(1)降低了医疗保险金的筹集比例
根据企业效益不佳的现状，为了减轻企业的负担，新方案的筹资比例与1994年九江、镇江两个试点城市的医改方案相比明显降低。“两江”试点时的筹资比例是工资总额的11%(其中个人交纳1%)，而新方案将筹资比例降到了8%(其中个人交纳2%)。这意味着医疗费用的支付标准要相应地降低，基本医疗保险的保障水平也要相应地降低，个人负担比例则要提高。
(2)严格划定了“个人账户”与“社会统筹”的支出范围
在前几年的医疗改革试点中，各地探索了多种“个人账户与社会统筹相结合”(简称“统账结合”)的模式。其中，最有特色的是“直通式”、“两立式”。“直通式”是指不分大小病和门诊住院，医疗费用都先从个人账户支付，个人账户用完后，超支到一定数额(比如个人年工资的5%)，再由社会统筹基金报销，但个人仍须自付一部分。这种“三段相通”的运作模式，保障水平较高，但激励和约束作用发挥不够，不利于统筹基金的平衡。“两立式”是指将个人账户和统筹基金完全划断，划定各自的支出范围。个人账户主要支付小额医疗费用和门诊医疗费用，超额自负；统筹基金主要支付大额医疗费用和住院医疗费用，个人仍要自负一定比例。这种方案增加了个人责任，约束力也明显增强。1994年九江、镇江医疗保险试点时采用的是“直通式”，但最后使得两地的统筹基金难以平衡。所以，在国务院1998年颁布的《决定》中规定：“统筹基金和个人账户要划定各自的支付范围，分别核算，不得相互挤占。”这实际上表明，新的医改方案采用的是“两立式”。这种模式一方面有利于个人医疗账户的合理使用，减轻了统筹基金的支付压力，但另一方面，不可否认对于一些身体素质较差、大病小病不断的人来说，医疗费用自负的比重就较大，如果没有其他的医疗保险制度的支持，个人恐怕很难负担。1998年的新方案还提高了进入“统筹基金”的门槛。除划定了个人账户和社会统筹的支出范围，明确指出了统筹基金主要支付大额医疗费用和住院医疗费用之外，还规定了“统筹基金”的起付标准。即职工生了大病，符合“统筹基金”支付范围的，如果医疗费用没有超过个人年工资的10%，须自己负担，只有超过年工资10%的部分才能按比例在“统筹基金”中报销。1994年、1996年医疗改革试点方案也规定了进入“统筹基金”起付标准，但主要是在“直通式”模式下运作，而且起付标准是超过职工年工资的5%。无疑，这也进一步加大了个人支付的力度。这也是1998年医疗保险改革方案“低水平”的一种体现。
(3)设立了“统筹基金”的“封顶线”
与“两江”医改试点没有“封顶线”不同，《决定》增加了“统筹基金”对最高支付限额的控制，规定最高支付额为当地职工年平均工资的4倍左右，并且明确指出“超过最高支付限额的医疗费用，可以通过商业医疗保险等途径解决”。根据全国40多个城市的抽样调查表明，这一“封顶线”为2万~3万元。这样一个数额对于一些治疗费用高达几十万元的大病来说是杯水车薪，超过“封顶线”的部分只能通过其他保障机制来弥补。在医疗费用超过“封顶线”的人员中，老年人口的比重是最大的。虽然《决定》明确指出：“退休人员参加基本医疗保险，个人不交纳基本医疗保险费。对退休人员个人账户的计入金额和个人负担医疗费的比例给予适当照顾。”但这对于减轻退休人员的医疗负担的作用仍是有限的。
综上所述，1998年以“低水平、广覆盖”为主要原则的基本医疗保险方案，是从保障全体城镇劳动者的基本医疗需求的角度制定的，它没有更多地考虑患病概率高的特殊群体。
