清军也曾两次进攻台湾。康熙三年（公元1664年）十一月，施琅率领郑氏降将周全斌、杨富等官兵船只向台湾进发，遇风而回。第二年五月，施琅又率领众将出征台湾，五月三十一日，舟师驶抵澎湖，突遇狂风暴雨，各船除沉没者外，其余均被漂散。两次东渡均无功而返，清廷这时又怀疑这些降将暗通郑氏，所以下令将所有郑军降将调入北京归旗，部众分散到各省屯垦，船舰全部焚弃，攻取台湾的计划就此搁置不提。清廷转而对郑氏政权采取招抚的方针。康熙六年五月，清廷对郑经许以“八闽王及沿海诸岛”，郑经予以拒绝，宣称“东宁（台湾）远在海外，非属版图之中”，要求清廷仿照朝鲜的成例处理台湾与中央政权之间的关系。郑经完全背叛了乃父关于台湾自古以来就是中国领土的原则，他的言行使台湾郑氏集团与清廷的矛盾从抗清已变成为分裂祖国。康熙帝对郑经的要求给予严厉的驳斥，指出：“朝鲜系从来之外国，郑经乃中国之人。”但在以后的几次招抚中，均因种种原因没有达成协议。
施琅（1621~1696年），字尊侯，号琢公，福建晋江（今泉州市）人。他自幼生长在海滨，熟悉海情。少年时代曾从师学剑，武艺超群；壮岁从戎后，转战疆场，屡建战功，是一位智勇双全、功勋卓著的良将。
据《清史稿·施琅传》说，施琅初为明总兵郑芝龙部下左冲锋。顺治三年（公元1646年），清军平定福建，施琅跟从郑芝龙降清，并随从征战广东，戡定顺德、东莞、三水、新宁诸县。郑芝龙被清廷召归京师，其子郑成功率部占据台湾和澎湖各岛，
后因郑成功命他回厦门“未还其兵”而产生不满情绪，又因施琅杀犯法亲兵曾德再次触怒了郑成功，其父施大宣、弟施显及子侄皆为郑成功所杀；不久，施琅降清，与郑成功对抗。顺治十三年（公元1656年），从定远大将军世子济度击败郑成功于福州，授同安副将。顺治十六年（公元1659年），郑成功占据台湾后，清廷就擢施琅同安总兵。康熙元年（公元1662年），迁水师提督。康熙三年，加靖海将军。
施琅在第一次出任福建水师提督、挂靖海将军印后不久，即于康熙六年、康熙七年连续两次向康熙提出进取台湾的主张。施琅的主张提出后，康熙即调他到北京，面述复台大计。由于一些朝臣的竭力反对，施琅的主张不但没有能够被采纳，反而还被免去了福建水师提督的职务，改授为内大臣。
康熙十三年，大陆发生“三藩之乱”，郑经企图趁机占据大陆沿海，于是他率军参与角逐。数年中，清郑双方在战场上呈拉锯状态，双方的关系也不断地以战争与和谈的形式交替出现。但是，经过长达五年的拉锯战之后，郑军土地日蹙，财源枯竭，连年在台湾和大陆沿海厉行重税摊派和强抽乡勇当兵，激起人民群众的普遍不满和反抗。而且，郑氏集团内部也是争权夺利，危机重重，导致上下离心，普遍失去信心。康熙二十年，“三藩”叛乱被彻底平定，至是全国大陆基本统一，清王朝多民族的中央集权国家日趋巩固，渡海进攻台湾，消灭郑氏割据政权因而再次提到日程上来。自郑成功逝世以后，台湾郑氏政权逐渐丧失了其原有的朝气，已发展成为阻碍全国统一的障碍。消灭郑氏政权，进取台湾，对清政府来说已是巩固边防，完成统一大业的当务之急。
在是否攻取台湾的问题上，清内部也曾产生过意见分歧。姚启圣、施琅力排众议，坚决主张收复台湾。清康熙二十年二月，郑经病死，诸子争位。同年六月，康熙皇帝与内阁大学士会议后，认为平定台湾的时机已经到来，果断决定：利用郑经新亡，郑军必然军心涣散，乘机攻取澎湖、台湾；“务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机”。方针确定以后，由谁来担当攻台主帅成为最关键的重要问题。本来时任福建水师提督的万正色是朝廷征台的第一人选。万正色曾率清军水师在洞庭湖大破吴三桂的水军，到福建后又率水师连克郑军沿海诸岛。连康熙皇帝对万正色都“仗他有本事，委以重任”。可惜万正色在内湖和沿海作战勇敢，却不敢到远海，曾上奏“台湾断不可取”，称郑军将领刘国轩“智勇不可挡”，说“征台有三不可行”，一曰郑氏“十年生聚，十年教养，况于数十年之积寇乎”；二曰，“汪洋万顷之隔，波涛不测之险”；三曰，“彼船只坚牢，水务精熟”。康熙皇帝看出万正色畏服贼将，“见其不能济事”。已经历经风雨磨炼、走向成熟的康熙知道平台不是一件容易的事，主帅必须是“才略优长，谙练军事不可”，他这才决定另外选将。
