李旦是从大风大浪里走出来的人，立即扶起儿子，“社稷宗庙不坠于地，全是你的功劳啊。”李隆基抬出被韦后立的温王李重茂来，放在龙椅上，对父亲说，“您先辅佐少帝吧。”
李旦和众人都明白李隆基是什么意思，但是，越是明白就会越有人反抗。过不久，首先站出来的还是刘幽求，此人对李隆基似乎很有意见，他叫来李旦的大儿子宋王李成器和那位名扬唐朝的太平公主，大声说道：“相王（李旦）可谓众望所归，今人心未安，国家还有很多事要处理，相王怎么可以还守着一些小节，应早即位以镇天下。”
李隆基“咄”地一声，“父王生性恬淡，不以天下事为要，即使有天下，也是让给别人，况现在坐在上面的是他亲兄弟的儿子呢，怎么可以代之？”
刘幽求跟李隆基卯上了，“众心不可违。相王虽然想高居独善，社稷江山怎么办？”
李成器不如李隆基那样有心机，很赞同刘幽求的看法，太平公主识破了李隆基的奸计，索性走到龙椅前，对李重茂说，“乖，国家的事情应归还给相王处理，这个地方可不是小孩子坐的。”说完也不等任何人发话，就把李重茂抱下龙椅，取出乘舆御服进献给李旦。
李旦这才即皇帝位，这是他第二次当皇帝。但他明白，自己和第一次当皇帝一样，绝对当不安稳。因为李隆基一直对那个龙椅虎视眈眈。李旦决定反抗，他不想再如从前一样委曲求全，如果对自己的儿子还一味地忍让，那他这个父亲当得实在太差劲了。
他登上皇位的第一件事就是立太子，大臣立即分成两派，一派支持宋王李成器，因为他是皇帝的大儿子；另一派支持李隆基，因为他有社稷之功。
事实上，李旦很感谢李隆基，立他为太子也是情理之中的事。但是，他担心的是，李隆基成为太子后，他的皇帝宝座就很难保住了。所以，他在立太子这个问题上思前想后，始终找不出一个合理合法的借口来立大儿子李成器。
可李成器居然找到他，跟他说，天下太平时可立长，天下不太平时当然要立有功之人。我没有功劳，而且对权力也不渴望，还是让隆基来当太子吧。
李旦当然也明白这个道理，况且李隆基经过这场政变，在朝中奠定了坚实的实力与影响力。他只能把太子之位交给李隆基，就如同李隆基只能听凭别人把他扶上龙椅一样，都属于无可奈何之事。
就这样李隆基被立为太子，从此，皇帝与太子之间的关系更加微妙了。李旦想要保住皇位的唯一办法就是利用其妹妹太平公主动摇东宫，而李隆基却为了谋取帝位而千方百计地逼其父让权。两个人进行着温柔的攻击与反攻击，唐朝睿宗一朝的政治主要是围绕这个旋涡在进行的。鹿死谁手，只看谁比对方更狡诈一些罢了。
初战告败
李旦想保住皇位，就必须要拿掉李隆基的太子之位。他想的第一个办法，就是希望得到朝臣的支持。有一次，他秘密召见大臣韦安石，说：“听说朝廷众臣都倾心于东宫，你如何不察看一下？”
韦安石立即回答：“皇上怎么说出这种亡国之言，此必是太平公主之计。太子有功于社稷，仁明孝友，天下所知，希望皇上不要信谗言。”李旦一哆嗦，说，“我知道了，你以后就不要再提此事了。”
李旦这次与韦安石的谈话是想试探一下大臣们态度，当然，一个韦安石并不代表全体大臣，可毕竟，这位宰相在朝中的影响力不可小觑。李旦知道，自己亲自出马根本不可能办成这件事，他只好请出太平公主来。
太平公主是武则天的小女儿，由于受到母亲的影响，太平公主“多权略”，喜参政。李旦希望有这样一个人来牵制甚至是拿下李隆基，太平公主是最适合的人选。李旦从不担心太平公主能对自己的皇位构成威胁，因为太平公主名不正言不顺。
但太平公主却不这样认为，因为前有武则天后有韦氏，她以为自己还能成为第二个武则天。在经过李旦的稍加指点后，他对李隆基发起了进攻。
首先，太平公主找到让出太子之位的李成器，很可能是先骂了他太愚蠢，然后再动之以情，晓之以理。最后才对李成器说：“我们联合起来把废掉李隆基，太子之位本来就是你的。”
李成器坚决不干，倒不是因为他非常仁义，而是他的胆小。他很清楚弟弟李隆基现在的实力，自己真若去抢太子位，无异于以卵击石。
太平公主当然不会这样善罢甘休，711年初，她把朝中几个宰相约到了宰相们到中书省必要经过的光范门内，建议这几个只吃饭不干活的宰相上劝皇帝废黜太子李隆基，改立李成器。宰相们的表现是：张着嘴巴，大惊失色。太平公主在这样的地方宣称要废黜太子，几个人不张大嘴巴才怪呢。
