报纸这样描绘当时的情景："克里姆林宫办公室内的不眠之夜"，"强力部门首长与总统进行昼夜磋商"，"克里姆林宫与白宫的灯光不曾熄灭"……
然而，一些政治家与媒体却决定利用这次人质危机向总统发动新的攻击，正如他们在2000年"库尔斯克"号核潜艇悲剧发生时所做的那样。卡耐基基金会的莉奇娅·舍夫佐娃提出："俄罗斯总统应该公开承担解救人质的责任。如果普京不这么做，他将失去在民众中的威信，可能遭致与被迫辞职的吉米·卡特一样的命运。是的，我们的确看到普京在克里姆林宫召集会议的电视画面，但没有看到他与民众的接触。难道对民众没有什么可说的吗？整个国家都应该感觉到领袖的存在。但普京回避责任，采取观望的态度。他的威信在以小时为单位下降。这次事件更像是布琼诺夫斯克人质危机的延续。"《莫斯科真理报》的尤·卡里宁娜对普京的任何决定都先作指责，认为总统"错过了时机，必遭失败"。逃亡国外的鲍里斯·别列佐夫斯基也忍不住要发表批评演说。他声称在与马斯哈多夫进行谈判中可提供帮助，否则莫斯科"将得到700具灵柩"。俄罗斯共产党的报纸与《新报》更是以其惯常的方式批驳普京。
此时对于外界的种种质疑，普京已经没有心思理会，他的心被紧紧系在剧院里。
26日凌晨2时30分，救护人员从剧院救出了被击伤的一男一女。
凌晨3时30分，马夫扎尔提出的"最后期限"已到，于是他开始枪杀人质。一些人质试图逃跑，"寡妇军"马上举枪射击。顿时剧院内的枪声和爆炸声响成了一片。最后8名人质成功逃脱。
凌晨5时30分，普京一声令下，"阿尔法"特种部队开始发动袭击。他们从通风管道向剧院内施放了大剂量的"神秘气体"--一种强烈麻醉剂，并用炸弹在大楼墙壁上炸开一个大洞。冲入剧院的"阿尔法"特种部队与"寡妇军"展开了激烈枪战。激战中"寡妇军"引爆了一些被绑在支撑天花板支柱上的炸弹。
经过数分钟的战斗，爆炸声和枪声沉寂下来。
随后，特种部队士兵将活着的绑匪押出剧院。安全部队已经彻底控制该剧院，所有人质已经被解救。
在大厅内的红色观众席上，已看不到被劫持的人质，但在不同的座位上可以看到被击毙后以各种姿势躺着、坐着的女性恐怖分子。她们身着黑色衣服，腰间仍缠着爆炸物。大厅中央堆放着很多装在背囊里带有导线的炸弹。在另外一些地方，躺着被击毙的男性恐怖分子，旁边散乱地堆放着武器。所有的恐怖分子都被消灭--32名男性，19名女性。
这起历经57小时，震惊世界的事件至此总算落幕。750名人质被救，128名人质死亡，还有500多名人质受伤。
10月26日，普京到斯克利福索夫斯基医院看望被解救的人质，并祝他们尽快康复。当晚21点，普京对国民发表电视演讲。他说："亲爱的同胞们！这几天我们一起经历了严峻的考验。我们都在为落入全副武装的败类手中的人们担心。我们都希望人质获释，但同时我们也清楚，应该做最坏的打算。今天早晨进行了解救人质的行动，拯救了成百人的生命，几乎完成了不可能的任务。我们证明了俄罗斯是不会屈服的。现在我想首先向死亡人质的亲友表示歉意。我们没有能解救所有的人质。
请原谅我们。
对死者的哀悼应该将我们团结起来。
感谢所有俄罗斯公民表现出的忍耐与团结。特别感谢参加此次解救行动的所有人。首先是特种部队的成员，他们毫不犹豫，冒着生命危险，为解救人质而战斗。我们也同样感谢广大国际社会在与共同的敌人的战斗中给予我们的道义援助和实际援助。这个共同的敌人既强大又危险，没有人性，而且残忍，这就是国际恐怖主义。它没有被战胜之前，世界上没有哪个地方的人会感觉到安全。但它应该可以被战胜，而且一定能够被战胜。今天我在医院与一位受难者交谈。他说："当时没有什么可怕的。因为坚信无论如何恐怖分子都不会有未来。"这是真理。他们不会有未来，而我们有。"
