他们二人相互通信后的第三年，即1881年的农历六月初五日，才在伦敦见面相聚。当日晚上，杨仁山在出使的同事陈远济（即陈松生）、左秉隆的陪同下，宴请南条文雄。由于南条会汉文但却不会说中国话，而杨与陈也不会说英文和日文，所以他们的交流只能用笔谈的方式进行。尽管如此，席间诗酒唱和，宾客仍能欢畅无尽，直至深夜。南条自幼学习汉诗，在英国留学期间，不废吟咏。他的诗后来结集为《航西诗稿》，内中就收有此次会宴中他为杨仁山、陈远济、左秉隆三人所写的诗。在此次会见中，杨仁山问南条：有否见过《大乘起信论》的梵文本？杨仁山是因这本经而迈入佛教之门的，因此对这部经特别关心。南条因未见过此经，便如实回答，对此杨仁山十分失望。
南条此次在伦敦只住了两日。两日中，杨仁山与他日夜畅谈佛教，向他提出了一长串的问题请教南条。南条回到学校之后，以长信一一作答。
不久，杨仁山与陈济远一起到牛津大学看望南条，南条带他们到牛津大学出版社观看由麦克斯穆勒博士修订出版的梨俱吠陀梵文的活字。之后，杨仁山请求南条将《阿弥陀经》用梵文、罗马文、汉文三种文字合成一集，“请君以罗马文字译其音，以华文译其义，仍梵文原式，作三排横书……如蒙作成，弟归时当登诸梨枣”。南条答应了这个请求，仅用一个多月的时间就将这项任务完成，并将稿本寄给了杨仁山。杨仁山拟在回国后刊刻该经行世。南条还在信中就该经的音译和义译作了阐发，有文字千余言。南条曾在信中动情地回味自己上次的伦敦之行：“……记本年夏月在伦敦，与君及陈左二君快聚联吟之夕，其景况历然在目，今也离居三处，不知何日寻快聚之盟，重证此事？回顾怆然……”南条的这封信寄到中国驻英使馆时，杨仁山已离开英国，到了法国。时光荏苒，难得再次在异国聚首。不过二人已经相识，来日方长。两位佛学知音，虽然今后也将天各一方，但天涯比邻，友谊长存。
到1881年底，杨仁山作为曾纪泽随员赴欧的三年任期已满，准备启程回国。杨仁山不在家的这几年中，刻经处的事务都是由弟弟杨文润管理。刻经处刻经不辍，从不间断。杨仁山的次子杨自超每隔半个月给父亲写一封信，如实汇报刻经处的情况，让在欧洲的杨仁山也能随时掌握家中的情况。尽管这样，杨仁山还是向曾纪泽告假，决定回国。因为老母在堂，当儿子的不宜长期在外，“父母在，不远游”。他要求回国，还有另一个原因：在杨仁山赴欧洲的这头尾四年时间中，他家中发生了一件非常不幸的事情：他的三子和四子均因得白喉病而死亡，分别只有12岁和11岁。杨仁山在欧洲时曾告诉南条，将来要派这两个孩子到欧洲来学习梵文。现在，孩子的夭折令已经人到中年的杨仁山异常伤心，他十分想念家庭、想念亲人。他回国的请求得到了曾纪泽的准许。1882年初，他携长子自新，乘大轮从法国的马赛港启程回国，曾纪泽亲自为他们送行。
杨仁山此次外出，头尾四年，对他来说，人生的收获不是言语所能形容的。过去，他在国内只是耳闻西方科技发达、文明进步。这次他是亲身到欧洲并亲眼目睹了欧洲的情况。他考察了英、法两国的政教生业、风俗人情及科学技术，内心深感震撼。他曾随曾纪泽考察英国的乌理治炮局的制造厂。该厂纵约五六里，横约二三里，面积之大，令人不可思议。厂内有小火车十余乘，铁路回环相通，里程达180里，矗立入云的大烟囱有24管。规模之大，气势之宏，令人不得不佩服其科技的进步。