只有宋璟（李隆基大亲信大臣）大声叫道：“东宫有功于天下，真宗庙社稷之主，怎么会有如此言论！”
太平公主见不是头，只好悻悻走开。她和李旦都明白了一件事：在这个时候想要搬倒李隆基，的确要下点苦功夫。
而李隆基所采取的对策就比他父亲和姑姑高明多了。李旦和太平公主要废李隆基的行动仅仅停留在制造舆论上，而李隆基却在安插朝臣上下苦功，一步步实施逼父计划了。
他先把宋璟弄到了吏部尚书的位置，再让宋璟用吏部尚书的权力提拔大批自己的忠实臣子，姚崇为宰相、卢从愿为侍郎，并且与当时的宰相元振、张说、韦安石结下了深厚的友谊。李旦虽然在轰隆的万岁声中俯瞰群臣，但他已经被孤立了，确切地说，李旦也只能在舆论上对李隆基实施进攻。
这时，宋璟与姚崇又开始了策划把太平公主赶出长安的方案。两人向李旦提出了三个方法：第一，太平公主现在之所以这样起劲，就是因为李成器有当太子的资格，如果将李成器迁出京城，太平公主在舆论上就输掉了。第二，太平公主废太子后必要找出另外一个李氏子孙来继承太子之位，为了绝她这种念头，可把歧王李隆范和薛王李隆业任命为“左右羽林大将军”。第三，这也是比较冒险的一招，就是把太平公主安置于东都洛阳。
这样，李成器外任刺史，太平公主安置东都，太平公主找不到可以废太子理由的傀儡，想不作罢也不成。而被任命为羽林大将军的歧王和薛王，就是为了把太子和他两个弟弟的势力集结一起，以此来巩固东宫的实力地位。
李旦大为惊恐，他想不到人一旦拼命地为主子效忠，其手段要多恶毒居然就有多恶毒。但这两个人的理由很堂皇，太平公主现在正威胁着大唐江山，作为大唐皇帝，你无论如何都找不出适当的理由来反对这种言论和拒绝他们的方案。
但是，朝臣们在宋璟的鼓动下，屡屡向李旦提出要把太平公主赶出京城。李旦得不到任何支持，他近似哀求地说，“其他几件都好办。可我没有兄弟，只有这一个妹妹，你们把她让到东都，这太不象话了。”
他难道还不明白吗，这是在进行着没有血腥的斗争，既然是斗争，就肯定不象话。李旦无计可施，他想以皇帝的身份来拉拢群臣，动摇东宫。他依旧是选择了舆论方式。
有一天，他突然对臣下们说，“有个术士对我讲，五日内有急兵入宫，你等为朕准备着。”大臣们大眼瞪小眼，聪明的大臣突然就把那个术士与太平公主联系上了，宰相张说叫道：“皇上明察，这是谗人设计，想要动摇东宫。如果皇上让太子监国，则君臣分定，谗言自然无隙可钻，灾难不生。”
李旦傻了，可以说，他弄巧成拙。在他与李隆基的斗争中，大臣们已经看透了他所想的一切，而他永远也看不透大臣们到底在想什么。他以为大臣们真的是在为他的江山社稷着想，其实，这些人都是在为李隆基未来的江山社稷着想呢。
果然，群臣听张说这么一讲，立即都站在了李隆基一边，纷纷要求李旦要太子监国，附加条款是：把太平公主扔到外地去，东都洛阳既然太远，那就找个近的地方。
皇帝虽然有至高无上的权力，但当这种权力有人来跟你分享的时候，并且跟你分享的人又有着极大实力，皇权就大打折扣。李旦此时只好按照群臣们的意见来做事。首先，他召集三品以上的大臣，痛不欲生地说，“朕素来淡泊，不以皇位为贵。当初朕就把皇帝和皇太弟的名头让了出去，我今天想传位于太子，你们认为怎么样？”
大臣们都不出声，只有殿中侍御史和逢尧是太平公主的人，见到李旦左顾右盼，才出面道：“皇上春秋未高，正为四海所依仰，如何就要退位？”
李旦立即散会，过不久，在群臣的压力下，他只好把太平公主迁到了蒲州，也就是今天的山西永济。又过了几天，还是在群臣的压力下，他让李隆基监国，凡政事皆让李隆基处分，但军旅死刑及五品以上官员事宜都要经过他的同意。
可以说，李旦输掉了第一个回合，而等着他的是屡战屡败。
最后决战
李旦被李隆基夺去一些权力后，当然不肯罢休，他在朝中又以各种各样的手段争取到了把太平公主接回长安的目的。
并且给太平公主出主意说，要她跑回长安来大闹。
