某村办的畜牧业副产品加工厂占用了该村集体所有土地，并按照法律程序办理了相关用地批准手续和土地登记手续。但是，从前年起该厂由于经营不善，负责人之间矛盾不断，以致该厂实际上已经处于倒闭的境况，职工也纷纷回到原集体组织自己耕作、生产，被该加工厂占用的土地也已经闲置了两年多。问：对于该案的这种情况，对被占用的农村集体所有的土地应当如何处理？
乡镇企业取得了集体所有土地的使用权后，未从事建设，使用土地闲置起来，连续两年未按照批准的用途加以利用的，或者企业投入建设后，因故建设停工使企业停办，造成土地闲置一年以上，未按照批准的用途加以使用的，该集体土地的原所有制应当收回该土地使用权，重新安排使用。一种处理方法就是按照《土地复垦规定》，将因建设改变了土地条件的土地，加以整治，实行退耕还农；另一种处理方法就是授予有条件的其他乡镇企业使用，但必须依照有关规定办理用地的审批和登记手续。土地管理部门对于闲置土地的情况有权进行监督，实行必要的管理。
在本案中，该加工厂占用了本村集体所有的土地，却闲置了两年多，依法应当收回土地使用权，重新安排使用。