莫斯科人质危机的圆满解决，使普京再次成为一些媒体瞩目的焦点人物。他在处理绑架问题上的方法独树一帜，其强硬的态度得到了不少评论人士的肯定。据民意调查，有85%以上的俄罗斯公民对普京所采取的行动表示赞同。
这次解救人质虽然获得成功，但也并非十分圆满，其间也出现了重大纰漏，主要是因为施放"神秘气体"。
俄特种部队施放的"神秘气体"，实际上是一把"双刃剑"，它一方面使绑匪失去抵抗能力，来不及点燃炸药就失去知觉或死亡；另一方面又导致大批人质死亡。这种"神秘气体"究竟是什么呢？它是不是某种生化武器呢？对此，俄当局严守"国家机密"，迟迟不肯说明真相，只含糊地说是一种"特殊物"，不肯公布其成分。虽有医生从侧面说，这是一种"催眠气体"，但仍有不少人怀疑这是"神经毒气"。后来，俄卫生部长出来澄清说，当时使用的是"医用麻醉剂芬太尼的衍生物"，并非"国际化学武器公约禁用的化学物质"。俄官员也辩解说，如不使用这种气体，人质可能全部丧生。而据美国专家说，这是一种麻醉神经的鸦片剂，其中含有毒品海洛因或吗啡的化学成分。
莫斯科人质事件的发生，使车臣战争进一步激化，而且延伸到了俄罗斯的首都。于是，普京宣布要"以牙还牙"，不仅拒绝马斯哈多夫的和谈建议，而且下令停止执行逐步撤军计划，在车臣展开大规模的清剿行动。这种情况，无疑使俄政府对车臣叛军的立场更趋强硬，使俄车两个民族的仇怨进一步加深，并使冲突更加尖锐。今后，俄军的清剿行动将更加强化，车臣叛军的恐怖活动也将更加凶残，他们会充当"人体肉弹"，不再提出条件而直接杀害无辜平民。
尽管普京的强硬立场一时占了上风，俄当局限制了媒体对反恐和车臣问题的报道和争议，政治解决车臣问题的呼声暂时又被压制了下去，但可以预料，在俄罗斯即将举行的议会选举和总统选举中，车臣问题必将再度成为焦点，引起各派政党的激烈争论，使普京面临新的考验。
猎狼行动
在苏联时期，军方一直保持着"军人不干政"的传统。除赫鲁晓夫时期由于政治上的需要，曾通过朱可夫元帅调动军队干预苏共中央全会外，军方一般很少对国家高层决策产生直接的重大影响。
然而国家安全机关的地位则不同，它不仅参与国家上层的活动，而且在一些关键时刻往往还为国家的重大政治变动发挥特殊的作用。
斯大林的政策给了克格勃膨胀的空间，随着它的日渐壮大，它渐渐成为了一支对国家政治生活产生重要影响的力量，其地位和作用远远超过其他强力部门。比如担任克格勃主席15年之久的安德罗波夫，后来当上了苏共中央委员会总书记。
叶利钦上台后，感到日渐强大的克格勃对自己的统治是一个严重的威胁，于是决定对克格勃进行大刀阔斧、伤筋动骨的改组。他先是将保卫和监听职能从克格勃分离出来，成立了联邦保卫局与联邦政府通讯和信息局；后来又把对外情报和边境安全分立，分别成立了俄罗斯对外情报局和联邦边防局。余下的机构又几经组合，最后才成立了俄罗斯联邦安全局。叶利钦曾经十分得意，俄罗斯终于没有克格勃这个庞大机构了。联邦安全局、对外情报局、总统保卫局并列存在，一方面，各特工机构并肩存在，权力制衡，相互制约；另一方面，这一改组又符合国际社会的通行做法，使国际社会和广大民众易于接受。
然而，实际却并不像叶利钦想象的那么好。分而治之不可避免地带来了职权混乱、职责不清等问题。在很长一段时间里，甚至出现直接听命总统的联邦保卫局借天子之威凌驾于政府和其他特工机关之上的局面。之后，随着国际形势的剧烈变化和国内民族矛盾的迅速激化，联邦安全局在打击国际恐怖组织、民族分裂主义等重大行动中越来越显得力不从心。
