1986年国务院规定，凡缴纳产品税、增值税、营业税的单位和个人，都应当缴纳教育费附加，但交纳了农村教育费附加的单位不在此列。在计征比例方面，“三税”教育费附加以各单位和个人实际缴纳的“三税”的税额为计征依据，附加率为1％。对从事生产卷烟和经营烟叶产品的单位，减半征收教育费附加。
1991年，国务院将“三税”教育费附加的附加率调整为2％；1994年国家再度调整“三税”教育费附加的附加率，由2％上调为3％。附加率的两度调整，使有的省市教育经费分别新增预算外教育资金6000万元、1亿元。在上海市，“三税”教育费附加的征收比例从296提高到3％（农村教育费附加征收工作也作了调整）后，使教育经费增长了30％。
在“三税”教育费附加的征收主体和征管程序上，国家规定：
（1）教育费附加由税务机关负责征收：除铁道、人民银行、专业银行和保险总公司等汇总缴纳营业税的单位，集中向指定的银行缴款外，其他单位和个人向其所在地银行缴款。
（2）各级银行为同级教育部门设立教育费附加专户：教育费附加的征收管理，按照“三税”的有关规定办理。企业缴纳的教育费附加，一律在销售收入或营业收入中支付。
适应1994年我国分税制改革实践（与附加征收有关的主要是取消“产品税”，新增“消费税”），中共中央和国务院在《国务院关于〈中国教育改革和发展纲要〉的实施意见）中，提出了改革教育费附加征收措施：第一，将“三税”从原规定的“产品税、增值税、营业税”
调整为“消费税、增值税、营业税”；第二，税率按增值税、营业税、消费税的3％征收；第三，对原规定“从事生产卷烟和经营烟叶产品”的单位减半征收教育费附加的操作办法，调整为只对“从事生产卷烟”的单位减半征收，分别与“三税”同时缴纳。
按照中央精神，江西省规定：缴纳增值税、营业税、消费税的单位和个人，按照应纳税额3％交纳教育费附加，由税务部门随同正税同票征收；农村中不缴纳增值税、营业税、消费税的乡镇企业和个体农林牧副渔企业的教育费附加征收，由地方税务部门按销售收入的1．5％～2％征收。
二、国家教育税费的使用方向
国家教育法律法规对国家教育税费的用途有明确规定：全国统一征收的两项教育费附加的所征款项主要用于普及九年义务教育．但其管理方式各有特点。
（一）农村教育事业费附加的使用方向
国家规定，农村教育事业费附加收入要取之于乡，用之于乡。征收的教育费附加要纳入预算外管理，在乡财政中设立“教育事业费附加收入”核算科目。在20世纪80年代，农村教育费附加的开支范围，主要是用于民办教师补助、福利费、改善基础教育的教学设施和中小学公用经费，以及当地教育事业发展经费。在国务院《关于〈中国教育改革和发展纲要〉的实施意见》中提出，教育费附加主要用于农村民办教师补贴和补充学校公用经费，不能扣减，更不得挪用。
有的省规定，乡镇征收的农村教育事业费附加存入县级人民政府教育主管部门为财政开设的预算外资金专户，主要用于支付本乡镇范围内民办教师工资的民助部分，补充学校公用经费。在一些政府的配套文件上，在强调“乡征县管乡用”体制的基础上，一些地方还规定，属于一次性的学校基本建设投资，仍由乡、村分级负责，不列入农村教育事业费附加的开支范围。
山西省政府在《农村教育事业费附加征收管理使用实施办法》中规定：教育经费实行乡级财政管理的，乡镇教育行政部门在年初提出预算分配方案，经乡镇政府批准，教育行政部门安排使用，并上报县级教育行政部门备案；教育经费实施县级财政管理的，县（市、区）教育行政部门在年初提出分配方案，经县级政府批准，县（市、区）教育行政部门安排使用。农村教育费附加的使用范围是：民办教师工资的发放和弥补中小学公用经费的不足，以及师资培训、农村教育费附加征收先进单位奖励、因自然灾害所必需的统筹经费。
（二）“三税”教育费附加的使用方向
在“三税”教育费附加的具体管理程序和使用方向上，国家规定：
（1）教育费附力口主要留归当地安排使用，省、自治区、直辖市可根据各地征收教育费附加的实际情况，适当提取一部分数额，用于地区之间的调剂、平衡。
（2）教育费附加按专项资金管理，由教育部门统筹安排，提出分配方案，经同级财政部门同意后，用于改善中小学教学设施和办学条件，不得用于职工福利和发放奖金。
（3）铁道、人民银行、专业银行和保险总公司等汇总缴纳的教育费附加，由国务院教育行政主管部门按年度提出分配方案，经财政部同意后，用于全国基础教育的薄弱环节。
（4）地方各级教育部门每年应定期向当地人民政府、上级主管部门和财政部门报告教育费附加的收支情况。
（5）凡办有职工子弟学校的单位，应当先按国家规定缴纳教育费附加；所在地教育部门可根据它们办学的情况，将其缴纳的教育费附加中，每年按一定比例酌情返还一部分经费给办学单位，作为对所力、学校经费的补贴。国家还规定，办学单位不得借口缴纳子教育费附加而撤并学校，或者缩小办学规模。
依照国务院（征收教育费附加的暂行规定）精神，江西省规定，企业办有职工子弟学校的，县级以上人民政府应从其缴纳教育费附加中，每年返还一部分经费给办学单位，用于实施义务教育。返还的标准以当地当年教育费附加总收入在当地中小学生的生均占有额及自办普通中小学当年在校学生数为依据，同时，参照该单位缴纳教育费附加的数额和办学的层次、规模酌情返还。返还比例由市、区人民政府自定。设在农村的国营厂矿企业，其部分或大部分职工子女（非农业人口）需要在乡镇办中小学上学者，一般以县市教育行政部门从该企业缴纳的教育费附加中，酌情给有关乡镇人民政府补充办学经费。补贴的标准和数额由县市、乡镇协商确定。
