一九四五年，陈撄宁的夫人吴彝珠病情恶化。同年三月，吴彝珠去世。陈撄宁在其自传中说：“她自甲戌年得病至临终，经过十年之久，别人真患乳腺癌，不过三四年即死，从来没有活到过十年者，因为她在病中常做修养功夫，增加体内抵抗之力，所以寿命延长了十多年。我们无家庭、无子女，全靠亲戚朋友等共同帮助，料理丧事。”妻子死后，陈撄宁和外甥女婿张嘉寿一起在浦东中学住了几日。
吴彝珠在养病期间曾作丹诗二首：
其一
饱经忧患万缘轻，入世常怀出世情。
草露风灯怜病骨，电光石火感华荣。
割胸料是冤偿债，护体当凭志作城。
性命双修兼造福，誓拼全力度余生。
其二
海宇春回步序更，笑将旧憾易新评。
道卑何足遭魔障，器小偏宜待晚成。
火候无非神与意，丹头不外气和精。
但求人寿千年住，终见黄河一日清。
陈撄宁痛失亲人，甚为悲痛。为使陈先生心情疏畅，在南京的弟子孟怀山邀其到南京亚园小住散心。陈撄宁在南京亚园静室独居期间，深感世事无常，浮生若梦，虽有必然延生之法，然而难防意外事故之变，惟恐自己的多年研究成果未及传授即撒手而去。于是他开始写书，将仙学天元清净丹法的全部口诀及用功的详细步骤，于一九四五年四月写成《仙学必成》，历时月余。
一九四五年冬他又迁至张竹铭家，此后陈撄宁便孑然一身，居无定处，往还于亲友、学生之家，常代人作世俗应酬文字，或为人讲解历史、文学、哲学，以及仙学修养法和医学上的保健法之类的书籍，实际上等于家庭教师，但不拿薪金，只由他们照顾其生活。亲戚主要是张嘉寿夫妇，学生主要是张竹铭、史剑光、谢筠寿、朱昌亚（人和医校校长）等。外甥女乔馥玖曾多次劝陈撄宁，快七十岁的人了，已经年老体衰，不宜再费脑力做文字工作。但陈樱宁当时并没有感到自己年老体衰，他不服老，根本不在意外甥女的劝告。
一九四九年冬，陈撄宁再次迁至上海张竹铭家，后又迁至杭州胡海牙家。胡海牙在杭州银洞桥开设“慈海医室”，曾行医于金华、蒲江一带，有“半仙”之誉。他得马丹阳针法之心传，提出“师古人心，无袭古人迹”。一九四六年，胡海牙经张竹铭、孟怀山介绍，在杭州佑圣观举行仪式，正式拜陈撄宁为师，成为陈撄宁的关门弟子，承其教导二十余年。
陈撄宁在杭州与胡海牙同住期间，为胡海牙专门讲过《素问》、《灵枢经》。这时陈撄宁已经七十多岁了，他有时感到用脑过度即胸痛心跳，眼昏耳鸣，胃里也不舒服，开始相信外甥女劝他的话不无道理，于是于一九五一年回到了外甥女家。
一九五三年四月，胡海牙又写信邀陈撄宁去杭州，共同研究针灸科书上高深的学理，准备编辑针灸学词典，因此陈撄宁又于同年六月由上海迁往杭州胡海牙家，在同胡海牙共同研究针灸学的同时，还为胡海牙讲解了《周易参同契》、《悟真篇》等。在两人相处的二十多年时间里，胡海牙尽得陈撄宁道家仙学之真传，曾做联：“大梦师先觉，长生我独知”。
后来浙江省政府秘书厅马一浮知道陈撄宁对于中国古代学术颇有研究（陈颖宁曾为其讲解《周易参同契》），尤其曾花费三年时间通读《道藏》全书，其资格与中央所规定的文史馆馆员资格相符，便推荐他到文史馆工作。马一浮的推荐通过了审查委员会的审查，于是陈撄宁经省政府正式聘请，73岁时成为浙江文史研究馆馆员。为便于工作，陈撄宁将户口从上海迁到了杭州。马一浮也就任浙江文史研究馆馆长，一九六四年任中央文史馆副馆长。马一浮是儒学大师、书法篆刻家。
胡海牙于一九五三年取得杭州市中医师学习西医进修班毕业证书，并取得了中华人民共和国卫生部中医证。他在行医之余，还为浙江省中医进修班多次培训针灸科实习医生。
一九五四年，胡海牙在杭州钩山樵舍，师从黄元秀、海灯法师学习内家拳及武术。后来到北京工作时，又得京东派太极拳之真传。
一九五六年秋，沈阳太清宫方丈岳崇岱倡议成立中国道教协会，邀请陈撄宁为筹备委员之一。同年冬天，陈撄宁到北京与各名山宫观代表磋商成立中国道教协会事宜。一九五七年四月，第一届全国道教徒代表会议在北京召开。陈撄宁因患胃溃疡卧病于杭州，未能参见这次会议，但由于陈撄宁在道教界影响很大，深受尊重，此次会议在他缺席的情况下，仍选举他为中国道教协会副会长兼秘书长，这时陈撄宁已七十七岁。
