太原、临汾失守后，阎锡山旧军踞处晋西南一隅，力量大大削弱，除拼凑独立旅编并成王靖国十九军、陈长捷六十一军外，在晋北被打垮的两三个军基本上成了空架子。因此，长期以来新军就成了旧军吞并的对象。同蒲路西的新军接近旧军的防地，于是阎便于1939年7、8月将这些新军整编成旅和暂编师，并在每旅编入部分旧军，以便控制。是年冬，阎加紧了吞并新军的步骤，胡宗南也在黄河西积极配合阎的反共活动，陈兵于陕甘宁边区周围，蠢蠢欲动。而绥德专员何绍南更控制延安通往华北的咽喉，不断对边区进行骚扰。
为了粉碎国民党顽固派的第一次反共高潮，中共中央于7月7日发表《为抗战两周年纪念对时局宣言》，提出"坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退"口号，确定了"人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人"的自卫原则和反顽斗争坚持"有理、有利、有节"的方针，并下令调王震率三五九旅四个团由晋察冀边区开回绥德地区，贺龙率张宗逊三五八旅五个团由冀中返回晋察冀，逐次向晋西北转移。9月21日，中共中央便向山西党发出"关于山西开展反逆流斗争的指示"。10月中共晋西北区党委召开第一次代表大会，以贯彻中央的反顽方针，并在军事上做了具体反顽部署。当时贺龙部主力尚在行军途中，晋西和晋西北地区只有韩钧的决二、雷任民的决四两纵队和续范亭暂一师等新军，八路军只有一一五师补充团为骨干的陈士榘独立支队和一二○师新组建的彭绍辉的三五八旅。而阎军方面在晋西南有六个军。晋西北有一个骑兵军另一个步兵军。同时晋西北腹地还有杨集贤的二区行政主任公署、薛文教第四区专员公署、暂二旅和所属的县政府及公安局。
1939年冬，山西抗战进步势力和顽固落后势力之间的斗争更加激化，各行署开始撤换抗日进步县长；各县的"同志会"和特务组织"突击团"加紧造谣污蔑，破坏八路军和新四军的名誉；甚至不断发生旧军官蛊惑士兵围攻政工人员和率领部队叛变的事件。为了反击阎锡山的反动气焰，除以"牺盟会"名义动员各地抗日群众举行示威游行作反摩擦的思想动员外，在新军则加紧撤换不可靠的军官，巩固内部。在晋西北地区，为了应付突然事变，区党委于12月18日开会决定，由新军各部及八路军代表组成最高指挥部，以续范亭、雷任民分别担任军政总指挥，并确定采取集中优势兵力以运动战消灭顽军的方针。是年底，中共中央军委复派滕代远总参谋长前来组织"晋西北行动委员会"，统一指挥决二、决四和晋西南、晋西北的八路军进行反顽战争。
阎锡山为了达到控制山西的目的，决定采取各个击破的方针，即先打牺盟会和新军，再打共产党和八路军。他认为薄一波和韩钧领导的决一、决二和政卫队内部共产党力量大，他已无能为力；而戎伍胜和雷任民领导的决三、决四和工卫旅，旧军官占优势，可以掌握住这些部队，因此，他决定对决二、决三、决四分别采取武力解决和政治瓦解两种方针。这样，阎就于11月间一面派人去临汾与日军试行所谓"和平谈判"，一面委任陈长捷为"剿叛"军总司令，部署驻晋西南的六个军准备向驻在隰县、蒲县、中阳、孝义地区的决死二纵队和八路军一一五师独立支队进攻；对晋西北则指示赵承绶表面与续范亭等谈判，为缓兵之计，暗中则策动决四纵队改编的卢宪高、刘武铭两旅长率部叛变。阎同时命令白濡青的骑一军和郭宗汾的三十三军集结在兴县、临县地区，以待解决决二纵队后，配合陈长捷率军穿越离（石）军（渡）公路北进，消灭晋西北的新军。对决三纵队，则由孙楚策动反动团长赵世铃、孙瑞琨等发动武装叛乱，以牵制晋东南的八路军，使其不能西援同蒲路西的新军。
