今日之仇。臣闻勾践守信而爱民，四方都归附于他。越国的稻谷年年丰收，日子长了，越国的力量也就强大了，就可以与我们为敌作战了。所以小蛇不灭，变成大蛇就难办啊！”哪知夫差听后哈哈大笑：“大夫奚隆于越，越曾足以为大虞乎？若无越，则吾何以春秋曜吾军士？”（《国语·吴语》），也就是说越国更不可灭了，如果没有了越国，我怎么向诸侯各国炫耀我的军事实力呢？
可惜子胥勇而善谋，忠诚又不失远见，但不善于投吴王所好，犯颜直谏，不讲策略，尽管他再次对吴王晓以利害，但吴王已不为所动，又加有拿人钱财、与人消灾的伯嚭从旁唆使：“现在越国已经名存实亡，也算是报了先王之仇了，还能要求什么呢？当初楚国害了您的父兄，您不也没灭掉楚国，反而答应楚国的求和吗？难道您自己要做忠厚君子，却要大王做刻薄小人吗？”于是吴王听从了伯嚭的话，终与越国讲和，罢兵而去。
尽管议和使越国付出了惨重的代价，接受了极其苛刻的屈辱条件：一是勾践及夫人和一些大臣要作为人质，到吴宫充当奴隶。（《国语·越语下》）载：“然后卑事夫差，宦士三百人于吴，其身亲为夫差前马。”说的就是这件事。二是越国投降后，其土地、人口应由吴国管辖，越不能擅自作主。以后吴国数次增封的土地，其实都是越国原先的疆土。三是越国要“虚其府库，尽其宝币”，全献给吴国。以后生产所得，吴国随时可以征调。四是越国要世世代代隶属吴国，不得有任何反叛的举动。其实最难做到是第一条，勾践夫妻不得不亲自到吴国伺候吴王，从事劳役；大臣随同做奴隶，如果没有治国良才，这不形同灭亡吗？但是无论怎样，越国毕竟得以保存下来，为越复国报仇创造了休养生息的机会，而且在议和的方式上也有值得注意的地方。据《国语·吴语》记载：“将盟，越王又使诸稽郢辞曰：‘以盟为友益乎？前盟口血未干，足以结信矣。以盟为无益乎？君王舍甲兵之威以临使之，而胡重于鬼神而自轻也？’吴王乃许之，荒不成盟。”“荒，即空也。”也就是说，只有口头协议，没有书面盟约。《左传》也说：“（哀公三年）三月，越及吴平。吴入越，不书。吴不告庆，越不告败也。”在越国战败几近亡国之时，居然可以“荒不成盟”，而且“吴不告庆，越不告败”，这充分表现了文种卓越的外交才能。
议和成了，夫差也罢兵而去，只遣王孙雒押着文种回越，催促勾践启程。因为按吴越约定，公元前492年五月，即勾践即位第五年，勾践夫妇必须入质于吴。夫差还让太宰伯嚭领兵一万，屯于吴山，勾践如若不来，即扫平越国。
勾践见到文种，不觉流下眼泪。文种表现得异常冷静，他回禀道：“五月中旬为期已迫，大王宜速速归去，料理国事，不必为无益之悲。”
勾践回到越都，见市井如故，很是惭愧。回到宫中，收拾了国中库藏，装成车辆，又选国中三百三十名美女，以献吴王及伯嚭。收拾停当后，对着诸大夫，不觉又垂下眼泪：“孤承先王余德，收国于边，勤恳敬业，不敢有丝毫懈怠。然不自量力与吴作战，夫椒一战，国破家亡，身为囚徒，此去有日归无日啊！”
群臣闻言，莫不悲切。此时又是文种上前劝道：“昔者，汤囚于夏台，文王系于羑里，一举而成王业；齐桓公奔莒，晋文公奔翟，一举而立霸图。天将降大任于您，必会让您先身处逆境，这样才能锻炼你、成就你。大王只要顺承天意，必有再兴之日，不必悲切。”意思是古之圣贤都遇困厄之难，不仅君王，只要顺承天意，必能东山再起。
