且说陈撄宁正在徽州黄山修炼，因夫人患了乳腺癌无药可治，也想跟丈夫学习修养法以延长寿命，便写信催丈夫赶快返回上海。
陈撄宁到达上海时已到了冬天，陈撄宁正式为夫人举行了入道仪式，然后教其仙道修养法。因为夫人刚开始跟陈撄宁学习修养法，起初并不见效，以至到了第二年的春天，夫人的病情更重了。他们不得不关闭诊所，迁到了上海西郊梅陇镇南石桥，以为夫人养病。
陈樱宁陪夫人到了上海西郊的乡村后，一方面陪夫人炼功治病，一方面从事著述。夫人用陈撄宁教她的修养法坚持炼功治疗，不久便开始有了效验，而且效果越来越好，这使陈撄宁对仙学修养法更加信仰。陈撄宁把这一成就也发布在了《扬善半月刊》上，引起了很多人的关注。很多人给他写信，问了很多问题，不管写信的人是否认识，他都回信详细地答复他们。陈撄宁想把自己由《道藏》全书中所研究来的高深的修养法介绍给他们，并让更多人的掌握，便一面回答他们的问题，一面又将来信和自己的答复公开在《扬善半月刊》上发表，此举破除了道家对仙道修养法只在师徒之间口传，对外则秘而不宣，写书作文都用隐语的传统做法。当时有一个胡海牙借由书信往来常向陈撄宁求道。
胡海牙，一九一四年出生于浙江绍兴，十三岁起在江南绍兴名医邵佐卿的中药铺当学徒，学习中医药。在这期间，逐渐发现中医学与道教之间有着极为密切的联系，许多古代著名中医学家如孙思邈、葛洪等，在道学研究方面都卓有成就，于是萌发了研究道教的想法。1933年学徒出师之后，便离开绍兴去上虞县龙会山，正式开始研究道教。其后又寻师访友，遍游了江、浙一带的名山洞府。有一天，胡海牙在孙抱慈处得到《扬善半月刊》，上面陈撄宁的文章打动了他，自此他藉由书信往来向陈撄宁求道。
一九三七年，日本侵略军包围了上海外围，经过三个月的激战，于农历一九三七年十一月九日占领了上海。当时因陈撄宁夫妇住在上海附近的乡村，抗战开始时并不知情，等到危机到来时，措手不及，匆忙逃离，所有的书籍、衣服、器具、药品等都没顾得上安置和携带。此后《扬善半月刊》被迫停刊，前后共发行九十九期。
陈撄宁夫妇从乡村跑到上海市内，到上海后陈撄宁自己住在外甥女乔馥玖处（上海泰兴路），夫人又回到尚贤妇孺医院从医。后来因避难的人多，屋子小住不下，外甥女婿张嘉寿（上海浦东中学校长）又想办法给他另租了一个住处。
夫人吴彝珠因日军攻打上海受到惊吓，且到医院上班后不能很好地休息和炼功，病情又开始逐渐加重。医院念她往日工作勤劳，对她特别优待，准许他免费住院养病，不收一切费用，陈撄宁也陪她住进了医院，陪他炼功治病。经过一段时间的静修，妇人的病情又有了好转。
《扬善半月刊》停刊后，编辑部的同仁们为了能继续研究仙道学术，便在陈撄宁的主持、张竹铭的资助之下，于一九三八年五月，因陋就简，开办了仅供陈撄宁及少数几个学生研究学习、由陈撄宁每星期定期讲座的，专门研究实践仙学学术的仙学院。在这里，陈撄宁讲解了《参同契》、《灵源大道歌》等数部仙道要典，并写成《（灵源大道歌）白话往解》，这是为仙学院学员口授而写的一份通俗讲义。
前后进入仙学院学习修炼的学生有数十人，其中较为得意的门生有张竹铭、汪伯英、吴无馀、吴竹园、邓雨苍、周缉光、杨逢启、张彗岩、高克恭、曹昌棋、洪太庵（菲律宾）、沈霖生、孙镜阳（二者后来迁居香港）、袁介圭（一九四七年去台湾），坤道有：朱昌亚、陈悟玄、赵慧昭。