阎锡山部署既定，山西的"十二月事变"随即爆发。12月1日阎锡山一面命令决死二纵队于5日向同蒲路灵石、霍县段进行破击，实行所谓"冬季攻势"；一面命令陈长捷率阎军主力王靖国的十九军和本人的六十一军摄决二纵队之后，与驻灵、霍叚日军形成夹击态势。决二纵队政治部主任韩钧等识破阎锡山的毒计，拒绝了阎的命令。于是阎便通电全国，诬称决二纵队叛变，命陈长捷率军讨伐。阎军首先于12月3日在永和解决了决二纵队一九六旅旅部，接着对隰县、蒲县、石楼、永和、洪洞、赵城等县的抗日政府和牺盟会干部进行摧残。至此，决二纵队遂奋起自卫，与旧军展开激烈战斗。同月16日，在孙楚的策动下，决三纵队发生赵世铃、孙瑞琨的叛变，摧毁了沁水、阳城、晋城、高平、长治、陵川、壶关七县抗日政权，袭击了戎伍胜的第五专署和"牺盟会"长治中心区部，屠杀共产党员及进步人士五六百人，绑架一千余人，并拖走决三主力三个团和纵队直属队一部共计四千余人。这样，反阎锡山顽军的战争就在山西境内全面展开。
阎锡山晋军是一支极腐朽的军队，虽然兵员十倍于决二纵队，经过十几天激战，仍未能取得牲利。但是吕梁根据地狭小，无回旋余地，又加上弹药已消耗完，经中共中央同意，决定向晋西北转移，以保存实力。这样，决二纵队和游击第三团就在八路军陈士榘支队的掩护下退出阵地，于27日夜通过离（石）军（渡）公路日军的封锁线，28日全军集结临县招贤地区。晋西北区党委对赵承绶最初采取争取中立的方针，及至决二纵队和陈士榘独立支队突然出现于招贤地区，赵承绶始感形势严重，当即在兴县召开军事会议，决定以临县为中心集结兵力，阻止决二纵队、陈士榘支队等与晋西北八路军和新军会师。其兵力部署是骑兵军八个团在白文镇、塞上、开府及方山方向，阻拦晋西北八路军和新军南下；以郭宗汾军六个团在临县以南阻击决二纵队和陈士榘支队继续北上。当时续范亭参加了这个会议，遂连夜潜回部队，命令暂一师迅速抢占赤坚岭要隘。29日彭绍辉三五八旅主力顿星云七一四团星夜完成护送弹药到晋察冀的任务后返回岚县地区，始减除了赵军对岚县地区区党委和三五八旅领导机关的威胁。
1939年12月底，中共中央军委电令罗贵波、彭绍辉指挥晋西北部队，接应决二纵队与陈士榘支队继续北上；同时命令贺龙星夜率一二○师主力赶回晋西北。晋西北区党委在普明镇南史家庄召开紧急军事会议，为了争取与阎锡山妥协，成立"晋西北拥阎抗日讨逆总指挥部"，任命续范亭为总指挥，将决四纵队四个团、暂一师三十六团分编为左右两个纵队，由彭绍辉指挥，分别向方山和临县的白文镇前进，冲破赵军的阻截，接应决二纵队和陈支队的北上；以七一四团和保安七团为预备队，集结于岚县地区，对静乐日军警戒；以决四纵队第十八团进占兴县，摧毁兴县、岚县的旧县政府和公安局，控制黑峪口黄河渡口，保护通陕北的交通线；以侯俊岩工卫旅两个团由岢岚开至兴县以北的魏家滩，相机消灭驻保德的阎军第二旅；以暂一师三十七团警戒五寨方向日军，调孙超群警六团自雁北赶回保德、五寨间，相机消灭阎锡山的第二区行政公署主任杨集贤；以工卫旅二十二团及彭三五八旅独二团的一个营消灭娄烦、交城地区的阎锡山第四区专员薛文教部暂二旅。
