耿精忠（？ ~1682年），为三藩之乱的参与者之一，耿仲明之孙、耿继茂的长子；耿家先世为山东人，被迁至辽东盖州卫。其祖耿仲明原为明朝毛文龙辖下参将，后向满清努尔哈赤投降，顺治初跟从多尔衮入关，1649年封靖南王。耿仲明死后，子耿继茂袭爵。1671年耿继茂卒，耿精忠袭靖南王爵。1673年闻尚可喜将撤藩返归辽东，耿精忠与吴三桂为试探朝廷态度亦具疏请求撤藩，康熙皇帝予以同意。吴三桂起兵造反时，招耿精忠共同起事，于是耿精忠自称总统兵马大将军，蓄发易冠服，与吴三桂合兵入江西，并且邀割据台湾的郑经由海道取沿海郡县为声援，一时兵势甚盛。耿精忠叛乱时，康熙命康亲王杰书、将军赖塔分由浙江、衢州征讨。郑经以耿精忠未遵守约定，径取漳州、泉州两地，并占据了厦门，收纳其降将。耿精忠率部与郑经部交战，屡次吃败仗。耿精忠见大势已去，于是降清。1680年郑经败回台湾，耿精忠请求入觐，康熙令三法司按治其降后尚蓄逆谋，系狱受审。1681年云南平定后，次年耿精忠被磔于市。
姚启圣因说降耿精忠和战功卓著，康熙皇帝拔擢姚启圣为福建布政使，同时率兵讨伐郑经。耿精忠的部将大多畏罪投降了郑经，郑经于是率部乘虚攻取了全部兴化、邵武等地。吴三桂骁勇善战的部将韩大任，世人称他为小淮阴侯韩信，奉吴三桂之命率部翻山越岭准备攻取吉安，被清军围了很久，因其援兵不至，被迫由江西突围进军福建汀州，他谋划着与郑经合兵一处。姚启圣认为：“是雄儿也，不可弃以资贼。”于是，姚启圣派人向其陈说利害，指明前途，“复单骑至其营，说降之。简其兵，得死士三千，厚养之，即以为亲军；汀州平”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五）。使韩大任归降了清朝。姚启圣说降韩大任，既使敌方少了一个能征惯战的骁将，又得到了骁勇的三千将士，成为姚启圣部队的生力军。“自大任降，而公之威名益盛。”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五）
韩大任降清后，入朝觐见，康熙帝因其是叛藩吴三桂旧将，留在内务府任包衣参领。康熙二十九年（公元1690年），随从康熙的舅舅、内大臣佟国纲征噶尔丹，在乌兰布通之战中，佟国纲在冲击敌阵时被敌方火枪击中阵亡。韩大任大惊说：“‘吾闻临阵失帅，兵家大罪。吾以叛逆之党，蒙恩不死。今岂可坐必死之律，复对狱吏乎？’因驰入贼阵，手刃数十人，死之。”（《清史稿·姚启圣传》卷260）
康熙十六年（公元1677年），姚启圣跟从康亲王杰书征战，接连收复邵武、兴化，夺取全部漳州、泉州被郑经占据的土地。郑经率部败退至厦门。
康熙十七年（公元1678年），郑经派遣其部将刘国轩、吴淑、何佑等又进犯漳州、泉州等地，海澄公黄芳世、都统穆赫林、提督段应举等率部与刘国轩等交战，战败，刘国轩等于是攻陷海澄、长泰、同安、惠安、平和诸县。同年康熙下诏擢姚启圣为福建总督，姚启圣于此时向清廷上疏，提出十条建议：
一是请调福宁镇兵会同八旗兵及浙江提标兵剿贼泉州，调衢州、赣州、潮州三镇兵剿贼漳州；
二是酌给投诚官兵俸饷，以安反侧；
三是愿自捐粮米，增募督标兵五千；
四是荐举浙江贤能文武官二十员，请令赴闽调迁；
五是增加籴谷一万五千石，贮备军食；
六是分兵防守要路，设站运饷；
七是请复设漳浦、同安两镇总兵官；
八是闽省经制兵旧有五万一千七百余名，请增设一万八千，俟贼平裁撤；
九是严禁管兵官以厮役冒占兵额；
十是申明临阵胜败赏罚格，以振军心。