后来，陈撄宁与弟子张竹铭、汪伯英等认为仙学院虽有利于集体用功，然而地方狭小，不能容纳更多的人来此学仙修炼，要更大范围地推广仙学，只有复刊才是可行的办法，于是经过再三斟酌，一九三九年一月一日，张竹铭又创办了专门研究仙道学术的刊物《仙道月报》，由陈撄宁的入室弟子汪伯英任主编。汪伯英在创刊号的《发刊辞》中，解释了《仙道月报》命名的由来。其中说道：仙道虽有不同，然“仙不离道，道可育仙，仙道道仙，亦相须为用而有不可分处，故本报定名为《仙道月报》。
《仙道月报》的办刊宗旨比较明确，即每期封面所登载之六条：一、本报绝对不谈政治；二、研究仙道学术原理；三、讨论仙道实践工夫；四、提倡住世长存幸福；五、引证出世超脱事迹；六、宣扬道家真实教义。
然而仙与道毕竟有些区别，诸如道家的顺天应命及道教的科仪经忏、画符念咒之类，皆与仙学“务实不务虚”、实修实证、“幸福讲生前不讲死后”、“思想要积极不要消极”等宗旨不同。《仙道月报》在采稿时，虽以仙学为主，然而若来稿中有未脱离道家而与仙学不同的内容，《仙道月报》社也不完全拒绝。
一九四一年太平洋战争爆发，日军全面占领上海（此前日军未占领租界区），《仙道月报》于此年八月一日第三十二期出版后，又再度因战乱而停刊。
《仙道月报》与当时由陈撄宁等开办的仙学院相辅相成。仙学院研究仙学学理，实证仙学工夫；《仙道月报》发表仙学院研究成果，联络各地仙学研究者，共同研究。故《仙道月报》上的修养文章，多是真修实证之心得。
陈撄宁在《扬善半月刊》与《仙道月报》上所阐述的主要仙学观点如下：
1、他认为“仙学”自古以来便自成一家，故应独立发展；“仙学”的现实意义是“益寿延年”，而其最高境界则是追求“长生久视”。神仙家宗旨，要与造化争权，逆天行事，即所谓“我命由我不由天”。认为所谓“仙人”，“乃是精神与物质混合团结锻炼而成的长生者”。
2、静坐的工夫，一大半是用以对付肉体上气血之浮动，颇有合于老子“重为轻根”及“虚心实腹”之玄义。常见许多医药所不能愈之病症，赖静坐而获奇效者，即就治疗一端而论，已无古今之别。若再论及内丹修炼，专恃静坐，固不能有成，鄙弃静坐，亦不能见效，今人如此，古人亦莫不如此。
3、吾等研究仙学，不是弘扬宗教。我们注重长生的意思，不是贪恋这个地球上有何等快乐，要永远享受。实在因为将来全地球人类，都不免恐怖与痛苦，想救拔他们，非有神通不可；想感化他们，亦非有神通不可。空口说白话，是无济于事。但是修炼神通，必定先经过长生这个阶段。倘若不能长生，绝没有真的神通发现。仙学这一门，是脚踏实地，一步一步做下去的。果能把自己肉体上普通之生理改变过来，神通自然就易于成就了。
4、因为希望体证得之神通，消灭科学战争之利器，不得不注重实验，谢绝空谈，故异于三教一贯。因欲联络全国超等人才，同修同证，共以伟大神通力，挽救此世界末日之厄运，非但不赞成往生西方，并且不许升天，不许作自了汉，不许厌恶此世界之苦而求脱离，不许欣慕彼世界之乐而思趋附势，故异于往昔前辈神仙之宗旨。修道学仙，诚为美事；但值国家多难，正乃志士效力之秋。独善其身，已非今日大局所容许。他希望由发展仙术而“多造就几位真实的神仙，对于世界上物质的科学，加以制裁，使好战之魔王所恃为杀人之利器，不生效力”。
5、吾国仙道，始于黄帝，乃是一种独立的专门学术，对于儒教无甚关系，而比较老庄之道，亦有不同。神仙一派，极端自由，早已跳出佛教六道轮回之外。仙学是在三教范围以外独立的一种科学，无论那一教信徒，学此术，更觉适宜，因彼等脑筋中不沾染迷信之色彩，用纯粹的科学精神，从事于此，其进步更快。
