一、家人与家事
第二次从欧洲回来，杨仁山已经53岁，时间过得真快，确如白驹过隙，杨仁山从一个任侠少年到现在的53岁，仿佛只是一瞬间的事。他从二十六七岁开始学佛，到现在也已经二十六七年了，孩子们都已长大，可以自立了，虽然老母在堂，但也不需要他再为家计奔波了。他已辞去一切公务，专心致志于佛学的研究。
除了老三、老四夭折外，杨仁山还有五个孩子，三男二女，长子自新第一次跟随他出国时已经结婚两年。到1889年底杨步伟出世，共生了九胎，存活的有三男三女。次子自超结婚后没有生育，归国时，大嫂怀孕在身，苏氏夫人便做出决定，无论生男还是生女皆过继给自超。此时嫁到扬州盐运使程家的次女也怀孕在身，苏氏夫人最喜欢次女，为使她今后与家庭的联系更加紧密，她指腹为婚，兄妹两人所生的孩子，若是一男一女，便为儿女亲杨步伟生母（前抱小孩者）家。果然，不久以后，哥哥所生的是女儿，就是杨步伟，妹妹所生的是一个男孩。两人腹中就已定亲，长大后，酷爱自由、独立的杨步伟为打破由祖母苏氏夫人所订的不合理的婚姻，历尽了千辛万苦。
长女杨圆明在杨仁山第一次出国之前，在扬州出家为尼，由老友妙空法师剃度，法名圆音。五子杨福严也已结婚成家，而且杨福严的第一个孩子也已经来到世上。现在杨仁山一家共有30多口，已从常府街迁居到南京最热闹繁华的地段花牌楼。这是一所有128间的大房子，题名为“池州石埭杨公馆”，在当时的南京，颇有名气，人们到了下关，就能知道杨公馆了。
杨仁山传第七章家居岁月花牌楼虽然是南京最热闹的地段，但街道却很窄，两辆轿子对面过，还得慢下来避免相撞。街面上各种小贩、摊点一家紧挨一家，人来人往，熙熙攘攘。住在这条街上，讲究的人家是不让小孩子在门口看热闹的，但是被称为“小三少爷”的杨步伟常常偷偷跑到街面上去溜达。
刻经处的工作场所也搬到这座新宅子里。刻经处最初成立的时候，设在鸡鸣山的北极阁。后来所刻经典逐渐增多，杨仁山与同仁们便发起择定在鸡鸣山北极阁集资建房，作为存放经版的地方。但北极阁是一块风水宝地，觊觎的人很多。杨仁山想在此地建房，引起了争端，而当年一起谋事的同仁们也都星流云散，妙空法师早已回到扬州，像赵烈文、曹镜初等老友也都离开了南京，在南京坚持不懈持续刻经的似乎也只有杨仁山了。在北极阁发生争端的情况下，他只得将历年所刻的经版移藏到常府街的寓所，现在则又迁移到花牌楼的新宅里。
长子杨自新光绪八年（1882）底自欧洲学成回国后，被曾纪泽保举了为六品知府衔，杨仁山告诫他，不必到省中去等待候补，应以自己所学的专长，做实实在在的事情。当时的南京在建设之中，工程方面的事很多，他所学的工程和测量都派上了用场，他承继了父业，一直在干工程建设方面的差事。次子杨自超回国后就跟随刘芝田到广东任职去了。嫁到扬州程家的小女儿则经常回来，她一回来就要带上一大班人，三四个孩子，每个孩子都配有两个佣人，浩浩荡荡的十多口。盐运使的孙媳妇又是杨公馆的娇女，出门的排场当然要有如此气派，因此花牌楼的杨公馆常常热闹异常，杨老太太孙夫人虽然年已九十了，但身体健康，耳聪目明，每日定时坐诵佛经。