当时在朝廷内，部分朝臣以施琅与郑氏有旧，说他“去必叛”，“不可遣”，反对任用施琅。这些朝臣的意见康熙当然是知道的，为了慎重起见，康熙皇帝曾两次征询李光地对征台人选的意见，第一次李光地就举荐施琅，他对康熙皇帝说；施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”。这里李光地所说的海上指的就是台湾，海贼指的是郑经等人。康熙第二次就“命将”的问题，再次征询李光地意见时，李光地回答说：“计量起来还是施琅”，他列举施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”等理由。这令康熙皇帝想起三年前，姚启圣奏请重建福建水师，在当时为选调福建水师提督人选时，姚启圣所推荐的人就是施琅，他在奏折中曾经用了“近省乡绅、贡举生员、文武兵民、黄童白叟、万口同声，皆知其，指施琅堪任水师提督也”。只因当时传闻施琅有子侄在郑军中任职，没有人敢力保施琅。后来经姚启圣亲自调查，得知施琅子侄私下歃血为盟，图谋刺杀郑经，不料事情败露，反而两家共七十三口全被郑经处死。
李光地字晋卿，人尊称作“榕村先生”。清康熙九年进士，做过翰林院编修、侍读学士，吏部尚书、文渊阁大学士，为官清正廉明，治学广博精深，著有《榕村全集》，是清朝的一代名相、理学名臣。
施琅与郑氏有深仇大恨是无疑的，在李光地和姚启圣等的大力举荐下，加上康熙皇帝自己十多年对施琅的考察，终于力排众议，毅然决定重用施琅。
年过花甲的施琅终于获得康熙皇帝的信任，被任命为“右都督充福建水师提督，加太子少保”，重披福建水师提督的战袍，并出任攻台统帅。命令他返回福建，相机进取台湾。临行前康熙皇帝亲自接见并赐宴施琅，这也是施琅十三年里第一次单独面见康熙帝。面对如日中天，年仅二十八岁的康熙帝，施琅眼含热泪详陈平台策略，对康熙的询问，对答如流。最后，康熙语重心长地说：“平海之议，惟汝予同，愿努力，无替朕命！”从这短短的数语中，可见康熙对施琅的了解之深，期望之大。
从施琅的复出，可以看出康熙皇帝算得上是一位知人善任的明君，别的不说，单单从他敢于重用一位已经六十开外的老人，担当攻台主帅，就可见其用人真是不拘一格。而姚启圣认为施琅是“廉勇优长，威名素著，深识水性，谙练才能者”，“愿以百口保琅必无他”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》），不计个人利害，只为国家利益考虑，忠心体国的精神堪为楷模。而李光地在康熙帝面前，敢于不避与施琅同乡之嫌，坚持大胆举荐施琅，也是一位为国举贤不遗余力、光明磊落的人。
这一年的十月，施琅风尘仆仆地赶回福建。康熙帝下诏“宜乘机规定澎湖、台湾……将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆”。
此时，郑经已病死，郑氏集团内部争权夺利，更加腐化。年仅十余岁的郑经次子郑克塽在权臣冯锡范等人拥戴下主政。实际上，权力全部掌握在冯锡范手中，形成“文武解体，主幼国疑”的混乱局面，郑氏集团已成为一个割据政权，因而丧失了人民的同情和支持。
在军事上，为了防御清军进攻台湾，郑军加紧修理战船，增强防御部署。以中提督武平侯刘国轩为总督守澎湖，在澎湖修筑营垒炮台。以左武卫何佑为台湾北路总督，守鸡笼（今基隆市）、淡水，重修西班牙人遗留下来的城堡。由于兵力不足，只得征集乡兵分守要口，百姓怨声载道，变乱时有发生。
康熙二十二年（公元1683年）正月，刘国轩得知清军即将进攻台湾，乃进一步加强防御，以忠诚伯冯锡范为左提督，守鹿耳门。五月，刘国轩再增兵澎湖，总兵力达两万余人，并有大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆船等战船近二百艘，分戍澎湖各要地。此外，在娘妈宫、风柜尾、鸡笼山、四角山、内外堑、西屿头、牛心湾等处，均添筑炮城一到四座。在便于登陆的地段，还筑造了短墙，派兵把守。