1940年1月初，晋西北讨逆战争展开：2日，右纵队占领塞上，左纵队攻占开府。3日，右纵队攻占阳波，歼灭赵军主力步兵第三团，左纵队在马坊以北与赵军对峙。4日，右纵队增援左纵队。5日攻占马坊，7日赵军放弃方山，退守临县城东的指火疙瘩、薛峰村地区。这时，白文镇赵军乘右纵队增援左纵队机会实行反攻，决四纵队及三十五团又撤出阳坡。9日，左右两纵队联合反攻阳坡，并向白文镇迂回。赵军遂被压缩于临县城附近地区。
这时，滕代远已代表中共中央军委到达晋西北讨逆军前方指挥，决定乘晋西南阎军尚未北上时机，集中兵力歼灭赵承绶、郭宗汾两部顽军于临县地区。当时晋西北部队编为右集团，由彭绍辉指挥，自白文镇沿湫水河川直趋临县；晋西南退回的部队编为左集团，由陈士榘指挥，自方山向临县进攻。同时，由中共中央军委派王震三五九旅陈宗尧七一七团渡河集结碛口地区配合作战。11日，右集团攻占窑头，12日左集团攻占薛峰村。13日，右集团攻占吴家湾、南庄，左集团攻占指火疙瘩，逼近临县城。至此，赵承绶军人心已乱，而陈长捷率领的援军又恐晋东南八路军蹑其后，不敢北进，赵等遂乘围歼他们的八路军和新军尚未合拢之际，于13日夜弃城南窜，穿越离军公路向晋西南逃去。1月底，贺龙率张宗逊三五八旅返回晋西北，由贺统一指挥晋西北地区的八路军和新军，对盘踞晋西北地区的土顽杨集贤、白志沂、侯光远等进行"扫荡"，尽歼这些地方顽军和旧县政权、公安局等。对驻军河曲、保德间的马占山东北挺进军和陕军高双成八十六师，在对赵承绶军作战时争取他们中立，战后欢送他们返回黄河西。
阎锡山根据蒋介石的指示发动山西"十二月事变"，虽然将决二纵队赶出晋西南，并由孙楚煽动决三纵队部分军官叛乱，拉走四千余人，杀害了数百名共产党员和进步人士，但总的来说是得不偿失。经过这次事变，阎在晋西北势力全被肃清，王震又赶走了绥德专员何绍南，使晋西北和陕甘宁两根据地连成一片。杨澄源和金宪章也被晋察冀部队赶出晋东北，金率残部投靠中央军朱怀冰、孙楚在晋东南捣了一阵乱，太行根据地很快又被八路军恢复，拖走的部队有的被卫立煌收编。阎锡山虽统一了晋西南地区，但蒋介石又计划假助阎清共为名派兵进驻。阎认识到以自己的武装吞并新军已不可能；如引蒋军进来，剩余的晋西南地盘和几万残军也必被蒋介石吃掉。中共中央分析了阎锡山的心理状态，为了争取阎锡山，孤立蒋介石，争取山西抗战局势的好转，1月27日中共中央以陕甘宁边区留守兵团主任肖劲光名义致电阎锡山，表示愿意调解新旧军的冲突。新军各部将领也纷纷电阎锡山，揭露蒋介石国民党挑拨离间，制造山西抗战部队分裂的阴谋，希望新旧军言归于好，表示愿在阎司令长官的指挥下合作抗日。2月25日，中共中央又派肖劲光、王若飞持毛泽东亲笔信到达秋林镇，向阎当面申述中共关于新旧军团结一致拥护阎锡山领导抗日的主张。阎锡山被迫接受中共的调停，于4月间正式达成停止武装冲突协议：以汾阳至军渡公路为界，界南为阎锡山旧军活动区域；界北为新军和八路军活动区域。至此，蒋介石发动的第一次反共高潮--在山西的新旧军冲突宣告结束。
