由此可见，郑军的防御重点是澎湖各岛，主要兵力由主帅刘国轩统领，都部署在这一地区，并修筑了坚固的防御工事，屯泊了大量战船，形成了海陆配合的防御体系，以防止清军攻占澎湖。同时，加强了鹿耳门的防御，以防清军登陆台湾。在台湾北部也加强了防御部署，以防清军拊其侧背。
在清廷方面，康熙二十二年七月，削平“三藩”战争进入尾声，昆明指日可下，清军得以集中力量解决台湾问题。清王朝在平定“三藩”之乱，统一大陆后，致力于行政的改革和生产的恢复，社会日趋安定，民族矛盾逐渐缓和，经济也不断发展，这就为攻取台湾创造了条件。
清军长于骑射而不善于海战，为了进攻台湾，采取了“以郑治郑”的办法。郑军官兵常在海上活动，不畏风浪，有丰富的海上作战经验。此次攻台，康熙起用大批原郑军将领，如任命郑氏降官施琅为福建水师提督、总兵官，往福建与当地将吏商酌，统领舟师，进取澎台。不久，又调郑氏降将朱天贵至闽，仍统原辖舟师，以协力攻台。十月二十七日，康熙帝谕施琅与福建总督姚启圣共取澎、台。姚启圣提出于当年末三个月乘天晴水涸，分兵两路进征澎湖和上淡水（今台北）。冯锡范获悉施琅受命率师征台，命水师镇将林亮掌修战船，主将武平侯刘国轩总督诸军防守台湾门户澎湖，命左武卫何佑任北路总督守鸡笼，李茂督兵守淡水。十二月，暗通姚启圣为内应的傅为霖等事败被杀，刘国轩更是加强了防御，亲自乘快艇巡视澎湖各屿，相地设险，分别于风柜尾、四角山、鸡笼屿、东峙、西峙、牛心湾、虎井、桶盘屿增设炮台，并修娘妈宫城，安设大炮。郑克塽以刘国轩为正总督，督率澎湖水陆诸军，并调征北将军曾瑞、定北将军王顺，协助刘国轩。何佑于鸡笼亦筑城、挖濠、造炮台，加强防御。施琅鉴于以上情况，加之初到福建，需整军备械，请求推迟进兵。获准后，施琅便加紧进行战前各项准备。
康熙二十一年一月，施琅密疏专征台湾。施琅提出在南风盛发的五六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案，姚启圣坚持九十月北风起时两路出击或先攻台湾，后攻澎湖。十一月，清廷又同意了施琅“专征”的要求，让福建督抚只负责“催趱粮饷”，而由施琅“相机自行进剿”。施琅有了充分的权力，避免了意见分歧、贻误战机的可能，这才能够大胆放手地把渡海攻台的计划付诸实施。施琅修改了分两路进攻澎湖和上淡水的作战方案，决定集中兵力进剿澎湖，而后下台湾。十一月，清军战舰齐集兴化平海卫。十二月二十三日清军出洋，驶往澎湖。不料遇大风，被迫返回。出海受挫，使施琅进一步熟悉了海情。他重新提出于夏季出洋，乘南风进兵的主张。这一方案得到清廷批准。刘国轩侦知施琅乘南风进兵，立即调兵拨船，领兵两万余人、船二百余艘，亲自指挥镇守澎湖各屿，企图候台风起，以逸待劳，不战而胜。
康熙二十二年六月，攻台战役开始。参战的清水师共两万余人，由原水师和福建新练水师两部分组成，两者的大多数成员均来自郑军。他们有多年海战经验，愿为攻取台湾出力，士气高，战斗力强。清军的战船有许多是新造的，“坚固便捷”，火力强，计有大鸟船七十艘，赶缯船一百零三艘，双帆船六十五艘，共二百三十八艘。
清军进攻台湾采取稳打稳扎，逐步推进的战略方针，即先取澎湖，以后再相机进攻台湾。这是因为，第一，“澎湖是台湾四达的咽喉，外卫之藩屏，先取澎湖，胜势已居其半”（施琅：《边患宜靖疏》）；第二，郑军的主力集中在澎湖，又是由郑军中威望最高的大将刘国轩指挥，如果将其全歼，则“台湾可不战而下”（李光地：《施将军逸事》）。
澎湖海战从康熙帝下诏到结束，历时六月余，清军击沉大小郑船二百九十四艘，焚杀郑氏官员三百余人，兵一万二千余人，以清军大胜而结束。
澎湖海战后，施琅以澎湖为据点，整船治军，拟于八月或十月，乘北风进军台湾。台湾闻郑军在澎湖惨败，人心惶惶，兵无斗志。此后，清廷对台湾加紧招抚。施琅派员以厚爵游说刘国轩，促使刘国轩极力主降，并派兵监视郑氏子孙。郑克塽于是上表请降，驻守上淡水的虎卫镇何义也向施琅投降。八月十一日，施琅留水陆官兵三千名、大小战船三十艘守澎湖，亲率舟师开往台湾。十三日，到达台湾鹿耳门港。十五日，举行受降仪式。二十三日，施琅率吴英、刘国轩等巡视台湾南北两路。十一月二十二日，清军班师至澎湖。二十七日返抵厦门。康熙二十三年（公元1684年），在施琅等人的据理力争下，康熙帝也明确指出：“台湾弃取关系甚大”，“弃而不守，尤为不可。”据此，清政府决定将台湾收入版图，置台湾府，下设诸罗、台湾、凤山三县，与厦门合设道官一员，总兵官一员，兵八千；澎湖设副将一员，兵二千。自此，台湾成为福建省的一个府，台湾和大陆统一起来了，其行政建制与内地划一。直到光绪十一年（公元1885年）九月，始分立为台湾省。