清廷迅即作出反应：下议政王大臣议决：衢、赣、潮三路皆重地，未便征发，既增督标兵，毋庸复广通省兵额，余皆从其议。
姚启圣军力大增，同年七月，与海澄公黄芳世联军自永福进攻并收复平和、漳平。郑经部刘国轩等解泉州之围，进逼漳州，筑垒驻屯于蜈蚣岭。姚启圣率部将钟宝、张黑子等出战，将军赖塔、都统沃申等夹击，连破贼寨，斩其将郑英、刘正玺等十余人，刘国轩逃遁到海澄，姚启圣乘胜收复长泰。姚启圣因功晋级为正一品。同年九月，姚启圣又派遣其子姚仪率兵攻打同安，敌郑经军弃城逃遁，斩其将林钦等。不久偕同副都统吉勒塔布、提督杨捷等进攻海澄，在江东桥、潮沟击败刘国轩。
康熙十八年（公元1679年），刘国轩与吴淑、何佑等占据郭塘、欧溪头，欲断江东桥以犯长泰。姚启圣偕同赖塔、提督杨捷及巡抚吴兴祚等率部合击，大败刘国轩等，并先后招降郑经所设置的四百余名官吏和一万四千多士兵。刘国轩等复率万余人谋划着想夺取榴山寨，姚启圣与赖塔及副都统石调声等协同作战又予以击败，追击至太平桥、潮沟，斩首千余级。康熙十九年，会赖塔等攻海澄（今福建龙海）。时提督万正色先克海坛，姚启圣及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路并进，破十九寨；姚启圣别遣部将渡海，拔金门、厦门，郑经部将朱天贵投降，郑经退保澎湖，清军尽复所陷郡县：姚启圣被康熙晋封为兵部尚书、太子太保。康熙二十一年二月，叙克海澄、金门、厦门功，予骑都尉世袭，加云骑尉。
郑成功死后，全国大规模的抗清斗争渐趋平息，百废待举，人心思定，郑经为首的郑氏政权已成为制造国家分裂、地方混乱的割据势力。三藩之乱时，吴三桂、耿精忠遣使入台，联络郑经，郑经即刻响应，“猖獗海上”，一度占据潮州、漳州、泉州、惠丰等地，“杀掠所至，十室九匮”。“东南亿万户渔盐耕织咸失业。”（清钱仪吉《碑传集》卷十五）康熙最初因政治上鳌拜、三藩内患未平；军事上清军战舰不多、不习海战，又无法分兵，而对台湾采取“循于招抚，不事轻剿”的方针。郑经一方面“暂藉招抚为由，苟延岁月”，“整旅东平”，一方面坚持“如琉球、朝鲜例，不登岸、不剃发易衣冠”，拒绝招抚。双方谈谈停停，相持了十几年。在此期间，清方作出了极大让步，最后甚至不但同意郑氏世守台湾，岁时纳贡，通商贸易，而且认可郑氏不剃发、不易服。只要郑氏与世无争，与人无患，沿海生灵，永息涂炭。但郑经却得寸进尺，或要求以漳、泉、潮、惠四府交换，或提出以海澄为双方往来公所，或提出清方供给郑军粮饷。清方以“无此庙算（康熙从无此意）”，一直未能与其达成协议。
康熙二十年（公元1681年）以后，形势发生了变化。郑经病故，郑氏集团内乱。而清廷继除鳌拜之后，三藩之乱已平。康熙经过深思熟虑，决定“滇黔底定，逆贼削平。唯海外一隅，尚梗王化”。“经既伏冥诛，贼中必乖离扰乱。总督姚启圣，巡抚吴兴祚，提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合志，将绿旗舟师分领前进。”“速乘机会，灭此海寇。”“底定海疆，毋误事机！”对台方针彻底变化。
在这之前，群臣中曾就是否收复台湾有过大讨论。水师提督万正色奏：“台湾断不可取！”吏、兵二部奉旨会议“进剿方略”之时，“咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”。他们骨子里是以泱泱天朝大国自居——台湾远在海外，无足轻重，不宜轻启兵衅，无视国家领土的完整。在此之前，贝子赖塔曾给郑经一封书信，典型地反映了这种观点。信中说：