6、我平日教人的“玄关一窍”，简直可以和上帝争权，与仙佛并驾，宇宙在乎手，万化生乎身，做得好时，真能自信“我命由我不由天”。然而我的玄关，却不可以随便乱传于人，须看准是一个载道之器，方许向他点破，不许拿口诀当人情送，不许把传道当生意做，历代以来传授，皆是如此慎重。
6、对于尚有俗务在身的修士，于入世法宜采进取主义，对于出世法，宜采保守主义，只求能不沾染一切恶习，不使精气神作无谓之消耗，不使堕入室家之累而难以自拔。一方面为社会尽相当之职责，一方面乘时储蓄充分之财力，预备将来实行修道之经费，若有馀力，尚可帮助同志之人，岂不甚善。
7、仙学在今日，实未便墨守成规，而有随时代演变与改进之必要，对于仙学是抱定一种试验性的。
对于地元丹法，曾两次临炉实验，所以失败，乃受两次沪战之影响，第一次南北之战（民国十三年齐卢之战），第二次中日之战（民国二十一年一二八之沪战）。彼时因战事而致家破人亡者，不可胜数，烧炼外丹道友四五人，虽幸免波及，然大局已非，不能安心炼矣。费时十载光阴，并千百次试验之结果，只有两句话可以奉告：“红铜确能变为白银，但不免于亏本。”
三元丹法地元丹法—证明红铜确能变为白银，然亦仅能到此程度而止，后来惜未能继续下去。人元丹法—言明此术确有捷效，但“参同”、“悟真”之本文虽可信，而各家注解则不可信者实多。天元丹法—证明“先天一气，从虚无中来”之语，绝非欺人者。但其入门手法，亦有上中下三等，故见效之快慢，用功之巧拙，遂由此而分。伍柳一派，不是上乘，惟李清庵、陈虚白、黄元吉，诸公庶几近之。
8、吾国人性习，喜空言而畏实践，故特别欢迎大乘而厌恶小乘。因为小乘佛教虽不敢说绝对能免除老病死诸苦，却也要做一番工夫。试观魏晋之间，何晏、王弼、王衍诸公，放弃世务，专谈玄理，蔚成风气，遂以清谈误国。此即大乘佛教之前驱。宋儒虽极力排佛，但说到心性二字，总与佛教纠缠不清，甚至堕入佛教大乘经义圈套中而不自觉。明排之，适以暗助之。而大乘佛教遂俨然把握着吾国人心性界无上之权威。
9、儒释道仙，四家宗旨不同。儒家见解：认为人生是经常的，所以宗旨在维持现状，而不准矜奇标异，因此人生永无进化之可言。释家见解：认为人生是幻妄的，所以宗旨在专求正觉（这是佛教的本旨，其馀是枝叶），而抹煞现实的人生。因此学理与事实，常相冲突，难以协调。道家见解：认为人生是自然的，所以宗旨在极端放任，而标榜清静无为，以致末流陷于萎靡不振，颓废自甘。仙家见解：认为人生是缺憾的，所以宗旨在改革现状，推翻定律，打破环境，战胜自然，以致思想与行为，往往惊世骇俗。非但儒道释三家不能融和，即道家与仙家，表面上似乎同隶一种旗帜之下，然二者宗旨，亦难以强同。
全世界所有各种宗教，已成强弩之末，倘不改头换面，适应环境，必终归消灭。仙学如果仍然混在儒释道三教之中，等到“宗教迷信有一日被科学打倒之后，而仙学亦随之而倒，被人一律嗤为迷信。正应着两句古语:‘城门失火，殃及池鱼’，岂不冤枉”。仙学家的劲敌是科学家，而宗教的敌人也是科学家，但是将来世界上足以同科学家对抗的，独许仙学家有这个希望。仙学是一门实验性质的学术，与宗教信仰不同，从某种程度上来说，它更近于科学；不过，另一方面，它的能力又超出了科学，能解决科学无能为力的很多问题，有朝一日，宗教会被科学战胜，而只有仙学可以和科学对抗。
由此可见，陈樱宁创立仙学由最初的捍卫道教，发展到后来则要与道教划清界限，与道教彻底分家。
一九四五年，陈撄宁的夫人吴彝珠病情恶化。