澎湖之胜，清军除战船装备精良，将士作战勇敢之外，也是与作战指挥的正确分不开的。清军水师统帅施琅“治军严整，通阵法，尤善水战，谙海中风候”（《清史稿·施琅传》），因此在指挥上有许多独到之处。在渡海时间上，他一反在东北风季节渡海的传统，选在西南风始发的六月中旬。在渡海航路上，以往从大陆到台湾，都从金、厦出航，而施琅又一反惯例，把出航点选在靠南的铜山岛（今福建东山岛）。在战术上，集中兵力，速战速决。经澎湖一战，清军获胜，从而为统一台湾奠定了基础。
姚启圣作为一方重臣，为统一台湾做了大量准备工作，尤其是在整顿军备，招抚降者，削弱郑军，统筹接济，谋划方略方面，作出了巨大的贡献，其历史功绩不容抹杀。甚至连施琅也不得不称赞他在招抚和后勤方面的功绩。施琅克复澎湖后上疏康熙：“督臣姚启圣捐造船只、捐养水兵，与臣共勤大举，仍又亲来厦门弹压，殚心催趱粮饷，挽运不匮，加以厚资犒赏将弁，三军莫不激励思奋。今日克取澎湖之大捷，皆督臣赏赉鼓舞之功，乃有此成效也。”（《施琅题为其次，飞报克取澎湖大捷事本》，康熙二十二年六月二十六日）姚启圣为统一台湾呕心沥血，兢兢业业，史称其“先事之劳，何可说也”（《清史稿·姚启圣传》卷二百六十）。
正当姚启圣在福建总督任上文治武功大获成功之时，左都御史徐元文劾“（姚）启圣疏请借司库银十二万，经营取息，侵占民利；题报军前捐银十五万，皆剋军饷朘民膏而得。闽民极困，（姚）启圣不能存抚，拆毁民居，筑园亭水阁，日役千人，舞女歌儿充牣房闼；又强取长泰戴氏女为妾。海坛进师，力为阻挠，及克厦门，又言当直取台湾。始欲养寇，继欲穷兵。吴兴祚、万正色平海奏功，启圣惭妒，妄谓正色与锦（经）将朱天贵有约，让海坛而去。险诈欺诬，乞敕部严议”（《清史稿·姚启圣传》卷二百六十）。时为康熙二十年（公元1681年），这时姚启圣年已经五十八岁了。
上（康熙帝）令（姚）启圣复奏，（姚）启圣言：“臣于康熙十七年十月进兵至凤凰山，因一时投诚者多，犒赏不继，与抚臣吴兴祚议外省贸易，颇有微利，前督臣李率泰、经略洪承畴尝借帑为之，遂冒昧上疏，未蒙俞允。臣自入仕，京师未有产业，而军前捐银十五万有奇者，香山罢官后，贸易七年，得积微赀，并臣浙江祖产变价，及亲朋借贷，经年累月而后有此。臣于十七年七月至省，见总督官廨为耿精忠屯兵毁伤倾圮，因捐赀修整，日役不过数十，栅外员役私舍，令其自行撤除。至臣妾皆有子女，年已老大，并无歌儿舞女，强取戴氏女，尤无其事。十八年十一月，臣密陈进剿机宜，请水陆五道进兵，并未阻挠。至得厦门即攻台湾，先于十八年九月预陈，亦非届时发议。抚臣、提臣拜疏出师，平贼首功已定，臣何所容其惭妒。朱天贵应抚投诚，天贵言之而臣始知之。臣任三闽三职，虽无妒功之心，实有溺职之咎。乞敕部严议，别简贤能。”疏入，报闻。康熙二十一年，论克复海澄、金门、厦门之功，授世职拜他喇布勒哈番兼拖沙喇哈番。
姚启圣晚年，因受他人诽谤诬陷，含冤被贬。此时，家中财产捐献将尽，生活已显贫困，加上这一政治打击，引发旧病。康熙二十二年十一月满含悲愤，溘然长逝，终年仅六十岁。姚启圣死后，家中无钱入葬，儿子们就卖田来安葬他。许多百姓看到此景，惊诧不已。因姚启圣督闽期间，廉政爱民，整顿吏治，安定地方，民间自有公论。有的痛哭流涕，慨叹忠良早逝。有些人还不顾个人安危，私下为他建祠堂祭奠。史载闽人感其恩德，去世时，“百城惊悼，群聚而哭于都亭，舂不相降，卒有私为持服者。而漳、泉二府之民争乞公之遗衣冠葬之其乡，福州之民乞留葬于城外东山。屡说不得，请麻衣执绋。号啕送者直过仙霞”（全祖望《鲒埼亭集》卷十五《姚启圣神道第二碑铭》）。
作为一位清初的封疆大吏，饶有政声，为统一台湾不遗余力，立有大功；誉不留于当世，功不昭于身后，终至抑郁而死，虽是人生之憾事，但能得到老百姓的如此爱戴，应该也是一生的幸事。