清朝初年，郑成功占据台湾与清政府对抗；福建沿海之地多是郑氏集团的军事势力范围。清郑交战，闽疆连年兵连祸结。“三藩之乱”时，福建，特别是沿海地区，如泉州、漳州、厦门等地，成为清军与耿精忠叛军、清军与郑经所部反复交战的地方，百姓惨遭兵燹之灾。东南沿海又有许多海盗山寇出没，往往也打着反清复明的旗号。清政府认为，郑成功的水师得力于沿海人民的支持和接济，清兵入关后，明朝遗臣在南方拥立明宗室成立的短命小朝廷，数量多达五个。为了消灭郑成功和肃清海盗山寇，另一方面也为了报复支持过南明政权。顺治四年（公元1647年），清政府发布命令严禁广东的商船出海。同年颁布了历朝以来最严厉的出洋治罪法令：凡私自出海的人，均以通贼论处，立斩；地方官员同谋或失察的，分别处以死刑、降级或革职。顺治十三年（公元1656年）七月，清王朝颁布“禁海令”：“寸板不许下海”，“片帆不许入口”，禁止沿海渔船商船出海捕鱼贸易，外船也不准进入内陆，企图以此困毙郑成功的海上抗清武装。可是郑成功未被困死，沿海经济却备受摧残。顺治十八年（公元1661年）八月，郑成功从荷兰人手中收复台湾的同年，清政府认为郑成功能够多次在沿海袭击清军，是因为沿海人民支持和接济了郑成功。为了断绝沿海居民与郑成功的联系，清廷颁布了迁界令。又在康熙元年（公元1662年）和康熙二年、康熙三年连续下了三道迁界令，康熙十八年（公元1679年）正月，清廷在福建沿海重行“迁界”，赶逐百姓重入内地，于沿海二三十里靠近水边险要地方添设炮台、筑造小寨，防范郑经部队。
禁海、迁界仅限于江、浙、闽、粤四省，不及山东、天津诸地，沿海居民内迁若干里。在执行过程中，江浙稍为宽松，福建较严（内迁三十里），广东最严——最初以距海二十里为界（包括除澳门外的所有岛屿）；后又认为太近，再向内迁二十里；再后来仍认为太近，又内迁十里，“凡三迁而界始定”。迁界时，界内房屋建筑一律焚毁铲平，居民限期搬出，超出限期未搬的“钉子户”动用军队驱赶，驱赶无效，就地正法！迁界后，胆敢出海和胆敢越界半步者，格杀勿论。
广东和福建的很多地区于康熙元年、康熙二年、康熙三年三度被迫内迁，老百姓背井离乡，流离失所。如果说“禁海令”给了渔民、海商致命的打击，那么“迁界令”则是剥夺了沿海士民一切赖以生存下去的资源。《清圣祖实录》中也承认：“迁移之民，尽失其业。”导致迁民“扶老携幼，流离载道，行乞街市，露宿街道，往往饿死”。可以说被迁之地，老百姓死伤过半，成了人间地狱。强制性的“迁界”除让百姓苦不堪言外，还使一些人铤而走险，迫使沿海居民“相聚为盗”。社会动荡，清政府亦未得半点好处，损失税银，仅地丁钱粮就每年高达三十余万两。出此下策的满族官吏完全不了解台湾岛内的实情。
封锁政策，反而使与中国的走私猖獗，促进台湾海上贸易的发展。台湾成为对中国走私贸易的一大据点，贸易的利益因而大增。而且，饱受封锁政策之苦的中国沿海尤其是福建、广东的居民被迫纷纷迁台定居，成为台湾人口急遽增加的原因。
随着人口增加，台湾的开发逐步有进展。北部淡水、基隆，今日之台北的一部分，还有桃园、新竹、大甲、苗栗、鹿港、彰化、北港、斗六、嘉义、新营、左营、凤山、高雄等中央山脉西侧一一被开拓，耕地面积也大幅地扩大起来。食粮生产显著地增加，不但使台湾住民食粮能自给自足，而且也确保郑氏政权对清国作战必需的兵粮充足有余。岛内生产力完全能做到自给自足。
“迁界”实为劳民伤财，且既不现实，又显荒谬的举措，非但没遏制郑氏，反而助长了沿岸海盗势力。理性地观察清政府实施的“禁海”、“迁界”政策，“孤立郑氏，断其粮饷、军需供应之路”的目的没有达到，反而使广东、福建等地的社会经济遭受严重的破坏。