杨仁山在海外的几年中，积极学习西方的科学技术，对天文、地理、光学等有特别浓厚的兴趣。他所有的薪金都不寄回家。他家中靠田租生活，不需要他从欧洲寄钱养家。因此，他的薪酬，除了少许留用外，均用于购买显微镜、望远镜、测量仪、水平仪、照相机等大量器材。他在欧洲大量订购了中文版的天地球图，以备回国提倡、推广科学所用。杨仁山的长子自新出国后的第二年即被曾纪泽保举为大清国的留学生，专门学习工程和测量绘图。此次他是陪同父亲回家探亲，实际上他在法国还有一年的学习期。更令杨仁山欣喜的是：在欧洲他认识了南条文雄。南条是将来对他事业帮助最大的一个人。总之，无论从哪方面来说，杨仁山现在都是满载而归。
四、随刘芝田二度赴欧
杨仁山归国之际，曾纪泽曾为他向清廷请封官职。在曾纪泽的《奏疏》中，可以见到他为杨仁山请封官职的话：“拟请将员外郎衔选中书科中书杨文会赏加随带三级，并仍赏给四品封典，如蒙俞允，应请饬下吏部查照办理”。应该说，曾纪泽为他请封的官职是不低的。但杨仁山回国后，却辞封不受，仍以刻经为他一生中的重要事业。
杨仁山多年的刻经活动，留下了大量的经版。经版所用的材料，多为上等的梨木和枣木，不易腐朽杨仁山长子杨自新，不易被虫蛀，可永久保存，永续利用。这些经版的保存，对刻经处来说就是一件头等重要的大事。杨仁山回国这一年，曾到苏州寻觅藏版之所，并于元墓山香雪海看中一块地方，但因为经费不敷，购地未成，最终未能实现购地的愿望。
杨仁山的长子杨自新随父回国省亲后，继续赴法国留学，到1883年底，方结束留学生活，回到国内。因他学习成绩优异，曾纪泽特上疏褒奖。曾的奏疏中说：“查该员远涉重洋，供差异城，持躬均属谨慎，造就颇有可观。谨按照吏部申明章程，分别核奖，缮具清单，恭呈御览，仰恳天恩俯准，分别奖叙，以昭激劝……”奏疏上报后，经吏部核实和皇上恩准，授予杨自新六品知府衔，分发安徽候补。杨仁山要求儿子不必回安徽等待候缺，应将自己所学服务于社会。因此，杨自新在南京便干起了工程建设方面的工作。
回国以后，杨仁山与南条文雄通信不断，二人的友谊一直持续发展。杨仁山在写给南条的信中说：“弟前言遣幼童学习梵文者，在第三第四子也，不意回国时，二子已逝，此时颇难其人，当以俟诸异日。”这段话表明，杨仁山曾与南条谈到过派遣幼童到英国学习梵文的打算，并把这个期望寄托在自己第三、第四两个儿子的身上。但苏氏夫人因为杨仁山不愿当官，甚为抱怨，便把对功名仕途的希望寄托在儿子们身上。在杨仁山出国期间，她逼第三、第四两个儿子日夜苦读。两个儿子终因用功过度，体质虚弱，免疫力下降，一遇白喉，无力抵抗，相继夭折。那个年代，一般较有地位的家庭，对孩子的教育十分苛严。杨仁山两个儿子的夭折，也不能完全把责任归咎于苏氏夫人。当时的医学很不发达，两个聪明的孩子未能渡过生命的这一关口。如有现代的条件，二子自然安然无恙。
杨仁山在佛教界的名气越来越大。1884年，英国人李提摩太到了南京。李提摩太为了寻找在华北未能找到的一些佛教典籍，为此他特意到刻经处拜访杨仁山。