分立而治，还带来不少副作用。由于克格勃的改组和裁员，大批克格勃下海、投身商界。他们"士为知己者死"，公开搜集俄罗斯政治、经济、军事各个领域的绝密情报。要知道，由于这些人长期在克格勃工作，个个都是窃听等领域的行家里手，联邦调查局对他们也奈何不得！俄国总统、总理、副总理以及其他高级官员的机要电话屡屡遭到窃听，令俄政府大为头疼。
这一系列问题，已造成俄安全的巨大隐患。昔日令人闻虎色变的克格勃，不仅风光不再，甚至在某些方面对国家安全构成威胁。
当时，社会上盛传着一个嘲讽新贵的段子：
公共汽车上一个人的脚被邻座踩了，他忍了又忍，终于决定交涉一下。他细声细气地说："对不起，先生，您千万别为我的问题感到不快，您是圣彼得堡人吗？"在得到否定的回答后，他又小心翼翼地问道："那您有幸为克格勃效过力吧？"当对方再次回答"没有"后，被踩的乘客勃然大怒："混蛋，还不快点把你的脚收回去！"
在俄罗斯，对警察等强力部门从事犯罪活动的人有一个专门称号--恐龙。他们的犯罪活动引起民众的极大愤怒，人们纷纷要求彻底整顿强力部门。针对这种情况，普京开展了一场"猎狼行动"。
"猎狼行动"是2003年6月23日开始的。当天凌晨6时，俄联邦最高检察院侦查部大楼前，400多名荷枪实弹的警察、头戴面罩的"阿尔法"特种部队士兵以及扛着摄像机的记者排起了长长的队伍。很显然，一场大的突击行动即将开始。为了保密，直到行动开始前，一位高级警官才将几个密封的信封交给各行动小组负责人，他们拆开信封后，立即按上面的指示带领队伍出发了。
上午10时，俄联邦紧急情况部安全局局长加涅耶夫上将在办公室的电脑上悠闲地玩着纸牌。这位51岁的上将在俄罗斯是一位举足轻重的人物。他在阿富汗立过战功，1993年叶利钦总统亲自签署命令，将他安排到这个重要位置上。突然，加涅耶夫办公室的门被重重地撞开了。没等这位将军明白是怎么回事，几名训练有素的"阿尔法"特种部队士兵已经给他戴上了手铐。加涅耶夫愤怒地叫嚷着，但是没有人理他。一名检察院工作人员宣读了刑事起诉书。此时加涅耶夫像是泄了气的皮球，再也打不起精神了。在随后进行的搜查中，人们在这位将军的皮夹中发现了1万美元，此外保险柜中还有5万美元。
莫斯科警察局刑事侦查部上校萨莫尔金是在家中被捕的。当家门被重重地敲响时，这位上校似乎已经预感到出事了。他狂吼着要开枪，还威胁要扔手榴弹，但是还没等他来得及行动，他家的大铁门已经被炸开。人们在萨莫尔金的家中同样找到大量美元，他手上的一块瑞士表也至少值3万美元。
这次行动有1名上将、6名上校落网。在随后的调查中，人们发现这些"恐龙"在莫斯科郊外都拥有豪华别墅，造价至少在50万美元以上，里面有网球场、溜冰场和游泳池等设施，此外还有大量古玩和奢侈品，当天被缴获的现金共有300万美元。另外，这些人家中还有制造枪支的车间。
萨莫尔金和加涅耶夫同属一个有30多人的犯罪团伙。他们利用职务之便对经济界人士进行威胁并收取巨额保护费。当被勒索对象不肯服从时，这些人就将武器或毒品藏到对方家中，制造冤案，将他们投入监狱。
"猎狼行动"并没有结束，2003年8月14日，俄罗斯西伯利亚军区法院以"违反职责罪"判处西伯利亚军区少将瓦季姆·米哈依洛夫3年监禁。俄军事总检察院称，米哈依洛夫变卖军用物资，给国家造成了近50万卢布的损失。米哈依洛夫只是俄军官腐败的一个缩影，自1992年3月俄国防部成立以来有两名国防部副部长、一名陆军总司令、一名陆军副总司令、一名海军副总司令以及数百名将军因腐败被罢官甚至进了班房。