且说陈樱宁与中国人民大学教授谢无量商议筹办“东方哲学书院”，但因一直未得到支持而放弃。
道教界老人们见道教日渐式微，不免忧心忡忡，而陈樱宁却认为道教的形式会随着时代的进化而发展，不能保证他永远不变。但道教的学术为群众所需要，不但能够长远流长，而且还能逐渐发展。新中国的道教徒，应该爱国爱教，以发扬道教优良传统为首务，继承、研究、发扬道教哲理、修炼丹法、音乐、动静功等。
陈樱宁还常说：“解放前他无意仕途，可说是一界不入。年近八十，在新社会才正式入道教协会作负责人，想在有生之年，把自己的才能贡献给道教界，贡献给社会，以求无负于天、无负于地，无负于人。”他心胸坦荡，待人友善，治学严谨，诲人不倦。他对新中国、对道教都充满希望，怎奈后来时局动荡，宗教被视为敌对力量，陈樱宁和中国道协后来被迫停止工作。
陈樱宁对眼前的一切大惑不解，内心极为抑郁、惶恐，他忧国忧民，足不出户，终日困惑迷茫，忧虑感伤，最后导致患上肺癌。一九六七年陈撄宁先生住进人民医院。54岁的胡海牙亲手为陈樱宁炮制药物，带给陈樱宁服用。同年陈樱宁立下遗嘱，预示他将于一九六九年辞世，并对辞世前后的事宜作了安排：
遗嘱一(全文)：
我的病，自己研究了很久，决定是不会好的，一则年老体衰，二则病情复杂，现在全靠药力维持，早晚总是一死，遗嘱须要预先写成。临时恐怕来不及。
第一部分，现在病情及所服药物的研究。
第二部分，病躯由何人照料。
第三部分，新死肉体如何办法。
第四部分，所有遗物如何处理。
关于第一部分，写得太多。因为胡海牙负我医药的责任，我想和他共同研究，别人看了无用，此处不多写。今写第二部分，要简单些，不要太烦。(张加寿胡海牙乔馥玖王天慈同阅)(注:括号内的文字,写在原稿中缝.张加寿即张嘉寿,与陈撄宁外甥女乔馥玖为夫妻,胡海牙与王天慈为夫妻.当时他们四人都和陈撄宁一起,住在白云观内。)
此刻我不能离开道教协会。假使将来白云观不能住时，同何人在一起住，是个大问题。最好我死在白云观，一切问题，比较容易解决。（在离开道协之前，把我的储蓄存款提出壹万元，捐献国家。这个手续要预先做好，不可等待出白云观之后。）如果我不能住在白云观，胡海牙必定要搬家，我想仍旧同他住在一处。有两层理由：（1）我不能离开医生，这不是怕死，就怕不死不活的罪难受。（2）他家中没有老人和小孩，韦航(即胡海牙的儿子)毕业后要出门，家中只有二人，多我一个病人，当不十分麻烦，这也是过渡期间无可奈何的办法，并不想长久的带累他们。假若两条腿永远变成残废，人又老而不死，那就要另做打算了。
第三部分，新死肉体，我不愿火葬，恐怕于灵魂有防害。我愿意土埋。死时若在白云观，请代为探听先死的道友如赵当家(注:即白云观当家赵至中)等葬在何处，我是否能同他们葬在一块地方。死时若在外面，北京普通居民总有公墓可葬，我也是居民一分子，当然可以葬普通公墓。至于那块地方将来安全与否，就不必管了。我虽然死在外面，不能说和道教没有关系，我的职务是全国道友公推的，而且又是无依无靠、无家可归的人，白云观公墓范围之内，应该有我一块埋骨的地方。这件事、不妨问一问道协及白云观负责人。（临死时收敛入棺如何办法未写，后来再补充。）
第四部分（1）银行储蓄要保存壹万元不动，死后归公。
（2）旧中医书送与胡海牙。其余旧书，由我自己和海牙共同处理。
（3）旧衣服及杂物由乔馥玖、王天池共同处理。（最好死在白云观，不要迁移，一切事情比较容易做。）
关于第四部分，也有许多话要补充，将来再续写。
遗嘱二(摘录)：
我自1880年出生，算至1969年，虚数已是九十岁了。若欲完全恢复健康，年令上实不许可。若象这样周身是病，拖延岁月，又使他人受累不浅。所以我不想长寿，只希望死时没有痛苦而已。