回国后的第二年，即1890年，杨仁山作了一次北京之旅，这是他童年之后唯一一次北京之行，童年时的北京生活或许还有无数的回忆，但他此次北京之行，不是为怀旧而来，原因仍是为了佛教。他除了去一些寺庙烧香拜佛外，更多的还是留心访求古代高僧大德散佚的著作，但收获甚微，仅获得梵文《字母谱》一卷和《身心语》一卷。此次在京，他去拜访了父亲当年在京城里的一些友人，最著名的要算是父亲当年的同年进士宝韵（1807~1891），这位不久即将离开人世的军机大臣武英殿大学士官居一品的高官对于佛学有浓厚的兴趣，次年，杨仁山刻成《观佛三昧经》，宝韵老人捐银一百两。
虽然摒却外间一切事务，专心于佛学，但家事的烦恼却不断地要打扰他。苏氏夫人自老三、老四两个孩子夭折以后，受悲痛的打击，身体每况愈下。这个能干好强个性刚烈的妇女虽然临终前多年都是吃素念佛，但无奈身体却再也难以健康起来。也许当年杨仁山与巧姐的那段往事是她心中永远也排谴不了的怨恨，她把杨仁山不愿做官而专心于学佛的原因都归结到这场不能圆梦的男女之情，所以，她要以她仁慈的心肠阻止子孙万代不再陷于情感的孽障，不许任何人以任何理由娶妾，永断他们在男女之情上的妄想。
1893年，苏氏夫人久病困惫，不能念佛已达半年多。农历九月十四日，她午后醒来，呼儿媳及家中的女辈们将她扶坐起来，点起一炷香，然后开始念阿弥陀佛。一炷香燃完，她躺下来略睡片刻，然后又令身旁的女人们将她扶起来，端坐姿势，闭目而逝，全身既冷，顶门犹温。杨仁山与家人皆在默念经咒，祈愿她升往西方极乐世界。
苏氏夫人去世的时候63岁，而杨仁山只有57岁。许多朋友劝他再娶一个，子女们也因父亲身边无人照应而请他继娶。杨仁山早年学佛之时就有出家的念头，因家贫母老而中止了出家的想法，现在年纪已老不能再出家修行了。但子女们劝他继娶，他也只能对他们说：“我并非为守汝母之节，汝母一生望我入仕途，以未得如愿为憾，总觉得我乃赌气之举，不知我另有奢望（指佛学）。我今孽缘已了，从此除奉老母，即专心研究佛经，孙辈可选一人侍奉我即可。”从此他不再谈继娶之事，生活起居则由自新的长女照应安排。
二、天印庵
如果说嫁到扬州程家的次女有娇生惯养之嫌，那么长女杨圆明则性情温和，冰雪聪明。她自小对佛学就有浓厚的兴趣，14岁能背诵短部经文，长大后长年诵经拜佛，对净土深信不疑。扬州京口夹山的震华法师所写的《续比丘尼传》第六卷《民国江宁天印庵尼圆音传》，写的就是杨仁山长女。文中说她生于佛化家庭，有鹿门遗风，21岁随父到扬州，投圆觉精舍，请砖桥法藏寺妙空长老赐法名，剃度为尼，不久就在京口焦山受戒。
杨仁山长女圆音法师圆音自小性格文静，深得奶奶孙夫人的喜欢。圆音出家后，祖母念孙心切，就在家中安排一间房子作为佛堂静室，把圆音接回家中修行，这样祖孙二人就可天天见面，天天在一起念佛。尽管在家中修行，圆音也是严持戒范，住在佛堂，每日按时焚香念佛，研究佛典。她曾刺血写出《阿弥陀经》、《观世音菩萨普门品》、《佛遗教经》三部经典。三部经皆为短经，字数不多，但刺血写出，也绝非易事，可见她崇佛的心多么坚强。圆音擅长绘画，画了大量的佛像菩萨像，送给远近各处的朋友和信众拿回去供养。
祖母孙夫人于1897年去世，圆音认为已没有住在家中的必要，就在新迁延龄巷的附近买了一块地，修建一所庵堂，取名为天印庵。她搬到庵堂去住，离家不远，既可照应父亲，又可帮助父亲管理刻经处的事务和校阅经籍。刻经处经她亲手校阅的经书有《维摩天台疏》、《大日经义疏》、《十二门文心解》等多种。
自新的大女儿和二女儿长大后，还有一位自小生长在杨公馆的表妹，都跟着这位姑姑学佛，她们都认为当时父母之命、媒妁之言的婚姻制度不合理，不愿谈婚论嫁，而心向佛学。