针对有的省、自治区、直辖市自行将按“三税”计征的教育费附加的使用范围扩大到中专、技校等其他方面的问题，国家有关部门依据国务院的规定，在1991年提出明确要求，重申“三税”教育费附加应用于改善中小学教学设施和办学条件，不能扩大到中小学以外的中专、技校等其他方面。有的省在1996年教育法执法大检查中发现，有的地市将“三税”教育费附加用于其他方面（如党校）后，及时予以纠正。
国家要求．教育费附加不得顶抵财政拨款。为此，有些省市规定，征收教育费附加以后，各地、市、县、区仍要确保用于义务教育的财政拨款的增长高于财政经常性收入的增长，不得因征收教育费附加而减少正常的教育拨款。
三、地方政府开征的教育附加费的征收、管理与使用地方政府开征的教育附加费指的是中央人民政府授权各地方人民政府开征，用于发展教育事业的附加费项目。除全国统一规定的教育费附加的三个应征税种外，各地开征的地方附加费各具特色，例如专控商品附加费、基本建设附加费、旅馆床位附加费等。
（一）地方政府开征教育附加费的法律和政策依据
中共中央、国务院在《中国教育改革和发展纲要》中指出，要进一步完善城乡教育费附加征收办法的同时，明确规定：“地方政府还可根据当地教育发展的实际需要、经济状况和群众承受能力，开征其他用于教育的附加费。”
《中华人民共和国教育法》第五十七条规定：“省、自治区、直辖市人民政府根据国务院的有关规定，可以决定开征用于教育的地方附加费，专款专用。”《教育法》在规定了教育费附加作为公共教育财源的法定地位的同时，给予各地方政府根据国务院有关规定开征其他用于教育的地方附加费的决定权，体现了政府教育税费的地方性与灵活性。因此，地方政府开征地方教育附加费有了明确的法律依据。
（二）地方教育附加费的种类、计征比例和实施程序地方政府开征的教育附加费，按征收对象可分为两大类：集体组织交纳的教育附加费和个人交纳的教育附加费。
第一类是向社会集体组织征收的教育附加费。例如北京市对广告业征收教育事业发展费，在旅游饭店开征“社会事业费附加”，划出一定比例用于教育。从这些渠道筹集了数亿元的教育资金，缓解了办学经费不足问题，改善了办学环境和条件。又如山东省规定，按地方基本建设投资的一定比例征收教育费，对宾馆、旅社、招待所加收教育费；对社会集团购置小汽车征收教育附加费。吉林省在实施旅店住宿费、小汽车购置费中征收教育附加费，从工商罚没款中提取一部分用于教育，全省每年可增加5亿多元的教育投入，相当于财政预算内教育经费的1／3以上。
第二类是向个人征收的教育附加费。四川省从1995年起开征“职工个人教育费”。征收对象为中央和省级行政机关、人民团体、企业事业单位及外地驻蓉单位具有城镇户口的在职职工（含固定职工、合同制职工、退养人员、一年以上的临时工、计划外用工、“三资”企业的中方人员）。鼓励离退休职工自愿缴纳“个人教育费”。
吉林省各市州从1992年开始都在城市职工中实行征缴个人教育费，由公民个人按工资的一定比例交纳，已经坚持了多年。1993年仅长春市就征集到1600多万元，解决了该市教育事业的许多严重欠账问题。山东省也实行了按城镇企事业职工工资总额的一定比例征收教育费。
四川省省级“个人教育费”由四川省地方税务局直属分局负责征收，按职工本人工资总额的1％计征。具体办法是：职工个人工资总额以单位报统计部门的劳动工资统计资料为依据。单位在发放工资时代扣代收，然后统一向征收部门缴纳。单位可每月向征收机关缴纳，也可一年分两次（每年7月和次年1月）缴交征收机关。无论采取哪种办法，单位都必须于7月15日之前缴纳上半年的“个人教育费”，于次年1月15日之前缴纳下半年的“个人教育费”。
违反规定的，由省地方税务局直属分局按日加收2%。滞纳金。职工个人年工资总额在1500元以下者，由单位报省地方税务局审查同意后予以免收。
江西省人大常委会制定的地方法规《义务教育经费筹措和使用管理办法》对地方开征的、用于义务教育的附加费的项目做了规定：专控商品附加费；基本建设中小学修建附加费：农业税附加中用于义务教育的部分；城市维护建设税以总额的15％～20％用于中小学和幼儿园校舍的修建；用于义务教育的其他附加费。
（三）需要进一步研究的若干政策问题
1．征收主体问题
由于农村教育费附加不是一个税种，而是一个附加．并且所依附的税种又不存在，为地方税务部门执行农村教育费附加征收工作带来了困难。
2．管理体制问题
法律法规一方面规定农村教育费附加由地税部门征收，乡政府协助；另一方面又规定“乡征县管乡用”。这里的“乡征”就意味着由乡镇人民政府组织力量征收，乡镇不让地税部门征收，更不愿意让地税部门把附加划归县级教育行政部门统筹管理。
3．资金管理方式问题
1996年，国务院对几项金额较大的附加费的管理办法进行了调整，其中就包括农村教育费附加。不少地方未解决纳入预算管理的实际操作问题，有必要认真地研究解决。