郝在《笺疏叙》末段说：“此经师训莫传，遂将湮泯。郭作传后，读家稀绝，途径榛芜。迄于今日，脱乱淆讹，益复难读。又郭注《南山经》两引‘璨曰’；其注《南荒经》‘昆吾之师’又引《音义》云云，是必郭以前音训注解人。惜其姓字爵里，与时代俱湮，良可于邑。今世名家则有吴氏、毕氏。吴征引极博，泛滥于群书；毕山水方滋，取证于耳目：二书于此经，厥功伟矣。至于辨析异同，栞（刊）正讹谬，盖犹未暇以详。今之所述，并采二家所长，作为《笺疏》。笺以补注，疏以证经，卷如其旧，别为《订讹》一卷，附于篇末。计创通大义百余事，是正讹文三百余事。凡所指擿，虽颇有依据，仍用旧文，因而无改，盖放郑君康成注经不敢改字之例云。”从以上所叙，此经的注释源流以及他本人在经中所作的贡献，也就可以略见大概了。
◎从俞正燮到吴承志较郝懿行稍后，又有俞正燮（1775—1840年）撰写了《癸巳类稿》和《癸巳存稿》二书，分别对神话传说的某些问题作了考察研究。这两部书是俞氏学术研究的总的结集，范围包括极广，从他所毕生致力的经义，到史学、诸子、医理、天文、释典、道藏等，都精研覃思，不遗余力。有关神话传说的某些问题，书中也适当给予了注意，并且有所发挥。例如《类稿》卷二的“簧考”，卷十的“桃茢桃符义”，卷十五的“彭祖长年论”，《存稿》卷一的“蚩尤”，卷六的“日月古证答宣城张征士炯”、“烟波钓叟歌”，卷七的“读史记伯夷列传”，卷十的“太公”、“火浣布说”，卷十一的“天穿节”、“七夕考”，卷十二的“补天”，卷十三的“神荼郁垒”、“灶神”、“祖神”、“紫姑神”等。大都论述神话传说产生之由及其流传演变。从其所搜罗的丰富材料中，往往可以启发我们思考。至于他对神话所作的考辨，从卷十二“补天”条中可以略见一斑：《淮南子·览实训》：“往古之时，四极废，九州裂，天不兼覆，地不周载。于是女娲炼五色石以补苍天，断鳌足以立四极。”注云：“女娲，阴帝，佐虙戏治者也。三皇时，天不足西北，故补之。师说如此。鳌，大龟也，天废倾，以鳌足柱之。《楚辞》：‘鳌戴山抃，其何以安之？’是也。”案《宋书·天文志》引郑注《尚书》“璇机玉衡”云：“以玉为浑仪，贵天象也。”其云浑仪，盖仪器讹文。女娲炼石补天者，以玉为仪器，断鳌足以立四极者，仪器椸足也。以义推之，非有奇论。《论衡》云：“天非玉石之质，女娲长不及天，岂得补之。”其辩亦拙矣。《列子·汤问篇》革言，张湛注云：“阴阳失度，三辰盈缩，即是天不足；女娲炼五常之精以调和阴阳，晷度顺序，即是补之。”然《列子》言天不足西北，非广言三辰盈缩；西北为盖天天门，又以鳌足立四极，故可定为仪器。张湛向壁之义，不足■也。郑康成以纬说经，绝不牵引汉人浑说，安得谓尧有浑仪，是知宋书改窜矣。
他认为女娲补天，是“以玉为仪器”，断鳌足立四极，是“仪器椸足”，“以义推之，非有奇论”。他讥笑《论衡》之辨“其辨亦拙”，张湛之注为“向壁之义”，《宋书》所引郑康成注《尚书》的“浑仪”说也是讹文，似乎独他的“仪器”说是正确无误的。女娲时代而有“仪器”，即使是以人事现象释神话吧，也未免有点想入非非。这都是清代考据学家务实精神发挥得过了头造成的扞格。不过他在卷十三“神荼郁律（即郁垒）”条的末尾说：“神荼郁律由桃椎辗转生故事耳。”倒又是见得准确的。所以也要看各条所述的具体情况，不可一概而论。
作为《山海经》研究的余绪，在清末，又有俞樾所作《读山海经》一卷、冯桂芬所作《山海经表目》二卷以及吴承志所作《山海经地理今释》六卷，等等。
《读山海经》是一部类似明代杨慎《山海经补注》的札记体的书，卷帙无多，只有二三十条，收在《春在堂全书·俞楼杂纂》中。其中有些条目，还是较有识见，可供参考的，例如：《西山经》：“华山，冢也。”注曰：“冢者，神鬼之所舍也。”毕沅校正曰：“《尔雅》曰：山顶曰冢。《释诂》曰：冢，大也。”愚按：郭说固望文生训，而毕说亦未安。用山顶之说是犹曰华山顶也，用冢大之说是犹曰华山大也。以文义论皆属不辞。今按下云羭山神也，两句为对文，冢犹君也，神犹臣也，盖言华山为君而羭山为臣，此乃古语相传如此。
《西次四经》：“是多众蛇。”毕沅校正曰：“《水经注》引经作象蛇，当为众蛇，其地无象。”愚按毕说误也。象蛇乃鸟名，《北山经》（《北次三经》）：“阳山有鸟焉，其状如雌雉而五彩以文，是自为牝牡，名曰象蛇。”此经象蛇亦即是鸟。毕氏误以象、蛇为二物，遂以其地无象，谓当为众蛇，既云多，又云众，不辞矣。