天印庵虽说是一个小小的庵堂，但却香火旺盛，信众香客频繁而至，南京城中大户人家的信佛妇女都前来烧香拜佛。当时住在附近的南京督帅府张勋的夫人就是庵中长期的贵客之一，是天印庵的大护法。辛亥革命时，南京城中一片混乱，到处抓捕革命军，对不留辫子的人也格杀勿论。杨仁山于辛亥革命前两天去世，家中子孙都回到南京，不留辫子的几位战战兢兢，无处藏身，他们还是在张勋的帮助下才逃离南京，奔往上海。
在杨家，仅圆音出家为尼，对其他子孙是否信佛，杨仁山的态度是顺其自然，遂其心愿，绝不强求。杨仁山1911年去世，圆音悲痛异常，发愿要继承父亲的遗志和事业，继续刻经流通，她撰写了《募刻全藏缘起》一文，有二千余言，言辞恳切，感发人心。圆音于民国十九年九月初二日无疾而逝，世寿65岁。
三、与英人合译《大乘经》
19世纪末，欧洲各国的学术界、文化界开始关注中国的佛教，法显所著的《佛国记》（又名《法显传》）和玄奘所著《大唐西域记》，以及玄奘弟子们所著的《慈恩传》等著作，已翻译成英文和法文在欧洲出版发行。西方人已经意识到要了解世界佛教的发展历史，不能缺少对汉传佛教的了解。
法显是东晋时的高僧，是中国最早赴印度取经求法的高僧之一。《佛国记》中所写的内容是他在印度的所见所闻以及所经历的各种艰难险阻。晋朝之后，南北朝之初，中国高僧西行求法的人达百人之多，法显是其中最特出的一个，他所到的地方最多、最远，在他之前几乎没有中国僧人真正到过印度，在他之后到印度取经的僧人才渐渐多起来。他到印度取经和翻译等活动深深影响了中国的佛教，促使了大乘佛教在中国的发展和顿悟学说的兴起。他所著的《佛国记》，历代以来有各种不同的版本，比如《佛游天竺记》、《释法显行传》、《历游天竺记》、《释法显天竺记》、《佛游天竺本记》、《释法明游天竺记》、《历游天竺记传》、《法显记》等等，名称繁多，版本各样。
玄奘是古典文学名著《西游记》中唐僧的原型，知道他的人很多。贞观十九年（645）他从印度回到长安，受到唐太宗李世民的隆重欢迎，场面盛大空前，朱雀大街上人山人海，欢迎的人群成千上万，玄奘所获得的荣耀无人可比。当然，这一切都应归功于他在回国途中写给唐太宗的多封书信。深信“不依国主，则法事不立”的他，不仅是取经译经的虔诚佛徒，也是一个交际艺术的高手。在这些书信中，他对唐太宗的赞扬极其甜美而又恰到好处，从而使太宗龙颜大悦，亲自召见玄奘。但在召见之后，玄奘才明白，当今皇上真正有兴趣的并不完全是佛教，而是西域各国的国情和实力。按太宗的要求，他要将沿途各国的地情概貌所见所闻写出来，这个著书立说的重任使玄奘无法推脱。他从印度带回的各种经、律、论共有657部，在繁重的翻译工作中，他首先还是用一年零两个月的时间完成了太宗交给他的任务，于是一部流传千古的伟大著作便诞生了，这就是《大唐西域记》。
《慈恩传》原名《大唐大慈恩寺三藏法师传》，是一本关于玄奘西天取经的一本传记。玄奘回长安后，所住的寺庙为皇家拨款所建规模宏大的慈恩寺。他有弟子三千，最著名的有三十多位，这本书是他的弟子们所著。
