为培养德智体全面发展的人才，使训练、教授、养护工作落到实处，杨昌济在研究古今中外课程体系的基础上，提出了普通中学开设11科（15门课程）的设想，即言语科（包括本国语言文学、外国语）、数学科、修身科、历史科、地理科、博物科（包括植物、动物、矿物）、理化科（包括物理、化学）、唱歌科、图画科、手工科、体操科，并将这11科分为三大类：言语、数学、修身等为日常生活所必需，也是学习其他学科的基础，为“基础的教科”；历史、地理、物理、化学、博物等以授予学生知识为目的，为“知识的教科”；而图画、唱歌、体操、手工以训练技能为目的，为“技能的教科”，进而对各学科的教授目的、内容、方法进行了精辟阐述。对于课程的排列组合，他认为，既要符合学生智力发达的程度，又要考虑教材内容的循序渐进，注意其科学性。就一门课程的内在关系而言，“即简单者、为他教科之基础者、具体者，宜先教之；复杂者、解释之要他科之智识者、抽象者，宜后教之。”某一课程如果需要两个以上的学期才能授完，教材内容的排列可采用阶段排列法或圆周排列法。“教授之际，务必谋各教科教材之联络”：其一，各门课程讲授同一事物，所用的术语必须相同，以避免混淆学生的概念；其二，各门课程的讲授内容，应该相互补充，彼此协助。为落实各学科的科学组合，教师必须做到两点：一要编制“教授细目”，二要具备多科知识和多种素养，即一专多能。