《大荒西经》：“帝令重献上天，令黎卬下地。”注曰：“古者人神杂扰无别，颛顼乃令南正重司天以属神，令火正黎司地以属民，重实上天，黎实下地。献卬义未详也。”愚按：献读为仪，《尚书·大诰》“民献有十夫”，《困学纪闻》引《大传》作“民仪有十夫”。《周官·司尊彝》“郁齐献酌”，郑司农读献为仪，盖献与仪古音同也。印当为■，隶变作卬，遂与卬我之卬无别，俗又加手作抑。《广雅·释诂》：“抑，治也。”《孟子》：“禹抑洪水而天下平。”赵注亦训抑为治。然则重献上天者，令重仪上天也，仪之言法也。令黎卬下地者，令黎抑下地也，抑之言抑治也。因仪段献为之，而抑从古作■，又变作卬，读者不识为抑字，遂莫得其解矣。
上引都是可以给人启发，有参考价值的。不过第二条，恐怕仍当做“众蛇”，不能作“象蛇”，因为“象蛇”既是鸟名，而产生此“鸟”的诸次之山，却是“鸟兽莫居”。“望文生训”
（俞樾说）固然不妥，但为了训诂确切，对上下文还是该“望”一“望”才好。“众”之为言，用现代话翻译出来，就是“各种各样”、“形形色色”的意思。“多众蛇”，就是多各种各样、形形色色的蛇，也未为“不辞”。《西次三经》■山“其下多积蛇”，也与此大略同意。第三条认为“卬”是“■”的隶变，后又加手作“抑”，固是巨眼卓识，但还未达于一间。不知“卬”本作“印”，“印”甲骨文作“■”，象以手抑人而使之跽，即训抑，训按；后来假借为印信字，渐成为专用辞，又另造一“■”字，来代替原有的“印”字，俗又于其旁加手，谓之为“抑”。许慎《说文》九上说：“■”，按也，从反印。其实“抑”、“印”古本一字，“邛”就是由“印”讹变而来，一变为“卬”，再变为“邛”；更有作“邛”的，几经书刻，便茫不可晓了。俞樾能首先探出此字的本源，是《山海经》研究的功臣；不过其后又把“抑”训为“治”，把“献”训为“仪”为“法”，认为是颛顼令重法上天，黎治下地，仍不免有以人事现象释神话、隔靴搔痒的缺点。
《山海经表目》是一部索引式的工具书，将全经列为“山水”、“神人”、“金玉”、“草”、“木”、“禽鸟”、“兽畜”、“虫鱼”八个栏目，然后逐经登载，将所有能归入各个栏目的名物都归入其中。栏目是纵贯式的，栏目之上又有“题”，《五藏山经》以主要的山为题，《海外经》以下则以国族和主要的山为题。看起来眉目清晰，翻检方便，对研究《山海经》有一定帮助。《表目》也偶有漏略，如像《西次三经》“峚山”题下漏了“黄帝”，同经“槐江山”题下漏了“后稷”，《西次二经》“莱山”题下漏了“飞兽神”，《中次六经》“夸父山”题下漏了“马”，等等。又有些分类也不一定很妥当。如像《南山经》“丽■之水其中多育沛”，郭璞注：“未详。”诸家于此亦无释。《表目》却将它归在“金玉”栏中，不知何据。又如《东次三经》“尸胡之山其下多棘”，棘是灌木，《表目》却将它归在“草”栏中，等等，都可见还有不很精审的地方。然而这样的索引被编制出来，毕竟表明人们对《山海经》的研究，开始有了试图使其条理化、系统化，走向科学研究途径的愿望。
吴承志撰著的《山海经地理今释》六卷正是这种愿望的初步体现者。他试图将《山海经》所有的山水国族今在何地都考释出来，成为一部科学的著作。不过由于他没有认识清楚《山海经》这部书的神话的根本性质，不知道它是神话传说和现实事物的混合体，误把神话传说也当做了现实事物，以至白花了许多力气，走了若干弯路，考释出的东西有些诚然还可供参考，大部分仍不免牵强附会。但他在《今释》卷六所讲的关于《山海经》海内四经简策错乱的问题，却是巨眼卓识，大可供我们作整理《山海经》的参考。兹将其所说移录于下：此经（指“匈奴”节）当与下篇首条并在《海内北经》“有人曰大行伯”之上。匈奴、开题之国、列人之国并在西北，叙西北陬之国，犹《海内东经》云“巨燕在东北陬”也。不言陬，文有详省。贰负之臣在开题西北，开题即蒙此。大行伯下贰负之尸与贰负之臣亦连络为次。今大行伯上有“蛇巫之山”、“西王母”二条，乃下（上）篇“后稷之葬”下叙昆仑外山形神状之文，误脱于彼。《武陵山人杂著》云：《海内西经》“东胡”下四节当在《海内北经》“舜妻登比氏”节后。“东胡在大泽东”即蒙上“宵明烛光处河大泽”之文也。《海内北经》“盖国”下九节当在《海内东经》“巨燕在东北陬”之后，“盖国在巨燕南”即蒙上“巨燕”之文，而朝鲜、蓬莱并在东海，亦灼然可信也。《海内东经》“国在流沙”下三节当在《海内西经》“流沙出钟山”节之后，上言流沙，故接叙中外诸国；下言昆仑墟、昆仑山，故继以“海内昆仑之墟在西北”。脉络连贯，更无可疑。不知何时三简互误，遂致文理断续，地望乖违。今移而正之，竟似天衣无缝。详审经文，顾说自近。
武陵山人是和吴承志同时的学者顾观光的号，是吴的朋友。他和他朋友的这两段议论，不是熟读《山海经》，细心寻绎其错简的痕迹，是肯定发现不出来的。我认为吴的六卷《山海经地理今释》，其他部分自然都各有贡献，然而以这段文字的贡献为最大。