康熙二十二年（公元1683年），清政府收复台湾后，才开放海禁，准许四口通商，历时二十三年的禁海和迁界宣告结束。
姚启圣一生最大的愿望就是台湾的统一，作为福建总督的姚启圣必须面对“禁海”、“迁界”所造成的恶果。
姚启圣认真总结郑氏所以能在清军强大攻势下存在数十年之久的主要原因：在于郑氏能得到闽人的支持和帮助。由于其势力植根于民众之中，“禁海”、“迁界”都隔不断郑军与人民的联系。由于清廷政策失当，加上当时吏治不修，胥役挟权扰民，迫使百姓投向郑军，使郑氏势力不断壮大。因此，要消除郑氏威胁，弭其祸患之源，首先应该是，“固闽人之心，而后贼可退。”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）闽疆可固。要尽快解决“迁界”、“禁海”所造成的民心离析的问题，这便成了姚启圣治闽为政的重要出发点。因而，姚启圣主要从以下几个方面予以落实。
减轻百姓负担，力求解民之困。姚启圣分析了当时人民困苦的各种情况，认为最严重的“莫过兵丁占民房，米谷发县采买及徭役繁重”。为了解决这些问题，他多次上疏请求将满兵和客兵撤回，以节省军费。满兵撤离时掠走不少民间青壮年，“启圣白王（康亲王杰书）严禁掠民北去，复捐资赎归难民二万余人”（《清史稿·姚启圣传》卷260）使百姓离散的家庭得以重聚。
清初以来，福建战乱频仍，兵马云集福州一带，军队长期占住民房，久不归还，民无所归，怨愤沸腾。为了解决这个问题，姚启圣捐银一千九百七十余两，盖造营房六百六十五间，作为福州兵丁驻扎之所；又命各地查清兵丁久占民房的详情，上疏为民请命：“哀此小民，无枝可栖，有贼不得不听兵占，无贼仍不敢回问故居，望屋而涕，良可悲也。”（《姚启圣题为请还绿旗官兵久占民房事本》，康熙二十二年八月十七日）希望朝廷能拨款建造营房。为了民屋归民问题，姚启圣“时与悍将骄兵悉力相持”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）。还革除一些陋规、积弊，如把军队征夫服役压缩到最低限度，使闽省人民得以喘息。收复厦门，金门后，他又上书清廷请开海禁、复迁界以利民生。认为：“复还迁界，乃今日救民裕国之良策”。“开垦疏课，不惟沿海抽税赡养水兵，上可以足国辞疆，而下可以救无告穷民于饥溺之中。”（《姚启圣题为请旨归还边界事本》，康熙十九年十一月初四日）于是撤兵开界之后，沿海人民有了资生之路，“相与狂号喜跃曰：‘姚公活我’”。（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）
整顿吏治。姚启圣深知吏治之良否为民心之所系，民心聚则众志成城，民心散则溃败立见。是时，官场腐败，贿赂公行，尤其像福建这样边远之区，“山高皇帝远”更是贪官污吏贪赃枉法的绝好之地。当时有人说：“吏治之坏，至闽省而极。”针对福建吏治败坏的状况，姚启圣一到闽即宣布禁革馈遗，并公开向文武官员宣布：“如我收尔等馈遗、暮金、代仪、布帛、绸缎以及寿烛、果品、小菜各物一分一厘者，姚即当男为盗，女为娼，死于千刀万箭之下。文武各官如不洗涤肺肠，改做清官，爱民如子，仍前败检害民，我若听情不参不杀者，姚亦当男为盗，女为娼，死于千刀万箭之下”。（《忧畏轩文告》卷一）这种严以律己的诤诤之言，体现封建社会廉吏的心态，姚启圣却能付诸行动，他把督闽之前经商的所得资财，大量捐献作为赡兵之费，以及招抚郑氏官兵之需，并捐银给泉州府买米济贫，置学田等。自己一家却过着布衣蔬食的清贫生活（《闽颂汇编》八闽童谣）。死后家中“萧然无储蓄，诸子卖田以葬，贫如故”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）。