二八路军反击阎锡山双方战斗序列现将这次冲突中双方战斗序列列下：
（一）八路军新军方面
讨逆总指挥滕代远（中共中央军委总参谋长）一二○师三五八旅旅长彭绍辉一二○师独立第二支队司令于占标青年抗敌决死第四纵队司令雷任民暂编第一师师长续范亭工人抗日自卫总队司令侯俊岩一二○师三五九旅七一七团团长陈宗尧陕甘宁留守兵团警六团团长孙超群一一五师晋西独立支队司令员陈士榘青年抗敌决死第二纵队司令员韩钧。
（二）阎锡山顽军方面
"讨叛"总指挥赵承绶（第七集团军总司令）骑兵第一军军长白濡青第三十三军军长郭宗汾第二区行政公署主任杨集贤第四区督察专员薛文教。
八路军讨伐石友三战役
一八路军讨伐石友三始末蒋介石发动第一次反共高潮的目的，不仅是指使阎锡山吞并新军，把共产党从山西挤走，而且要夺取共产党创建的晋冀鲁豫抗日根据地。因此，当孙楚进攻晋东南一、三两决死队时，蒋介石曾于1940年1月19日致电朱德、彭德怀，命令八路军离开太南与太岳，说是"以免发生误会"；同时命令中条山的范汉杰等军、太南的庞炳勋、豫北的朱怀冰、孙殿英等军北进，而盘踞冀南的石友三、冀鲁豫边的高树勋等率军西指，以达其建立太正、德石路以南的防共地带，隔断西北、华北八路军与华中新四军联系的战略目的。对于蒋介石的乱命，朱德、彭德怀除回电表示坚决反对外，并派陈赓率一二九师三八六旅协助薄一波对付中条山的胡宗南军；派黄克诚率一一五师三四四旅、陈锡联率一二九师三八五旅阻击庞炳勋军；李达率一二九师各部阻击朱怀冰军。这样就使蒋在晋东南的阴谋未能得逞。在蒋介石的几路进攻军中，石友三部二万余人屯驻冀南抗日根据地的腹心地带，南联冀鲁豫边的高树勋部，虎视眈眈，成为华北敌后抗日根据地的心腹之患。而且石已和日军暗中勾结，对冀南抗日军民穷凶极恶，故必须及早予以惩处。
石友三是冯玉祥的护兵出身，随冯南征北战，先后升为军长、军总指挥，是一个以反复无常闻名于世的小军阀。冯蒋反目，石背冯投蒋，不久又叛蒋投阎，中原大战又背阎投张学良。1931年夏又联粤反张，被张、蒋联军战败下野。1935年在冀东当了一段时间的汉奸，又投靠宋哲元，由宋委为冀北保安司令。抗日战争军兴，石伪装进步，中共曾派张友渔、袁也烈等率领一批共产党员和爱国进步青年进入石部开展工作。最初石部只有二十九军两个正规团和收编的土匪冯寿朋部，以后，将高树勋冀南保安队归其指挥扩充为军。台儿庄会战后，石率军挺进鲁南，扩为军团。1939年初，蒋介石为了加强鹿钟麟冀察战区的反共兵力，将石、高两部调入冀南与冀鲁边。最初中共对石、高两部均采取争取方针，刘伯承、邓小平等都曾亲自前去晤石，许以供给粮秣，补充兵员。蒋介石为拉拢石反共，更委石为集团军总司令、战区副总司令兼察哈尔省主席，石遂揭去进步面具，投靠了蒋介石。
1939年12月，蒋介石指示阎锡山发动"十二月事变"，在晋南对决死队的进攻曾一度得手，太行顽军为策应乔明礼、侯如墉在冀西的叛乱，朱怀冰遂挥军北上，庞炳勋军也在高平、凌川地区蠢蠢欲动。石友三在冀南也一面派人与日军取得联系，联日反共，一面指挥其部队摧毁抗日政权，包围零星部队，强缴枪械，两个月中被其杀害的共产党员和抗日群众就达二百余人。