一九五七年，陈撄宁应邀赴杭州屏风山疗养院讲授静功疗养法，并在疗养院撰成《神经衰弱静功疗养法问答》。
陈樱宁先生在指导别人做功时，处处强调“自然”要妙。如：若云守窍，当以“规中一窍”为最适宜，但不可死守，当顺气息之自然。“我教人初步工夫，口诀很简单，只有八个字‘神气合一，动静自然’。”他反对执着，“但执着一处死守之，则不合大道。”他还认为丹法修持在每人身上做出的现象，往往有出乎丹经范围之外者，不可一律看待。他说：“阳光二现、三现之景象，乃伍真人自己之经验，不是人人一定都有这个样子，可不必拘泥。”
陈撄宁认为“仙学”养生术虽然很多，而主要的还是道教内、外丹道。认为“仙学”正宗方法有三，即：天元神丹服食，指李清虚、陈虚白、伍守阳、柳华阳之丹法；地元灵丹点化，指外丹烧炼之法；人元金丹内炼，指《参同契》、《悟真篇》之类的丹法，以老、庄“深根固蒂”、“守一处和”之说为其理论基础，从炼养人体精、气、神入手，主张“性命双依，命为重”。他主张由后天神、气合一，返还先天性命，再使先天性命合一，归本于清静自然。晚年推行“静功疗养法”，为其“仙学”养生术中较为实用的部分。
一九五七年冬，陈撄宁到北京上任，住在中国道教协会所在地，白云观。胡海牙陪同陈撄宁同赴北京白云观，进行道教研究工作，并在白云观每天上午开四小时门诊，下午和晚间则从事道教研究。
一九五九年一月胡海牙接受北京大学第一附属医院的聘请，开始去北医从事针灸教学研究与临床工作。
陈樱宁不仅精于仙学，而且精于医药学。五十年代末，陈樱宁在书店里看到书店卖的《内经注解》错误太多，曾有将《黄帝内经》译为白话文并作注的计划，但因公务繁忙未能动笔。
陈樱宁的亲侄陈仲琏曾回忆说：早年有族人陈耘山去上海旅游，突患大头温病，中西医都说少见，束手无策。但经陈樱宁精心研究，辨证治疗，投用中药，终获痊愈。有人称赞说：“非高手不能治，也不敢治此症，先生真可为一代高手。”
陈樱宁很重医德，看病处方都非常谨慎，从不草率对付患者。他总是先将望、闻、问、切的情况记录在案，然后起草一篇研究性质的辨证治疗方案，将对症下药的理由、依据都写清楚，然后正楷誊写两份，一份自留，一份交与患者。
陈樱宁常说：医生处方，关乎患者安危，只能使患者得益，不能受损。如果漫不经心，不负责任，则良心有愧，便是缺德。到了晚年，陈樱宁更加精细，开一处方快则三天，慢则十天半月，只要处方未出，他每天都对如何处方有所考虑，对病例他记得很熟。如果是急症，他先要胡海牙用针灸缓解，或嘱咐患者家属速送医院。陈樱宁虽不以行医为职业，但他在中医界很有名望。很多著名中医曾受教于他或与他切磋医道。无论何人求医求教，陈樱宁都有求必应。
陈撄宁于一九六0年任全国政协委员，一九六一年当选为第二届中国道协会长。陈樱宁曾在政协讲坛上呼吁开展对道教历史及学术方面的研究工作，并得到当时的全国人大副委员长、中央统战部部长李维汉和国务院宗教局局长何成湘的支持，于一九六一年三月在全国政协会议室召开了关于开展道教学术研究的座谈会。不久中国道协又成立了研究室，由陈樱宁亲自领导制定了研究计划及培养道教知识分子的计划，陈樱宁还亲自指导研究人员收集、整理、分析、综合道教文献资料，编辑《历代道教史资料》、编写《中国道教史提纲》，提出“在教言教”，按道教本来面目研究道教的方针。
陈樱宁当选会长后，虽然已经年逾八十，但他仍然身体健康，步履矫健，耳聪目明，读书过目不忘，并且精神饱满，他夜以继日地工作和读书，毫无倦怠。他鼓励全国道教徒积极参加祖国的社会主义建设，协助政府贯彻宗教信仰自由政策，开展道教学术研究，培养后继人才，成绩突出，深受宗教人士的爱戴和拥护。
鉴于当时社会上,普遍存在着忽视我国古代学术思想研究的状况，陈樱宁与中国人民大学教授谢无量商议筹办“东方哲学书院”，但上面对此不感兴趣。