组织架构管理规范化实施的程序方法，往往是对企业组织运行的过程进行价值关联关系分析，确定价值关联链接一路，分解系统模块。然后，选择确定组织架构的基础模式，设置确定直线经营单位，分析核算确定各个系统模块事务工作的工作量，设置确定纵向职能部门和职能岗位，平衡工作量，设置确立下级对口单位、部门或岗位的设置，绘制《企业组织架构图》，根据《组织运行系统分析文件》拟订《系统模块事务工作分配表》《单位、部门工作标准》《岗位工作标准》，根据《法人治理结构规范》《董事会工作制度》《组织运行系统分析文件》《企业组织架构图》《单位、部门工作标准》《岗位工作标准》拟订《信息管理制度》《财务管理制度》草案。就上述文件进行汇总讨论通过后正式颁布，组织架构工作即已宣告完成。
前面已经分析了组织架构的标准以及要规范组织架构必须运用的方法——目标功能树系统分析方法。但究竟如何实施组织架构管理规范化，在此略作分析。
（1）对企业组织运行的过程进行价值关联关系分析，确定价值关联链接一路，分解系统模块。这一步的工作就是企业组织为达成发展目标的过程进行梳理，以明确组织运行过程的每一个环节与企业发展目标达成之间的关系，消除无效低效的组织运行活动。
（2）选择确定组织架构的基础模式。这一步工作要求根据企业的实际，选择确定一个典型的组织模式，为企业组织架构确定基础框架，并拟订《法人治理结构规范》和《董事会工作制度》草案。
（3）设置确定直线经营单位。这一步工作要求根据组织目标和规模，把经营业务分解成相对独立的单元交由不同的直接单位承担。
（4）分析核算确定各个系统模块事务工作的工作量。这一步工作要求全面清理各个系统模块事务工作的工作量，并拟订《组织运行系统分析文件》。
（5）设置确定纵向职能部门和职能岗位。这一步工作要求根据企业组织运行各个系统模块的工作量大小和不同系统模块之间的关系，确定对应负责和归口负责的职能部门，即把关联关系和独立关系并且工作量不大的系统模块的事务工作合并起来，交由一个职能部门统一承担，把制衡关系的系统模块的事务工作分别交由不同单位、部门或岗位员工承担。
（6）平衡工作量。这一步工作要求对拟设置的单位、部门的工作量进行平衡，除了保证存在制衡关系的系统模块的事务工作分别承担、存在关联关系的系统模块的事务工作统一承担之外，重新分配独立关系的系统模块的事务工作，以使各职能单门的工作量大体相等，以平衡管理跨度。
（7）设置确立下级对口单位、部门或岗位的设置。如果下属的子公司、分公司等直线经营单位规模仍然比较大，上级职能部门无法完全承担其相应系统模块事务工作的协调和汇总，就在下属直线经营单位层次上设置对口的职能部门或者专员岗位。
（8）绘制《企业组织架构图》。这一步工作要求直观地构绘出企业的单位、部门和岗位及其相互之间的关系。
（9）根据《组织运行系统分析文件》，拟订《系统模块事务工作分配表》。这一步工作就是在组织构图的基础上，分析界定各个单位、部门组织和岗位的具体工作职责以及相互之间的关系。
（10）拟定《单位、部门工作标准》《岗位工作标准》。明确界定各个单位、部门和岗位的工作职责、工作目标、工作具体要求。
（11）根据《法人治理结构规范》《董事会工作制度》《组织运行系统分析文件》《企业组织架构图》《单位、部门工作标准》《岗位工作标准》，拟订《信息管理制度》《财务管理制度》草案。
（12）就上述文件进行汇总讨论，通过后正式颁布，组织架构工作宣告完成。