与此同时，全面统筹规划，罗致人才。康熙十七年，姚启圣在收复漳平、平和后，即上书要求选调贤能来闽。说：“闽处南陬，漳泉尤逼海隅，所资贤能文武关系甚巨。”现状则是“边关要地缺员甚多，况定期大举，凡一切造船、置械、练兵、防隘、办粮、催饷等项，头绪繁多”。“务使匡时济世之才，折冲御侮之将得集闽省，方可有裨时艰。”因此，他举荐二十三名文武官员“效力岩疆，共勷匡乱”（《姚启圣题为保举贤能以奠海疆事本》，康熙十七年十二月初十）。他认为当时形势是，“水战更重于陆战，以陆攻水，断难净绝根株，若欲以水攻水，而无总统重臣，何能削除祸乱”（《姚启圣题为请复设水师提督事本》，康熙十七年九月初一）。重设水师提督势在必行，其人选标准应是“廉勇优长，威名素著，深识水性，谙练才能者”，力荐曾任福建水师提督的施琅，并“愿以百口保琅必无他”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）。
姚启圣还主张减免钱粮，裁减冗官。他目睹战后田园荒芜，百业凋敞，完成当年赋税钱粮已属不易，而地方官还要征收战争期间百姓欠下的钱粮，“酷比严追，不遗余力，而无告穷民，终剜肉而莫措”（《姚启圣题为请赦免闽省未完钱粮事本》，康熙二十二年八月十七日）。即上书朝廷，希望能体恤闽省百姓，赦免以前未完钱粮。临终之年他还上书建议裁减地方冗官，认为：今“天下为文武者，一经做官，身便不同齐民，饮食、居处、人情、分资迥异百姓。其妻即属夫人，呼奴使婢，簪珥服饰大异民妇，欲不剥取诸民，克取诸兵乌可得？是多一官实多一百姓之害，欲为百姓除害，不得不裁官，欲惩贪除暴，更不得不裁官”（《姚启圣题为请裁闽省冗官事本》，康熙二十二年八月十七日）。希图通过裁减冗官来减轻百姓负担。
姚启圣在解决福建沿海战后和迁界遗留的问题以及安定民心，维护闽地的稳定的同时，台湾问题作为亟待解决的问题，就提到议事日程上来了。当康熙二十年（公元1681年），康熙帝决定进攻台湾时，姚启圣已经积劳成疾。在床上卧病的姚启圣仍然时刻想着台湾的统一大业，对妻子、儿子却不怎么挂念。姚启圣病刚见好，康熙帝便又委以重任，让他负责军队粮饷。姚启圣以国为重，没有休养就走马上任了。此时，郑氏集团割据台湾已严重影响到国家的统一，对福建社会的安定及经济的发展影响更大。只有解决台湾问题，才能维护国家统一和长治久安。而闽地的稳定又为招抚郑氏将士来归创造了有利条件，并为统一台湾奠定了一个稳固的后方根据地。统一台湾是姚启圣治闽中最大的奋斗目标。
当时，全国形势的变化也有利于台湾问题的解决。康熙着力解决了危及中央王朝的几大难题：政治上清除鳌拜集团，把中央权力从“议政王大臣会议”夺回到由皇帝直接控制的内阁手中；军事上平定“三藩之乱”，统一大陆；经济上实行“更名田”，奖励垦荒，兴修水利等经济政策促进社会经济的迅速发展。而郑氏集团内部哄争不止，军事上一蹶不振，经济上财政枯竭，政治上日益腐败。因此，有利国家统一的局面已经形成，福建总督人选则尤显重要。先前，康熙选中姚启圣。“降玺书褒劳，尽委以军事，且谓阁部诸公曰：‘闽督今得人，贼且平矣。’”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）可谓得人。