勾践听从文种相劝，止住眼泪，祭祀宗庙，让王孙雒先行一日，勾践与夫人随后启程，群臣送之浙江。临水饯别，作为政治家的文种明白勾践的态度将影响越国的前程，于是上前祝词：“皇天保佑，前沉后扬。祸是德的预兆，忧为福的前堂。以武力威胁者将灭，服从上苍者得太平。大王虽然现在有所不幸，但以后就没有灾殃了。群臣在此离别，此情可感动上苍。请让为臣敬大王一杯。”
但勾践总是悲观，举杯垂泪，仰天长叹。文种又道：“大王德寿，无边无际。皇天保佑，神灵辅翼。有德能销百殃，明理能受其福。大王此去吴国，不久便当归越。请再喝一杯，以祝大王万岁万岁万万岁！”
勾践还是不能释怀，道：“夫椒一战，是孤之罪。幸蒙诸大夫之谋，得以保前王丘墓，今遭此辱为天下笑，无颜再见先王，还有何面目称王呢？”
此时群臣一起劝谏，大夫扶同道：“大王此言差矣。昔汤系于夏台，伊尹不离其身；文王被囚石室，太公不弃其国。成事在天，谋事在人。后商汤改换笑脸献媚于桀，文王假意服从而受宠于纣。但夏桀、殷纣却仗着自己的力量虐待二位圣人，结果只落到国亡身死的地步。所以说，商汤不以志穷而自伤，文王不因被困而悲哀，大王您现在屈己事人，为的是今后让人服您啊！”
范蠡也道：“臣闻：‘居不幽者志不广，形不愁者思不远。’古之圣贤都会遇到困厄之难，都会遭遇不赦之耻。身子虽拘但名尊，身躯受辱而声荣；地位卑贱而不妄自菲薄，身处险境也不当作是上天的不公。所以，大王厚道，上天一定会保佑你的，危时一过必是坦途，否极必定泰来。今大王虽在危困之际，怎知不是畅达之兆呢？”通过祸福相依、否极泰来的辩证关系来说服越王振作精神。
其实年轻气盛的勾践又何尝不想报仇呢。只是自己走后，国事交给谁来处理呢？议和事件后，他对文种比较信任，本想让文种陪着一同入吴，万一有什么事，也可商量，国事就交给范蠡，但范蠡却说：“四境之内，百姓之事，不违农时，五谷丰登，蠡不如种也。四封之外，敌国之制，与君周旋，随机应变，种亦不如蠡也。”说的是自己善于主外，而文种适宜主内。于是越王勾践又说：“从前尧任用舜、禹，天下大治。虽有洪涝灾害，但都不足于患。今孤将离越去吴，以国事牵累诸大夫。希望能各自陈述自己的才能，吾将把国事托付给他。”
大夫皋如道：“臣闻文大夫种忠诚并且善于谋虑，爱民如子，士都乐为所用。可委国于他，天道必守，群臣必服。”
大夫曳庸也说：“大夫文种是国之栋梁，君之爪牙。君王将国事交付于他，那么万纲千纪无不举者。”
范蠡又道：“主上可将国事委付于他，必使耕战足备，百姓亲睦。”
但精明的越王并不想把国政交付文种一人，便说：“诸大夫不弃寡人，孤甚感欣慰。文种可守国，但国事繁杂，并非一人就行，还有谁可随孤从难呢？愿大家能各言其志。”