这一制度实施的前提就是要建立多层次医疗保障制度予以补充。否则，一方面会导致一些特殊群体的医疗水平下降，造成部分人群“有病不能医”的严重后果；另一方面如果这些特殊群体没有其他的医疗费用来源，最终政府还是要在基本医疗保险中通过开“小口子”的办法来解决他们的医疗问题。此外，患者可能采取诸如支用其他家庭成员个人账户上的钱等手段来冲击基本医疗保险制度。这些无疑都会给基本医疗保险带来压力，影响基本医疗保险制度的实施。
医疗保险制度的改革已经产生了积极的社会影响。首先，它对促进国企改革和社会稳定发挥了作用。在一亿多参保人员中，65%是企业职工和退休人员。二是促进了参保人员的就医方式和医疗消费观的转变，参保人员比过去有了更多的就医选择权。三是推进了医疗服务和药品服务市场的竞争和健康发展。基本医疗保险用药范围、基本医疗保险诊疗项目、医疗服务设施范围和支付标准，以及基本医疗保险费用结算办法等管理措施加强了对医疗服务供方的约束，促使其提供成本更低、效率更高的服务。四是抑制了医疗费用不合理的增长势头。据统计，1990-1998年卫生系统综合医院人均门诊和住院费用年增长率分别为25.0%和23.7%，2001年分别降低为9%和5%。
截至2003年6月底，全国基本医疗保险覆盖人数达1.10094亿元，全国大部分地区(98%)都启动了医疗保险制度。改革取得了阶段性的成果，其标志是：基本医疗保险制度的政策体系基本形成；统一的医疗保障管理系统基本建立；医疗保险制度运行基本平稳；医疗保险的保障功能基本得到发挥。
2.2.3多层次医疗保障体系的组成部分
根据目前我国的生产力发展水平，医疗保险体系应该由基本医疗保险、商业医疗保险、职工大病补充医疗保险、互助医疗基金、老年人口医疗专项基金等5个层次组成。这5个层次构筑了多道防线。其中基本医疗保险的个人账户构成了职工医疗的第一道防线，职工平时有一些小病痛可通过个人账户解决。当发生了大病，属于统筹基金的支付范围，并达到统筹基金支付起点但低于最高限额时，则由社会统筹基金承担大部分医疗费用，社会统筹基金则构成了第二道防线。当职工得了重病，医疗费用超出了“封顶线”，那么大病保险就成了第三道防线。商业医疗保险、互助医疗基金则主要作为那些长期患病、患重病职工医疗资金的重要补充来源。此外，对于那些高龄退休职工的医疗，则可以通过老年人口医疗专项基金来加以帮助。这便形成了以基本医疗保险为基础，职工大病补充医疗保险为延伸，商业医疗保险、互助医疗基金、老人医疗专项基金为补充的“五位一体”的职工医疗保险体系。
2.2.4多层次医疗保障体系的特点
(1)覆盖面广泛
中国的医疗保障体系是一个内容广泛、形式多样的制度体系。它的建设目标应该是：在坚持公平、效率和可持续发展的原则基础上，逐渐建立能够涵盖全社会成员的医疗保障制度。在建设中，特别要区别对待各类人群的疾病风险情况，建立与社会经济发展阶段相适应的多种风险防范机制，通过社会经济政策维护和改善全体人民的健康水平。要直面资源紧缺这一现实，努力建立一种保障机制：即人人具有同等机会享受医疗保障。在建设之初，可以通过设计、实施一个多层次医疗保障体系，该体系不仅包括城镇从业人员，还应包括城镇从业人员家属、其他城镇人口，以及所有农业人口。为了适应经济全球化的大趋势，应考虑将来华常住人口纳入这个医疗保障体系。要努力形成一种架构，即每一个社会成员都可以根据自身条件，在这个体系中寻找到有效的、可持续的保障模式。
(2)体系建设多层次
中国医疗保障体系的构成按机制划分可分为保险和非保险两大板块。在保险板块中，可分为强制性与非强制性两大类。强制性保险又称法定医疗保险，包括政府医疗保险和社会医疗保险。非强制性保险包括营利性和非营利性医疗保险。在非保险板块中，社会福利与家庭职能是构成系统的基本模块。社会福利包括慈善事业和公益事业，家庭职能则是家庭收入储蓄、家庭照顾和家庭成员自我保健的综合。