自海上用兵以来，朝廷屡下招抚之令，而议终不成。皆由封疆诸臣，执泥削发登岸，彼此龃龉。台湾本非中国版籍，足下父子，自辟荆榛，且眷怀胜国，未尝如吴三桂之僭妄，本朝亦何惜海外一弹丸地，不听田横壮士，逍遥其间乎？近三藩殄灭，中外一家，豪杰识时，必不复思嘘已灰之焰，毒疮痍之民。若能保境息兵，则从此不必登岸，不必剃发，不必易衣冠。称臣入贡，可也；不称臣，不入贡，亦可也。以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本，与世无争，与人无患，沿海生灵，永息涂炭。唯足下图之！
赖塔显然是秉承康熙之意进行的让步，但丧失了原则，绝不称康熙之旨。二十年来，双方争论的实质在于台湾的归属，台湾的归宿。康熙在实质问题上从未退后过一步。早在康熙八年（公元1669年）亲政之初，康熙便明确指出：“朝鲜系从来所有之外国。郑经乃中国之人，若因居住台湾，不行剃发，则归顺悃诚以何为据？”台湾“皆闽人，不得与琉球、高丽比”。
后来，康熙虽然有所让步，但坚决反对将台湾与朝鲜、琉球同例。既为封疆，寸土不让！表达出一种追求国家领土完整的观点。
姚启圣坚决主张收复台湾，当时在朝廷决策未定的情况下，致力于招抚工作。姚启圣在漳州开设“修来馆”，又称招来馆，专门处理郑军归降事宜。
康熙十七年（公元1678年），郑军刘国轩率军从厦门出兵，连克闽南平和、海澄等十县。福建沿海形势陡然紧张。鉴此，姚启圣上任伊始，首先到漳州视察战情，商议对付郑军之策。此时，曾跟随郑氏父子多年、在郑经手下担任过候补佥事道的黄性震（1638~1702年，福建漳浦县人，字元起，号静庵，自幼刻苦读书，胸怀大志，康熙年间弃郑归乡）在家乡经过冷眼观察政局的变化后，认为效力清廷的时机已到，于是谒见福建总督姚启圣，向姚启圣进献“平海条陈十便”，也就是“平台十策”。黄性震计策的核心是：“郑氏熟悉海上形势，台湾海外天险，实在难以用力。现在郑经沉溺酒色，儿子幼弱，诸将各怀异心。若能不吝官爵、金帛，诱致其党羽，收买其心腹，平定台湾就很容易了。”这就是所谓“兵法攻心”。姚启圣听罢大喜，认为这是陈平所以打败项羽的策略，而且要立即付诸实施。黄性震说，郑军接连打了几个胜仗，军威正盛，骤然提出招抚，难以奏效。应该等待时机，出奇兵收复几个要地，挫其锐气，然后抚而怀之。姚启圣采纳了黄性震的建议。
姚启圣在向清廷条上机宜十疏不久，便指挥清军出师。从康熙十七年七月起用两年左右时间，与他部清军联合向郑经军发动军事进攻，使郑军伤亡惨重，郑经军尽失所据有的大陆沿海，只有退保澎湖。
此时，郑军受到了清军的重重打击。黄性震才说：“可以抚矣。”根据黄性震的建议，姚启圣将漳州卫改为“修来馆”，并由黄性震主其事。“修来馆”颁布归降的各种不同赏格，凡自称来自郑氏军中的都延致优待；凡前来投诚的文武官员，不仅给予官服车骑，而且让其“车马仆从，炫耀街衢”，授予官职；对投诚士兵尊重其意愿，愿入伍者接纳入伍，愿归农者安置归农；入伍者拨给饷银，归农者发给田地和“牛种银”。结果，“至者如归，大喜过望”。黄性震还建议姚启圣，派人潜入台、澎做策反工作，筹备征台事宜，得以采纳。同时使用反间计，制造郑军将领、官员来降的舆论，使其“自相疑贰，来归者日众”。
公（姚启圣）笑曰：“吾但以贼攻贼，贼亡无日矣。”“会吴三桂死，其党退保云、贵，贼势益孤。”郑氏集团的“五镇大将廖疆、黄靖、赖祖、金祖、廖兴以所部降；郑奇烈、陈士恺继之；林翰、许毅等均被用”（全祖望《鲒埼亭全集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）。郑氏将士相率降清，“日数百人”（阮珉锡《海上闻见录定本》卷二），而海上郑军官兵投诚，“漳州实收十分之九”（《姚启圣题为安插投诚官兵开垦界外田地事本》，康熙二十年十月二十三日）。