文种也曾在达成和议时想过，要报仇雪耻，除了勾践夫妇要表现出事夫差的诚意，丝毫不能流露出半点怨言来讨好夫差，让其放松对越国的警惕外，还有一个人必须担负更重要的任务，即留在国内，安抚百姓，富国强兵，并周旋于吴越之间，使勾践得以早日回国。刚才听了众大夫的推荐，文种也自信自己的才能，现在又听勾践希望大家各自陈述自己的才能，也就当仁不让地向勾践表白：“在外修筑防御战事，在内修复耕战设备，开垦荒地，亲附百姓，这是臣的事。”意思是你走以后，国家大事我会帮着料理，外筑防御工事，内修耕战用具，开荒种田，笼络百姓。
范蠡也说：“追随国君，忍辱负重，往而必返，与君复仇，臣不敢辞。”也就是我会跟随大王一同患难。
在文种、范蠡的带头下，诸大夫纷纷表达自己的决心：大夫苦成说：“发君之令，明君之德，统烦理乱，使民知分，这是我的职责。”大夫曳庸说：“奉命出使，结交诸侯，出使不辱，解忧释患，这是我的义务。”大夫皓进说：“执行君令，忠诚不贰，刚正不阿，不徇私情，这是我该做的。”大夫诸稽郢说：“排兵布阵，破敌攻城，威凌百邦，这是我的任务。”大夫皋如也说：“抚慰百姓，吊死扶伤；勤俭治国，为君养器，这是我的事情。”大夫计然也说：“观察天地，研习历法，占卜吉凶，这是我的本分。”
越王勾践听得众大夫各抒其志，不胜感激，举起酒杯，对诸大夫说：“孤虽入于北国，实在是吴的囚虏。现有诸大夫怀德抱术，各守一分，以保社稷，孤还有何忧？”于是和范蠡登船而去，终不反顾。
勾践走后，文种挑起了一国重任。在总揽越国国政的三年期间，也是越国最危难的时期。当时越王军败身辱，遁逃上栖会稽，“国为墟棘，身为鱼鳖”（《吴越春秋》），已经到了山穷水尽的地步。况且现在勾践夫妇已为吴王臣仆，好友范蠡也已随侍勾践离越。然而，在危难关头，文种表现出了一个杰出的政治家的卓越才能，他为医治战争创伤，恢复生产，作出了不懈的努力。
在这三年中，文种每日焦思竭力，治理国政，恢复生产。他时时不忘对勾践所发的誓言，一面积极修筑边疆各防御工事，派将士守卫，一面又积极修复耕战用具，开垦荒地，鼓励耕种。凡农忙时节，一律由百姓自由支配，不夺民所好，不失农时，并减免赋敛，省刑去罚，于是百姓殷富。同时，文种还带领群臣亲自抚慰百姓，有喜的前去祝贺，有忧的前去慰问，亲民如子，于是百姓爱戴，于是国中皆有带甲之勇。具体的做法有：
首先，他能团结越国诸大夫共赴国难。三年前，凭一个小小的宛令投奔越国，应该说在越国他的资历是最浅的，但他仅用了三年时间就赢得了越国上下的认同，并一致被推举在勾践入吴期间总揽国政，除了他确有治国的真才实学外，更重要的是他能团结众人。他知人善任，除了范蠡跟随勾践入吴外，其余大臣各司其职：大夫苦成负责教化，以执行越王听命于全国的号令；大夫曳庸负责外交，以修睦邻友好；大夫皓进负责司法监察，无宽无纵，不枉不诬；大夫诸稽郢负责军事防御，以教民习武，固守边疆；大夫皋如则负责民政，以安抚百姓，积聚财力，为复国报仇打下基础；大夫计然负责阴阳四时气候，以使民耕不失时，收不失候。正是由于文种的知人善任，上下团结一心，很快使越国从战争的灾难中恢复过来。