太平公主果然就不是省油的灯，当她知道了之所以来到这个兔子不拉屎的地方完全是拜宋璟和姚崇所赐时，大怒，跑回长安向李隆基问罪。李隆基权衡良久，忍痛上一奏章，请求将宋璟和姚崇以离间姑兄之罪名，严厉查办。李旦当然很乐意，立即将二人贬出京城。首然后他开始提拔太平公主的人，以给太平公主增加实力筹码。崔湜（音拾）就是在这个时候被提拔起来的人之一，此人本来是个小小的考功员外郎，因为与上官婉儿有私情，通过婉儿向中宗说情，终于得到了宰相之位。时间不长，他就因为选拔官吏时接受贿赂而被罢官。等到韦皇后专权之后，他又重新当上了宰相。等到李旦即位后，很快又将他免官，他并不灰心，找到太平公主后，通过她向李旦求情，宰相之位又一次到了手。
事实上，李旦提拔起来的太平公主的人并非都是奸佞之辈。之所以后人把许多人都打进奸佞的牢笼里，是因为李隆基登基后给这些人下的定论。篡改历史在唐朝有着优秀的传统，唐朝皇帝们把这看作是一种美德。
李旦提拔的太平公主这些人由于在李隆基的干涉下，屡屡不能得到他们想要的东西。太平公主与李隆基的斗争越来越激烈，李旦一直尽力帮助太平公主，希望能让太平公主占据上风。这个时候的李旦已经没有废掉李隆基太子之心了，因为事实表明，李隆基自监国以来，朝中大臣几乎出现了一边倒的情况。不得不承认的是，李隆基的确是个有才干的人，可以这样说，他是中国历史上不可多得政治家与权谋家。
在先天元年（712年）七月，天象异常。封建皇帝认为这种天变是老天要有事提前告诉天子的信息。太平公主寻来一术士向李旦报告：“根据天象，彗星出现预示除旧布新。帝座及前星有灾，这显示皇太子合做天子，不合更居东宫。”李旦最喜欢听到这种消息，于是，他把消息传了出去。如他所预料到的，群臣们纷纷把矛头指向太平公主，认为这是太平公主挑拨他们的父子关系。
李旦的最大失误就是，明知朝臣们已经站在李隆基一边了，却还要争取这些朝臣来对付李隆基。不失败，是绝对不可能的。
群臣们帮他出计策，要他让出皇位，让李隆基即位，这样，既能保证大唐江山不落入外人之手，又能结束长久以来的宫廷斗争。大臣们肯定明白，这场宫廷斗争的主使人就是李旦，只要他滚蛋，万事大吉。
还能有什么办法呢，李旦搬起石头砸了自己的脚，一方面他绝对不能承认太平公主所做的一切都是在他的主使和默许下进行的，另一方面，大臣们以把他置身事外的方式来逼他交出皇权。他当然可以不交，但是，太平公主怎么办？要把太平公主拉出来挨枪子，他绝对办不到。倒不是他舍不得，而是，一旦太平公主被打进深渊，他就真成孤家寡人了。
与其破釜沉舟，倒不如留下青山，他同意让位。李隆基知道后，激动地跑进宫觐见，连连叩头，请求父亲给他个让位的说法。李旦无奈地说：“你诛凶定乱，能安我宗庙社稷。现天意人事，都已成熟了，不必疑虑！”
李隆基开始大哭，坚决认为这样不好。但李旦明白他是在演戏，预备给自己留后路似地说“你若能尽孝心，现在机会来了，何必一定要等到柩前即位呢！”
李隆基真是“无可奈何”了，史书载：“（李隆基）流涕而出。”从这件事上，我们要知道一个道理，一条好狗看到世界上最好啃的骨头，提前也要装出不屑的样子来，以使主人认为你是条好狗。
此时，李隆基登基已成定局，太平公主想出了一个办法。他跟李旦商量，要哥哥“自总大政”，也就是，三品以上高官的任命和重大的刑狱，都要哥哥与李隆基共同兼理。
李旦觉得这个主意非常不错，该年八月初三，李旦举行了正式传位的大典，他被尊称为太上皇，自称曰朕，发布政令日诰、令。李隆基即位，自称曰予，处理政事的文件格式叫做制、敕。父子不同的是，睿宗每五天一次在太极殿接受群臣的朝贺，而李隆基则每天在武德殿上朝，处理政事。
李旦在当了两年皇帝后，成为太上皇。第二年六月，太平公主开始采取军事行动，决定在七月四日攻进玄武门施行军事政变。李隆基得到消息后，在七月三日领士兵三百余人将太平公主一党杀死，太平公主跑出了皇城，三天后，她回到家里时，等待她的是一纸赐死于家的诏令。
太平公主一死，李旦失去了唯一的帮手。事实上，太平公主所要发动的政变应该有李旦的参与，即使他没有参与，事先也应该有所耳闻。至于他希望政变成功还是失败，就不得而知了。但我们知道的是，自太平公主死后，李旦唯一的“三品以上高官的任命和重大的刑狱有参与”的权力也被李隆基夺走了。
四年后，也就是716年，李旦病逝，死时虚岁五十五。李旦的谥号是“玄真大圣大兴皇帝”，庙号是“睿宗”。