南京在陷落前，中国军队已撤退，日军占领的只是一座未设防的城市。接下来就是日本军队对无助的平民实施的长时间的最恐怖的暴行。日本士兵犯下了集体屠杀、个人谋杀、强奸、抢劫和纵火等罪行。虽然日本目击者否认暴行的规模，但是来自不同国籍的中立目击者提供的相反的证据与不容置疑的谁应承担责任的证据却是压倒性的。这种无节制的犯罪开始于1937年12月13日占领南京城，直到1938年2月初才停止。在长达6～7周的时间里，数以千计的妇女被强奸，10万人以上被屠杀，难以计数的财产被抢劫和焚毁。在这些可怕事件的高潮期间，12月17日松井石根举行入城仪式并在城内住了5～7天。根据他自己的观察和属下的报告，他一定已经意识到了正在发生的事情。他承认他曾从宪兵和领事馆官员那里听说了他的军队的某种程度的非法行为。有关这些暴行的每日报告被递交给日本在南京的外交代表，并被转呈东京。法庭认为有充分的证据显示松井石根知道正在发生的事情。他没有采取任何措施，那些能抑制这些暴行的措施。在占领南京城前，他确实曾发布命令吩咐他的军队要检点自己的行为，而且后来出于同样的目的进一步发布了命令。但是众所周知这些命令没有起到任何效果，他自己一定也知道这一点。辩护方为其辩护说，那时他正在生病。但是在这些暴行发生的时候，他的疾病既没有阻止他履行军事指挥权，也没有阻碍他在城内发生这类暴行时访问该市达数天之久。他指挥着那支应对所发生事件负责的军队。况且他知道这些暴行，他既有权力，也有义务控制住他的军队和保护不幸的南京市民。他必须为他的渎职行为承担刑事责任。
1948年12月23日，松井石根在东京的巢鸭监狱结束了罪恶的一生。
对于判处松井石根这样的甲级战犯绞刑，庭长韦勃当时在法庭上还代表远东国际军事法庭审判委员会作了独立的长篇说明，指出：如果一个人知道或者应该知道一场战争是侵略性的，而又推动或参与这场战争，不论他的职务或地位的高低，没有什么特殊的规则可以减轻他们的战争责任。韦勃还特别强调：我们有理由认为，对那些挑起或发动战争的罪犯，以及由此积累的罪恶而言，死刑只是最低的惩罚。
庭长韦勃最后说：“尽管我不能说我支持已决定的所有判决最有可能达到惩罚的主要目的，但是我没有听到任何反对意见，而我自己不能说任何的判决是过重的或是过轻。”
中国参与远东国际军事法庭的首席大法官梅汝璈先生在庭审后也直截了当地指出：“南京大屠杀无疑是二次世界大战日军暴行中最突出的一件，它的残酷程度在整个二次世界大战法西斯暴行中或许仅次于纳粹德军在奥斯威辛对犹太人的大屠杀。”并对判决书作了自己的读解，他说：“法庭的语言是慎重的，估计是保守的。”然而仅此“可以看出日本兽军是怎样的穷凶极恶、无法无天，以及我数十万呻吟于敌寇铁蹄下的南京无辜同胞其命运是何等的黑暗悲惨！判决书上的这寥寥数语不啻是一幅活生生的‘人间地狱写真图’……”
历史早已在近70年前就为侵略中国、残害我无数人民的战犯下了不可更改的结论。今天的世界人民包括日本人在内，怎可忘却与无视？
松井石根被绞死并没有为审判画上句号。此时的中国首都南京，也在进行一场影响空前的大审判——
32. 紫金山在哭泣中欢呼
1937年至1947年的10年间，在南京，有两个人的命运分别是这样的：
第一个是，他来了，后来走了；再后来他又回来了，后来又走了，走了后再也没有回来——他便是蒋介石先生。蒋1927年进南京城，次年任“国民政府”主席，1937年12月日本人打进南京时他走了；抗战结束后他又回到南京当“总统”，完成了对曾经将他赶出“总统府”的日本战犯的审判。