其次，文种在极其艰难的条件下，领导越国人民恢复生产。战败以后，国破家亡，满目疮痍，为此文种做了大量工作。他首先注意让人民休养生息，据《国语·越语下》记载，文种“百姓之事，时节三环，不乱民功，不逆天时，五谷睦熟，民乃蕃滋”。就是说处理百姓的事情，大多在农闲时节，春夏秋三季的农忙时节不扰乱人民的劳作，不违背农时，使百姓能安心从事生产，这样使五谷有好的收成，人口也能够繁殖增多。另外，他还重视招抚流亡，开垦荒地，扩大种植面积，以增加粮食产量。《战国策·秦策》中说“大夫种为越王垦草邑，辟地殖谷，率四方之士，专上下之功”，《吴越春秋》也说“荒无遗土，百姓亲附”，都是文种实施招抚流亡，开垦荒地，以增加粮食产量的反映。经过一个时期的艰苦努力，越国经济得以逐渐复苏，人民生活也安定下来了，对于日后实现复仇计划起了很大的后援保障作用。
第三，文种还经常往返在吴越之间，通过给吴贡献玉帛、美女，贿赂太宰伯嚭。勾践夫妇及范蠡得以回国，除了范蠡与勾践的周旋，文种的进贡、贿赂、游说也是功不可没的。想勾践入质于吴期间，伍子胥几次劝吴王杀掉勾践，什么：“飞鸟在青云之上，尚欲缴微矢以射之。岂近卧于华池，集于庭庑乎？今越王放于南山之中，游于不可存之地，幸来涉我壤土，入吾梐梱，此乃厨宰之成事食也，岂可失之乎？”（《东周列国志》），意思是说飞鸟在天上飞，人们还想把它射下来，越王像一头野兽，已入我栏圈，成为我们刀俎上的食物，怎么能错失良机让它活命呢？不几日又说：“从前夏桀囚禁商汤而不诛，殷纣困系文王而不杀，天道还反，祸转成福。故夏为汤所诛，殷为周所灭。今大王既囚越君而不行诛，臣以为大王惑之深也。”还说：“臣听说王者攻伐敌国，克之则必诛杀其君王，以除报复之忧，免子孙之患。现在越王已困入石室，宜早早图之。否则必为吴患。”对于相国子胥的咄咄攻势，因为有受越国很多贿赂的太宰伯嚭帮着说好话，使勾践不但无生命之忧，且生活也不至于十分艰苦。就是范蠡策划的勾践亲尝夫差粪便之谋，也是通过太宰伯嚭得以实施，使吴王最终下决心赦免越国，他说：“越王弃守边之事，率其臣民来归顺寡人，是其义也；自己亲身为虏，妻亲为妾，不愠寡人。寡人有疾，亲尝寡人之溲，是其慈也；虚其府库，尽其宝币，不念旧故，是其忠信也。三者既立，以养寡人。寡人曾听相国而诛之，岂不负皇天乎？”三年为奴，终于得以返回，不能不说文种的贿赂政策起了关键的作用。
三年后勾践返国，文种率群臣及百姓拜之于道，开始了报仇雪耻计划。
越王听从范蠡的建议，即日立政，小心翼翼，出不敢奢，入不敢侈。苦身劳心，夜以继日。冬常抱冰，夏还握火。愁心苦志，卧薪尝胆。仍任用文种管理内政，让范蠡主持军务，并不时向文种询问治国之策。文种于是把他的爱民政策和盘脱出，他认为治国之策唯“爱民而已”，即“利之无害，成之无败，生之无杀，与之无夺”（《吴越春秋》）。具体解释为：不要夺取百姓所好，那么就有利了；不要使百姓失去农时，就有收成了；减去刑罚让他们生活下来；减少赋敛，多给百姓好处；不要建过多的亭台使百姓受苦，百姓自然高兴；让百姓静静地劳作，没有过多的烦事扰乱他们，百姓自然快乐。相反，“民失所好则害之，农失其时则败之，有罪不赦则杀，重赋厚敛则夺之，多作台游以罢民则苦之，劳扰民力则怒之”（《吴越春秋》），其结果是百姓离乱，民心相背，后果不堪设想啊！文种还告诫越王：对待百姓要如同父母之爱其子，兄之爱其弟一样，要关心他们的冷暖，要同情他们的劳苦。