为武力攻取台湾，姚启圣致力于军备建设，为武力攻取台湾作好人力、物力准备。姚启圣大造八桨船，双篷船，训练水师，筹措军饷。为造船制军械，他将以前经商积累的资财几乎倾囊捐出。还广泛结交澎台方面人员，收集军情，伺机反间瓦解对方。派其幕宾宋淏三次到澎湖、台湾，代表姚启圣联络郑氏集团。宋淏不辱使命，查看地形，了解澎、台情况，提出招抚郑氏、开省会、兴教化、发展生产等十二条颇有见地的建议（宋淏《剿抚澎台机宜》，北京市档案馆手抄本）。为日后攻取澎湖决策提供了实地依据。
姚启圣为了福建沿海长治久安和祖国统一，任总督的第二年（康熙十八年）上疏“请于克复金、厦之后，乘胜直捣台湾”。康熙十九年（公元1680年）三月克复金、厦之后，又上疏“请即乘胜进取澎湖、台湾”（《姚启圣题为请准与提臣一同进兵台湾事本》，康熙二十一年三月二十九日），并力荐施琅来闽希冀其在统一台湾大业中助己一臂之力。姚启圣懂得军队未动，粮草先行的道理。为此，他早做准备，在上请进兵台湾的事本中说：“将一切兵饷、粮米，各项器械、木材，罄家不足，称贷挪用，各色具备，不动国帑，不派里民。臣复亲自督兵出海，操练数月。”（《姚启圣题为请准与提臣一同进兵台湾事本》，康熙二十一年三月二十九日）“臣剿灭台湾之心数年于兹，故办料、制械数年之中，亦无一日间断。”（《姚启圣题为请准与提臣一同进兵台湾事本》，康熙二十一年三月二十九日）欲“亲率舟师剿灭台湾，永除后患，以报国恩”（《姚启圣题为详议平海善后条款事本》，康熙十九年八月）。
顺治元年（公元1644年）清军入关，清王朝建立了全国政权。至顺治十八年（公元1661年）南明永历帝桂王朱由榔被俘而死，清王朝虽然基本上统一了大陆，但国家的完全统一还远未完成。康熙帝继位之初，南方有日益坐大的三藩势力；东南海上有台湾郑氏抗清力量；在东北，沙皇俄国侵扰黑龙江流域已三十余年；在西北，厄鲁特蒙古准噶尔部上层分裂势力日益嚣张，其影响波及喀尔喀蒙古、内蒙古、青海和西藏。总之，各种分裂势力仍然存在，严重威胁着清王朝的统治和国家的统一。为此，清王朝统治者采取了一系列制止分裂、完成统一的行动。
康熙十二年（公元1673年），康熙帝下令撤藩。云南平西王吴三桂举兵造反，福建靖南王耿精忠、广东平南王尚之信先后响应，是为三藩之乱。吴三桂旧部任他省提督、总兵者也纷纷倒戈反清，半个中国陷入战火，清王朝处于生死存亡的危急关头。吴三桂自立为帝，并授意达赖喇嘛上奏清廷，劝说康熙皇帝“裂土罢兵”，让他割据南方。康熙帝对此痛加驳斥：“朕为天下人民之主，岂容裂土罢兵？”经过八年的战争，于康熙二十年最终平定了三藩之乱。
三藩之乱平定，新疆回族被平服，西藏也归顺，又打败侵略东北的沙俄，天下太平。台湾就成为清王朝国家统一的首要问题。但要打台湾，得过海冒险，满朝文武百官少有人敢赞成，康熙帝也持很谨慎的态度。
台湾自古以来就是中国领土，无论从地质、民族、文化、管辖、开发和国际承认等方面来看，都是这样。祖国的宝岛台湾，历史上有瀛洲、东缇、夷州、琉球、台员、东郡、东宁等多种称呼。它地处我国东南海域，隔台湾海峡和福建省相望，两地最近距离仅130公里。全省由台湾本岛及周围属岛和澎湖列岛两大群岛，共88个岛屿所组成，陆地总面积约三万六千平方公里，其中台湾本岛为三万五千七百九十平方公里，占全省面积的97%，是中国第一大岛。
明天启三年（公元1623年），荷兰侵略者占领台湾。顺治十八年（公元1661年），民族英雄郑成功驱逐荷兰侵略者，收复台湾，作为抗清基地。翌年，郑成功病逝，经过郑氏内部的一番残酷争斗，子郑经嗣位。