李提摩太是英国浸礼会的传教士，1870年来到中国传教，先在青岛、山东，后到山西。他积极创办慈善事业，致力提高中国人的教育水平，因而与中国的很多高官都建立了良好的私人关系。他此次到南京，目的是为了说服两江总督给予基督徒以宗教自由，免除对基督徒的迫害。作为一个传教士，他更希望宗教能为改变中国社会起到应有的作用。他很尊重中国的佛教。为了了解中国的佛教，他每到一地，都要到寺庙里拜访高僧。在山西期间，他有一段时间住在寺庙里，与和尚们一起念经、吃斋。他拜访杨仁山时，发现这个致力于佛教传播的中国人，不仅熟悉中国的佛学权威，还熟悉欧洲和日本的佛学家，可谓学贯中西，是他所认识的佛教徒中最聪明的一位，这引起了他对杨的强烈兴趣。
他问杨仁山：“你作为一个儒家弟子，怎会成为佛教徒呢？”
杨仁山的回答令他十分惊异：“我奇怪作为传教士的你，怎么会提出这个问题……你知道儒家回避一些重要问题，它只谈论人间事物，而不理会超凡入圣之事。”
李氏接着问：“你是说佛教回答了这些问题？”
“当然。”杨仁山答。
“在什么地方？”
“在这部书里。”杨仁山拿出《大乘起信论》告诉李氏，“这部佛经使我从儒家弟子转变为佛教信徒。”
“你可有此书出售？”
“有。”
通过这次交流，李提摩太对杨仁山十分信任，他相信杨仁山熟悉各种佛教典籍的相对价值，请杨仁山为他选购了十余种杨认为最重要的书籍并带回旅馆。回旅馆后，他捧起《大乘起信论》，立刻阅读，直读到午夜之后。他在这部经典中发现了基督教的义理，因此兴奋异常。这段机缘促成了他后来与杨仁山合作将这部书翻译成英文。
杨仁山从欧洲回国后，曾纪泽被清廷改任英、俄钦差大臣。光绪十一年（1885），英国侵占缅甸，因边界问题，朝廷召曾纪泽回京，任命原江西布政使、代理江西巡抚的刘芝田接任曾纪泽之职。刘芝田受命后，立即组建使团班子。他考虑到杨仁山有多年出使英法的经验，再次聘杨仁山为他的随员前往英国。刘再三邀请，杨仁山也只好答应。这其中的原因，除了两人的交情外，更主要的可能还是经济问题。因为此时杨仁山无论是维持家庭的开销，还是发展刻经事业，都需要有稳定的经济收入。
刘芝田，名瑞芬（1827~1892），安徽贵池人，与杨仁山同属池州府人，有同乡关系。他于咸丰十一年以贡生身份投入曾国藩军营，以办事干练而使官位节节上升。在曾国藩军营，他与杨仁山父子共事，因有同乡情愫，关系密切。他对杨仁山的父亲杨摛藻十分崇敬。杨摛藻逝世后，他曾写寄怀诗以志怀念。其中有《寄怀杨京卿朴庵先生》一首曰：
海内宗工仰，灵光鲁殿尊。
时危延道脉，归隐亦君恩。
白酒闲摊卷，青山静闭门。
琱戈吾辈事，赖有古风存。
光绪年间，石埭乌石重修杨氏族谱，请刘芝田为之作序。刘在序言中写到：“余与杨氏近同桑梓，饫闻世德久矣。”
以上这些，都可佐证出杨仁山与刘芝田不一般的关系。
1886年初，杨仁山随刘芝田到达英国。这是他第二次出国，此次赴欧，他携带次子杨自超同往。刘芝田率使团到达英国后，曾纪泽设宴招待新任英、俄钦差大臣一行。杨仁山与曾纪泽已有四年时间没有见面了，再次见面，分外亲切。席散之后，杨仁山到曾的住处拜访，两人谈了很长时间。后来的几天中，他俩又长谈多次。在曾纪泽的日记中，有多次“与杨仁山长谈”、“谈极久”、“至仁山处久谈”等记载。
