乡镇企业根据不同的法律、行政法规而确定不同的企业形式时，应当根据相应的法律、行政法规的规定，确定投资者所享有的权利，决定企业的重大事项，建立企业的管理体制，制定经营管理制度，承担企业在对内对外关系中的责任。
根据《中华人民共和国乡村集体所有制企业条例》而设立的乡镇企业，由乡镇或者村的农民大会（农民代表会议）或者全体农民集体经济组织行使企业财产的所有权。企业所有者依法决定企业的经营方向、经营形式、厂长（经理）人选或者选聘方式，依法决定企业税后利润在其与企业之间的具体分配比例，企业实行厂长（经理）负责制。
根据《中华人民共和国公司法》设立而采用公司形式的乡镇企业，就是由全体股东组成股东大会，作为公司的权利机构，公司股东享有所有者的资产受益、重大决策和选择管理者等权利。公司设立董事会，有经营决策权，由股东大会选举并对其负责。公司董事会聘任经理，经理对董事会负责，是公司的管理人员。
根据《中华人民共和国民法通则》和《中华人民共和国企业法》采用合伙形式设立的乡镇企业，就是由合伙人共同出资，共同劳动，统一管理和使用合伙财产，共同承担债务责任。