第二个人，他来了，又走了；走了后又回来，便再也没有走了——他便是日本人谷寿夫。谷是日本侵略军的第6师团长，是日军南京大屠杀主力部队指挥官，血债累累。他1937年12月13日清晨指挥部队开进南京，之后放纵部队在城内烧杀抢奸，罪孽滔天。谷后来回到日本。1946年10月16日，谷寿夫被押回南京受审，同时被中国宪兵押回的有32位乙、丙级日本战犯。
谷寿夫这回没能离开南京，他被蒋介石的政府和中国人民判处了死刑。
作为南京大屠杀的罪魁祸首，谷寿夫被押回南京审判，既是东京国际军事法庭对日本战犯的延伸审判，同时也是中国人民独立清算日本南京大屠杀罪行的一次极其轰动的事件。
其实，在日本宣布投降的同时，根据《波茨坦公约》，包括中国政府在内的各战胜国都在着手进行对法西斯战犯的清算准备，中国政府比当时的苏联和美国等国家对战犯的清算要软弱得多，其中一个原因是：蒋介石为报日本统治时与汪精卫之间的恩仇，他在抗战结束后第一件最上心的事，就是对汪精卫为代表的汉奸们的大清算，差点误了东京国际军事法庭对日本战犯的审判大事。
毫无疑问，在当时的国际背景下，中国政府不站出来清算日本战犯的罪行，肯定是行不通的。因此，蒋介石必须在“收拾”汪精卫等汉奸的同时，配合国际形势，着手开展对日本战犯的清算。
1945年底，中国政府的战犯处理委员会即对日军在南京实施大屠杀的战犯进行了调查，并列出近60人的战犯名单，报送到联合国战罪审查委员会审核。这份战犯名单中，包括了松井石根、朝香宫鸠彦王、柳川、谷寿夫、中岛今朝吾、牛岛贞雄、藤田进等进犯和占领南京时的部队主要指挥官，其中的朝香宫鸠彦王，因为是“皇叔”身份，故逃过了战争罪的审判；柳川和中岛今朝吾已死亡，所以未受审判。松井石根被列入甲级战犯，在东京受审。剩下的名单中，谷寿夫是南京大屠杀首当其冲和名副其实的最大要犯，他被中国政府引渡到南京接受中国人民的审判。
1946年8月1日，谷寿夫被引渡到上海，后被押到南京，关在小营拘留所。《中央日报》记者在谷寿夫到南京的当天下午，就获得了到监狱采访的机会。这位记者即日写下如下报道：
罪大恶极并不亚于戈林、里宾特罗甫等纳粹巨犯的两个日本的元凶巨憝——谷寿夫和矶谷廉介（后者为日本关东军参谋长、香港总督——笔者注）。在百万市民天天的期望当中，终于在昨晨七时，从上海押来了南京。把杀人的人，交给被害的人民去审判；要杀人的人，在当年逞恶行凶的地方来忏悔，这是最应该而合理的处置。
为了把这些魔鬼的情形介绍给读者，记者昨午四时后身到小营拘留所去访探了一回监。恰好正当他们“放风”的时候。感谢翻译官岑先生的帮助，我在“群魔乱舞”的草场上，加入了谷寿夫等几位“中将”的小组里，坐在草地上谈了将近半个小时的天，他们一边扯着小小的青草，一边畅快地回答我所有问题。
他们在东京被捕时，谷寿夫正做广岛军管的司令。他们由东京坐飞机被引渡来沪，关在上海杨浦监狱，到今天解来南京时，恰恰已经坐了60天的牢了。
问他们的监狱生活时，谷寿夫说：与普通囚犯是一样的，不过有时得到些便利。问他家庭情形时，从那露着满脸胡子根鹅蛋形的肥脸上，浮现了一阵苦笑。他说：“我没有儿子，只有两个女儿，都出嫁了，两个女婿都是军人，现在都没有了职业。我自己的太太也在东京。两个月了，我也没有得到他们的信息，经济情形一定是很困难的！”