杨仁山此次出国，又是三年。杨的孙女杨步伟在《我的祖父》一文中说：“这次祖父到英后则专心考查英国政治和工业各方面，颇悟欧西各国致富致强之根基。”杨仁山在欧洲究竟悟到了一些什么呢？杨步伟所说的“欧西”各国致富致强的根基究竟是什么呢？对此，杨仁山在这方面没有著书立说，我们只能从杨步伟的回忆文字里略见端倪。杨步伟在《一个女人的自传》中写道：“有一年夏天的晚上我差不多七岁的时候，祖父和父亲站在隔子门边谈英国的宪法和人权的事。我一点不懂，惟说到人民有权选举等等事，我觉得非常有意思。我就在旁边问什么叫人民有权？权是什么？”在中国的家庭里，大人们之间谈话小孩子是不能随便插话的，但因这个家庭有民主气氛，才容得杨步伟这个小女孩能够打破砂锅问到底。杨步伟写道：“我问祖父民权是怎么回事，祖父就说，来，我告诉你。就大略说了几句，说英国虽然是有皇帝的国家，可是有个宪法，什么叫宪法你现在不懂。人民有权就是百姓可以选举代表，代表可以投票，就是国家和行政事，什么是对的，什么是不对的，可以管着政府做不做。我就问祖父你们现在有没有权？堂叔和一个表兄在旁边说快不要说了，回头要杀头的。我也莫名其妙问这些事为什么要杀头，就恨恨的回堂叔，你用人权来干涉我吗？祖父和父亲都不准我们再谈了。”
杨步伟在文中所说的父亲，是她的养父杨自超。杨步伟是杨仁山的长子杨自新所生，杨步伟的母亲怀她的时候，就由苏氏夫人做主将她过继给了杨自超，原因是杨自超的妻子没有生育。
从杨步伟这些回忆文字中，我们大致可以看出杨仁山所悟的“欧西各国致富致强之根基”，除了科技的进步外，应该就是西方的制度和文明。关心国家的前途和命运，是每一个中国人神圣的职责。据杨步伟的回忆，杨仁山此次欧洲之行，把他考察的种种心得都一一告诉了刘芝田，并请刘芝田逐条上陈给大清政府。但是这些条陈送上去后，都如石沉大海，这使杨仁山对大清政府失望，也促使他下定决心在三年期满后，不再与政界周旋了。
此一时期，清廷经过了同治和光绪两朝，在李鸿章、张之洞等一大批汉族大臣的引导之下，通过洋务运动，使经济快速发展，似乎已经有了一点兴旺的迹象。但在杨仁山看来，清廷政治上的腐败已到了不可救药的地步，他在与友人的通信中写道：“方今上下相蒙，人各自私自利，欲兴国岂可得乎？”这句话一针见血地指出了国家不能兴旺的顽疾所在，他告诫学人：“斯世竞争，无非学问。欧洲各国政教工商，莫不有学。吾国仿效西法，不从切实处入手，乃徒袭其皮毛。”长期的国外生活，形成了杨仁山独特的思想和见解，这给他的佛学思想体系增添了新的内容，使他成为一个具有广阔胸襟和世界眼光的佛教学者。这也是后来一大批知识界的进步分子愿意与他交往的一个重要原因。
杨仁山与二子杨自超在英国1889年春天（光绪十五），法国为庆祝巴黎铁塔这一世界性重要建筑的落成，召开万国博览会，盛况空前，杨仁山代表中国公使出席开幕典礼。这一年的夏天，杨仁山出使欧洲的三年任期已满，回到国内，结束了他的外交官生涯，他也结束了与政界的往来，下定决心致力于佛学研究。这一年的十一月，孙女杨步伟出生。后来杨步伟常对人说，她的出生只比埃菲尔铁塔建塔的时间晚了八个月。
与父一同出行的二儿子杨自超当时已有二十七八岁的年纪。他出国以后，没有留学，而是在使馆内工作。他踏实认真，年轻有为，深得刘芝田的喜欢，回国以后，刘芝田也向朝廷为他保举了六品知府衔的官职。不久，刘芝田被任命为广东巡抚，再次将杨自超带在身边，任职总账房，是巡抚身边最得力的财务总管。这个职务若不是心腹之人，绝不会随便委派。但是，刘芝田在任上只干了两年多时间，就突然病逝，杨自超只能回到南京，去重新寻找自己的职业。