“修来馆”对争取郑军官兵前来投诚起了重要作用。只半年时间投诚官员就达一千二百三十七人，士兵一万一千六百三十九人；一年之内郑军将士降者二万余人；仅自康熙十七年六月起至十九年六月二十六日止，除厚赏劝其解散归农外，“还有实在食俸官五千一百五十三员，实在食粮兵三万五千六百七十七名”（《姚启圣题为安插投诚官兵开垦界外田地事本》，康熙二十年十月二十三日）。据粗略统计，郑氏集团投诚人数前后达十余万人，大大削弱了郑氏集团的军事实力，瓦解了军心。姚启圣从投诚人员中拣选精兵强将二万余人充实水师，加快了收复厦门、金门的进程。为使投诚将士安心报效清室，不再与清廷为敌。姚启圣多次向康熙帝上疏谈及招抚之事，认为招抚不难，难于安插，更难的则是使安插下来的人能久远不变。他认为，对投诚人员要安其身心，必须切实做到官给俸，兵给饷，还要为投诚候选官寄凭至闽，请求康熙帝“准将现在投诚一百余员赐照旧例录用，寄凭至闽，则现在投诚者，自各欣欣向荣，而甘奔台湾者，亦乐归恐后矣”（《姚启圣题为请照旧例录用投诚官员事本》，康熙十九年四月）。
鉴于清廷对大量投诚人员无法长期提供俸饷，姚启圣建议使其归农，并就地安置，将界外土地给与屯垦，避免如以往将投减兵丁发往外省屯垦，这是最使投诚人员伤心的事，必将影响招抚工作，从而导致重新叛乱。金门、厦门已收复，在海外要地设官兵分守，界外土地由投诚人屯垦，官兵在外，投诚人员在内，不致生乱。这些投诚兵多是“前因迁其土地故走而为盗，后因发往外省令弃其故土而复为盗。今还其迁地，乐其故土，人人皆有安土重迁之思，田园地宅之恋，即迫之为盗亦不可得矣”（《姚启圣题为请将界外田地给予投诚官兵屯垦事本》，康熙十九年四月）。姚启圣将界外无主田地尽给投诚官兵开垦，为削弱郑氏军事实力，武力攻取台湾奠定了良好的根基。
由于姚启圣的招抚活动，使清、郑双方军事力量的对比发生重大变化。战场上，清军由被动变主动，复海澄、克厦门、取金门，节节胜利。金厦战斗后，清军将领拟议杀尽郑经部属，将其子女和钱财犒赏官兵。黄性震秘密建议姚启圣严令制止，姚启圣予以切实施行，使数十万人免遭劫难，对争取台湾军民归附起了巨大作用。康熙二十二年（公元1683年），清军仅用七天攻克澎湖，收复台湾，完成了国家统一大业。黄性震对统一台湾的巨大贡献。经姚启圣奏请，清廷授予他军功正一品。康熙帝特赐召见，宠赐蟒袍、宫缎，慰劳备至，并加官进爵。黄性震先后任山西按察司佥事、广西按察使司按察使、湖南布政使司布政使、大常寺卿等职。而姚启圣并不因为黄性震是郑经的旧部起疑心，果断地采用其建议，正确地加以实施，取得了空前的成效。显示了一个政治家的宽广胸怀和远见卓识。
招抚政策的成功，使郑氏集团军事实力大为削弱，台、澎兵力仅剩三四万人，统一台湾时机已经到来。
故施琅仅率水师两万多人，大小战船三百余艘，于海上击溃刘国轩率领的郑军主力，占领澎湖三十六岛，并以大军压境之势，迫使台湾郑氏集团归附清王朝。平心而论，在统一台湾过程中施琅军功为最；姚启圣备战招抚之功可谓至巨。结果是施琅授“靖海将军，封为靖海侯”（《清圣祖实录》，卷一百十二），姚启圣却“赏亦不及”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》），当年郁闷而死。
姚启圣督闽期间，福建局势严峻。