“酒井隆被判处死刑了，知道吗？”
“不知道。”
“ 戈林、里宾特罗甫、季德尔等一群德国战犯前天被宣判绞刑了，知道吗？”
“不知道，我们都没有报纸看的。”
“对他们的判决，有何感想？”
“我是在一个‘无我梦’中，对他们没有什么感想。”接着又是一个苦笑。
“那么，在审判时你们想请律师替你们辩护吗？”
“如果可能，我很希望。”
“你们自己有了答辩的准备吗？”
“有了准备了。不过我不知道是为什么被捕的。我从去年六月以前的六年中，完全没有做过一件犯罪的事。我只准备在法庭上把过去的事，坦白地陈述一下。”谷寿夫这一来，使人禁不住“噗”的一声笑了出来。这位师团长天真得可以，他那秃光的脑袋，可真健忘得惊人了。他简直不知道他何以会被捕的？那么，听着罢，不久法官就会告诉你的。
突然，我转了一个弯问他：“请问，阁下最初是怎样到南京来的？”
“二十六年（民国）八月一日，我还是第六师团长，当时奉命从熊本出发，经过朝鲜。到八月下旬，集合了三个师团，由香月中将指挥，参加永定河作战。随后向保定、正定、石家庄前进。九月下旬在石家庄受密令进至大沽后，经海道到八口浦集中做登陆作战演习，随后又奉密令，与牛岛师团、末松师团共同进攻杭州湾，最后在金山卫登陆成功。接着就进攻松江、昆山，目的在切断中国军队的退路。此后又同末松部队经太湖的南部前进，我的部下便在十二月十三日完全进入南京城。”他一口气说下去，每当说到一次战役成功时，他左脸那蚕豆般大的黑疤，都涨起一阵光彩，很容易使人想到当年他那杀人不眨眼的凶相。
“现在阁下，又再度地光临我们南京城了，请问有何感想？”
“——”他低下头，没有回答。
……“收风了。”我转向军事法庭，在张主任书记官的手里，我看到了一幅图画：
新街口、上海路、下关等地，东一堆西一堆地躺着男女老少的死尸。最大一个场合，九千个同胞被机枪扫射得血肉横飞，惨叫连天。金陵大学的难民收容所里，一队日本兵在宣布，是军人的站在一边，由皇军发遣散费送回家去；是商人的站在一边，好放出去做生意。结果那被称做军人的一大群，给机枪押出去，扫射、戳刺、淋洋油火烧，其中只有11个人留下了生命，不久就要在法庭上拿他们身上的创伤来做铁的证据。而这一群吃人的魔鬼里，谷寿夫，血涂红了眼，坐在高头骏马上，高擎着指挥刀，好似在说：“杀呀！杀！杀！”……
谷寿夫，以及其他屠杀南京人的罪犯们，你们该到了接受中国人民审判的时候了吧！
当残害几十万市民的大屠夫被押回南京的消息传出后，整个南京市震动和振奋了！人们纷纷奔走相告，尤其是那些遇害者的家属和大屠杀的亲历者们，他们哭泣着、激动着，携老带幼地跑到检察部门和法庭，以血和泪的事实，接受法庭的调查和取证——检察官：你是来为南京大屠杀作证的吗？
证人：是。
检察官：你知道做假证是要判七年以下徒刑的吗？
证人：我知道。
检察官：那好，现在你可以举证了。
证人：好的。
……
那些日子里，国防部军事法庭的审判官和检察官们，天天接待人山人海的申诉者，他们都是南京大屠杀的亲历者、受害者，其证言极其珍贵而有力，为审判战犯起了关键性的作用。
所有的证人都要事先回答上述问题，并被告知如果作伪证，必须接受七年以下的徒刑。明白法律规定后，在最后的证言记录上盖章按手印。
没有人对此提出异议。所有人几乎都是一句话：日本人害死了我的亲人，几乎也要了我的命，我们是来作证的。
……
这样的调查和市民们自呈所获得的有关谷寿夫及其日本军队在南京大屠杀的罪行证人，据法庭统计，达2784件之多！
