1957年4月下旬开始的整风运动，到6月初变成了反右斗争，7月份南工划了100多个右派，9月份开学后又继续在教职员和学生中划右派。
从南工划定右派分子的情况对照全国高校来看，总的比例和学生中比例较高。教师中比例虽较低，但教授、副教授中右派分子比例则高达10.67%，且多为九三、民盟、民建、农工等民主党派的南京市委或南工支委负责人，南工工会主席也被划为右派。他们均是教授中的“头面人物”，整风运动中，本着“长期共存、互相监督”
的要求，披肝沥胆，知无不言，结果被划右派，对党的统一战线工作和知识分子工作，产生了极为不利的影响。当时，院长兼党委书记汪海粟曾对反右派斗争扩大化的错误做法进行抵制，虽然处境困难，仍本着对党忠诚负责的精神，在党内进言。后来，汪院长被省委定性为“严重右倾机会主义性质的错误”，被撤消党内外一切职务，并调离南工。此案到1979年才彻底平反。
1958年，全国开展大跃进运动。在此背景下，南工的工作，一方面作为整风运动的整改与思想教育，先后开展了紧缩机构、下放干部、“双反”、“交心”等运动，另一方面是围绕贯彻教育方针，大办工厂、大炼钢铁、大搞科研，全面跃进，进行教育大革命。前后三年间各项运动此伏彼起，连绵不断。
南工的整改从紧缩机构和整编人员开始，1957年11月公布了整编方案，共减科室13个，减人员452人(其中52名教师，400名员工)。到1958年底，总计下放农村334人，其中教师16人，科长3人，教辅人员107人，职工208人。
1958年3月，学校根据上级指示，开展“反浪费、反保守”的双反运动和“交心”运动，仍是大鸣、大放、大字报、大辩论的“四大”形式。到6月份，运动转向“大跃进”，全校大办工厂，最后合并为8个厂，设计院也于此时建起。全校又投人大炼钢铁，将学校大门、全院铁床、安全楼梯栏杆等也充当“炼钢”原料，造成大量浪费。学校还以群众运动方式大搞科研，3000多名师生参加，轰轰烈烈，但真正出成果的不多。
1958年9月，又开始搞教育大革命，强调边干边学，结合劳动进行现场教学，“干什么学什么，缺什么补什么”，要求学生在操作上达到3级工、4级工水平，形成了生产劳动喧宾夺主的态势。
1959年全国开展技术革新与技术革命运动，南工则开展了向群英会献礼的比干劲、争先进竞赛。1959年度我校共完成科研项目(含革新项目)194项，发表学术论文7。多篇。在省群英会上，南工共有阴极射线真空管、大功率真空管、北京火车站和南京大桥桥头堡设计方案、陶粒混凝土、机器人等110个项目参加了礼品展览，陈昌贤、陆钟柞等10人被评为省先进工作者，其中陈、陆二教授还被评为全国先进工作者，与特邀代表杨廷宝、林圣华(学生)一起参加了全国文教群英会。
这种运动就是一切的局面，使教学无序，师生疲惫不堪，造成的是不良后果。再者，千军万马搞教改，以打仗方式搞科研，即使作出某些成果，也在同时造成了人力、物力、财力的惊人浪费，对连续科研攻关多日不休眠的教授身心健康造成了明显损害，从使用人才的长远效益看，这种违背教学、科研规律的方式也是不足取的。