写于1967年12月
陈樱宁大师因肺癌治疗无效，于一九六九年五月二十五日在北京医院逝世，享年八十九岁（虚岁九十岁）。
胡海牙按照老师的遗嘱，将陈樱宁的书籍、手稿珍藏起来，以伺来日。陈撄宁逝世不久，胡海牙被下放到干校进行改照，一去就是三四年。
陈樱宁生前常对学生说：如能让他按仙学修养法清静修养，起码可活一百二十岁。很多人认为：陈樱宁这话不是大话。熟知陈樱宁的人都知道，陈樱宁虽年逾八十，但一直耳聪目明，步履矫健，记忆力仍然过人，能把《道德经》五千言倒背如流，一字不差，令人称羡。他读书专心凝神，炼功持恒不懈。如果不是文化大革命对他精神上的振动搅乱，他是完全可以成为他自己所倡导的仙学修养法的活榜样的。
一九八九年九月五日，陈撄宁仙逝二十周年纪念会在北京白云观隆重举行，纪念会由全国政协宗教委员会和中国道教协会组织，出席纪念会的有全国政协副主席、全国政协宗教委员会主任、中国佛教协会会长赵朴初，****中央统战部副部长张声作，国务院宗教事务局局长任务之，全国政协、中央统战部、国务院宗教事务局、北京市宗教事务处等单位的负责人和全国各宗教团体的领导人。
中国道教协会为了纪念陈撄宁，缅怀他的业绩，出版了他生前文集《道教与养生》一书，召开了道教文化研讨会，在上海和北京两地举行了纪念****，陈撄宁的骨灰被重新安放在北京八宝山。
一九九八年至二00六年，胡海牙整理、编著《仙学指南》、《仙学辑要》、《仙学必读》、《中华仙学养生全书》并出版。
胡海牙隐居于北京、藏身于书海，数十年如一日地发扬其师的仙学。在胡海牙的家里，有陈撄宁的半身铜像，非常逼真，特别是微锁的眉头，忧患的眼神，胡海牙每谈及老师，总有无限崇敬与怀念之情。每个星期天的早晨，在北京的某个公园（香山、天坛、团结湖、朝阳等公园），或许会看见一位须发花白，体态微胖，带著手杖、银针，步履稳健的老者，或潇洒自如地打太极拳，或循循善诱地教导着一班年轻人，他就是已经九十多岁的胡海牙。
二00六年，93岁的胡海牙与武国忠一起编著《中华仙学养生全书》，由华夏出版社出版。
胡海牙在《仙学指归》中说：“撄宁先生通过自身的实修实证，为中华仙学事业的研究、实践与发展，奠定了坚实的理论基础，然而由于其所处年代的纷乱，先生经历了抗日战争、解放战争与文化大革命三个历史时期，终因力不从心，未能最后证得仙学的最高境界（即阳神出壳、白日飞升）而遗憾故去。陈撄宁先生虽然不能算是仙学的成功者，但他为中华仙学所做出的贡献与其为仙学所建立的理论，却为我们后学者学仙了道指明了道路，故有人曾冠予陈撄宁先生以仙学派的开山始祖也不为过。”胡海牙还认为：“仙在此世界上，虽暂时以肉体为房舍，若一旦迁徙到其他世界，即抛弃重浊的肉体，仅以清轻的炁体上升。这种所谓有炁体，不同人们平常概念中的气体，他是人类自身精华的提纯与人体灵性的结合物，他是可以由成就者自己作主的。这也就是修炼家常说的阳神出窍。所谓阳神出窍者，即道书中所说的身外有身，他是修炼者经过世间法的修炼达到长生，更进一步通过出世间法的修炼，从重浊之肉体的精气神中提炼出轻清有灵性的炁体（即阳神），从此世界（即地球）升迁到其他的世界（星球）。所谓白日飞升者，则较阳神出窍更进一步，他是在阳神出窍的基础上，再进行一番锻炼，连同幻躯一并化为炁体而上升。此较之阳神出窍，又须多下工夫，也较阳神出窍困难得多，故成就白日飞升者颇少，今日几乎是绝无。”
陈樱宁虽然离去了，但是陈樱宁对道教的影响却是深远的。近来很多人对陈樱宁的成败问题讨论的很激烈，归纳如下。