人们期待已久的公审大屠杀凶手谷寿夫终于在1947年的2月3日开庭——
上午11时，第一位证人上场。
威风凛凛的审判长石美瑜一声令下：传证人周一渔。
（书记官施泳）
法警引一老者入庭。
审判长亲自向证人提问：姓名、年龄、籍贯？
证人答：我叫周一渔，年60岁，南京人，住中华路金沙井32号。
问：本庭听说南京沦陷时你在崇善堂做过收埋尸体工作吗？
答：崇善堂是大家办的，我当时是董事长，经手收埋尸首112266具。我们印有统计表，容我明日送来给庭上参考，尚有未掩埋者为数尚多。
问：本庭现定于2月6日起，在励志社公审战犯谷寿夫，届时仍请你出庭作证陈述关于南京沦陷时日军之暴行。
答：可以的。
问：日军何时进城呢？
答：民国二十六年十二月十三日进城。
问：是哪支部队进城呢？
答：谷寿夫部队先进城，到14日中岛部队始进城。
问：你在南京沦陷时有离开没有？
答：未离开。
问：你家有人被害没有？
答：没有。
问：你曾亲眼看到日军暴行吗？
答：屠杀者我目睹有七八次。
问：大约怎样被害呢？
答：当收尸时看到有用刺刀由前向后刺入的。
问：你在何处收尸呢？
答：随处收的，当时遍地皆是尸体。
问：还有怎样被害呢？
答：亦有日军在地下室外面，用枪打进地下室去。
问：当收埋时有工人在场？
答：有的。
问：现在尚可以找到当时工人吗？
答：可以的。容我找到后于2月6日带来出庭作证。
问：当收尸时，所收的尸体有军人在内没有？
答：均是穿老百姓衣服，没有穿军装的，男女老幼均有。
问：你曾看到最惨的被害吗？
答：我亲见在内桥菜市斗姆宫地方，有一卖鸡女人，约有50余岁光景，被日军3人轮奸后，用破布等件塞入阴户，致该妇腹胀而死。时间是在这年12月16日。
问：南京沦陷时，屠杀最多的是在什么时候呢？
答：进城第一星期杀的顶多，亦有烧的。
……
紧接下的2月6、7、8三日，法庭上证人与被告谷寿夫面对面地进行了辩论。1947年2月9日的《中央日报》如此报道庭上的盛况——
（本报讯）国防部审判战犯军事法庭，昨（八）日下午在励志社开辩论庭，续审当年大屠杀案罪魁祸首谷寿夫。出席旁听者约千余人，座无虚席，沈市长亦在场旁听。二时零五分，被告举步蹒跚，由一宪兵扶持入庭。法官宣布继续调查罪行证据后，谷犯举手请求发言。略谓：两日来根据证人所述，罪行大多发生于中华门一带，实际上十二、十三两日战争进行猛烈，该区已无平民，假使有居民留住，被告亦绝对不允许有杀害行为。在调查文件中，被告发现许多罪行都为中岛部队所为，不在其防区内发生。以上陈述，请庭上加以注意。审判长旋即列举三件集体屠杀事件：（一）廿六年十二月十六日，被俘麇集幕府山下之中国军队及难民五万七千人，被日军驱至下关江边，用机枪扫射及刺刀戮杀，弃尸江中，为被屠杀事件中人数最多之一次。（二）二十五日，难民九千余，亦于下关被屠杀。（三）十六日晚上，难民五千余从华侨招待所被押至下关中山码头，机枪扫射，弃尸江中。以上三次，均有死里逃生之受害者出庭具结作证。法官另附述南京会战时，《东京日日新闻》所登载关于两日兵作杀人竞赛之新闻，三天之内一杀一百零五人，一杀一百零六人，问被告对上述诸事有闻否？谷犯狡辩称：法官所述，被告尚属初次听见，下关集体屠杀乃海军或其他部队所为，与被告无关。余防区内，又如无人之境，诉诸神明，全没此事。庭上认被告为大屠杀主犯，实属错误，倘能将当日最高指挥官传讯至庭，则屠杀暴行，当能明了。