法显和玄奘两位古代高僧历尽艰险，九死一生，才使佛教在中国广泛传播，发扬光大。佛教在印度传播了一千年以后逐渐归于寂灭，而又从中国“倒流”回去。现在，到印度去过的人可能知道，印度人是如何崇敬玄奘这位中国古代伟大的先人，很多重要的场所都为他塑有高大的雕像，供人祭祀膜拜。在印度，玄奘的大名几乎家喻户晓，妇孺皆知。印度是一个缺少史籍的国家，古代印度的历史几乎隐没在一团迷雾之中，是玄奘的这本书为他们留下了活的历史，留下了灿烂辉煌栩栩如生的一个个历史画面。书中对印度历史上许多大事件都有记载，对政治、经济、宗教、文化艺术、民族关系等等各个方面都有非常翔实的论述。全书对128个大小国家的情况都有记录。按照太宗的旨意，玄奘对每一国的记述都按固定的章法：幅员大小、都城位置、地理环境、农工商贸、风俗人情、语言文字等等都有涉及。
法显和玄奘两位高僧的著作和传记翻译介绍到西方以后，他们充满传奇色彩的人生故事引起了西方思想、文化界的震动。他们看到，几乎没有什么宗教历史的中国却有法显和玄奘这样伟大的圣徒。他们具有钢铁般的意志，不畏艰险，舍生忘死，不达目的誓不罢休。一时间，古老的中国吸引了他们的好奇心，他们对汉传佛教产生了浓厚的兴趣予以积极关注。
或许正是在这样的背景之下，英国人李提摩太才下定决心要把汉语版的《大乘起信论》翻译介绍到西方世界去。1891年他在上海担任基督教思想普及协会总干事，再次遇到回国不久的杨仁山。见面相叙以后，他就向杨仁山提起《大乘起信论》，他对这本书极感兴趣，但常被一些不见于字书的哲学名词困扰，而这些名词非对佛教有深入研究的人不能解释。如果杨仁山能抽空到上海提供帮助的话，他们就可以合作将这本书翻译出来。
佛法西行是杨仁山早存心中的愿望。他在与南条文雄的通信中，就曾问及《大乘起信论》一书的西译情况，并说：“《大乘》即不能得梵文，将来即据梁译翻成英文，或亦欧人入道之胜缘也。”现在有西方人对这本书有浓厚的兴趣而要翻译成英文，他当然毫不犹豫就答应了对方的合作要求。于是两人开始合作，杨仁山对这本书逐字逐句用汉语向李氏作详细的解释，然后由李氏翻译成英文。杨仁山对这次合作非常兴奋，投入了很大的热情和精力，为搞好这次合作，他还特意写信给南条，求购华、梵、英合璧字典，以求准确阐明书中的奥义。三年后，合作完成，英译成功。
但杨仁山对这个英译本很不满意，原因是李氏属基督教的传教士，他行事的目的和宗旨都是为了传播基督教的教义，他翻译这本书的目的仍然是援佛教而阐发基督教义。尽管杨仁山对书中的意义和思想都作了准确详明的解释，但李氏仍以自己的私见穿凿其间。这种不忠实于原著的做法，不能不引起杨仁山的遗憾。所以后来李氏再次提出翻译《楞严经》的时候，被杨仁山谢绝了。
也许正是杨仁山不满意的原因，此书译成之后，一直没有出版，李氏希望能在空暇时重新修订译稿，但他在中国确实太忙了，一直未得空暇。直到1907年，此英译本才由上海的广学会出版。而此前1900年日本人铃木所译《大乘起信论》已在美国芝加哥出版。
李氏在前言中，表明了自己援佛教入基督教的做法的观点，他认为铃木是一个非基督徒，不能对佛法和基督教义进行比较，不能理解此书作为东西方宗教和解的重要性。正是在这种情况下，他的译稿虽一直未能得到修订，但还是决定出版，他相信如果人们能正确地以基督教义理解此书的话，必能使东西方不同信仰的人相视为兄弟，并使各教的导师相互尊重。
虽然合作以不太满意而告终，但合作的成果却是一件功德无量的大事。李氏与杨仁山合译《大乘起信论》到现在仍是英语世界的经典译本，受到人们的推崇。从这个层面上来说，杨仁山佛法西行的愿望并没有落空，这对杨仁山弘法的一生，同样极具意义。