(3)保障模式多样化
政府医疗保险是政府为特定人群直接提供的医疗保险，具有很强的福利性，具体形式是国家公务员医疗补助和特殊人群医疗保险，如离休人员、伤残军人、学生等特殊人群的医疗保险。
社会医疗保险的特点是：政府以法规的形式强制性实施，由个人、单位、政府三方出资。我国目前实行的城镇职工基本医疗保险，以及地方通过政策法规，强制实施的大额医疗费用补助都是社会医疗保险。中国的社会医疗保险在整个多层次医疗保障体系建设中目前处于核心地位。
非强制性医疗保险主要以互助保险、商业保险等具体形式出现，针对不同人群提供灵活多样的保险产品，没有目标人群限制。
现阶段互助保险包括正在重建的农村合作医疗、企业或行业为提高职工医疗保险待遇而自愿建立的补充医疗保险。互助保险的特点包括：由民间组织提供；在封闭的人群之间实行疾病风险共济，待遇是弹性的；具有一定的福利性；保险基金管理非市场化，独立经营，风险由参保人和组织管理者共担；一般是非营利性的。
商业医疗保险是商业医疗保险公司以风险管理技术为基础，按市场需求提供的保险产品。其特点包括：目标人群是开放的，待遇是刚性的；保险基金管理市场化，独立经营，风险由保险公司自负；一般的保险产品是以营利为目的开发的。但商业医疗保险公司也可能经营一些非营利性的保险项目。
非保险机制是现代医疗保险体系的重要板块，其保障功能是通过公共卫生服务、医疗救助以及家庭保障等模式来实现的。
公共卫生服务是社会公益事业，一般由政府组织实施，覆盖全体社会成员，主要提供预防保健、传染病和地方病防治等卫生服务。
医疗救助是慈善事业，是指政府或者慈善组织筹集资金，为生活在法定最低生活水平线以下的社会成员提供医疗援助的一种社会保障模式。医疗救助是整个社会医疗保障体系的最后防线，特点是低水平、暂时性，只能起到应急作用。
家庭保障是最原始的一种保障方式，它只覆盖家庭成员。家庭保障是家庭成员的法定责任和道德义务，是分散、化解医疗风险的基础，具有保障面广、形式多样、符合中国文化传统等特点，是现代医疗保障体系不容忽视的重要层次。随着人类社会进入工业化，人口的流动性加大，家庭保障功能虽然受到冲击，部分家庭的保障功能逐步被社会保障功能替代，但是，家庭保障在所有保障形式中的基础地位不容置疑。目前我国正处于工业化快速发展时期，家庭保障功能削弱的趋势应该引起重视。
(4)资金来源多渠道
在多层次的医疗保障体系中，政府对社会成员医疗保障的责任主要体现在公共卫生服务、医疗救助和政府医疗保险。这三者的资金来源主要是政府，但政府也可通过各种方式向社会筹资或接受社会团体捐助，扩大政府履行责任的资源。我国目前的社会医疗保险主要是指城镇职工基本医疗保险，它的资金主要来源于参保职工和单位缴纳的保费，国家支付管理费用。互助保险和商业医疗保险公司经营的非营利性医疗保险资金来源于参保单位和参保人。商业性医疗保险的资金主要来源于参保人缴纳的保费。家庭保障则主要依赖于家庭收入和储蓄。
(5)经营主体多元化
我国目前存在的各个医疗保障模式，其经营主体主要以政府和政府委托机构为主。
随着互助保险和商业保险、公共事业民营化管理的发展，经营主体多元化的格局将更加明显。
目前社会医疗保险是由统筹地区的医疗保险机构代表政府经营。现在比较流行的看法是社会医疗保险必须由政府来经营，其实这是一个认识上的误区。在统筹地区较小、政府的医疗保险基金管理机构缺乏专业管理人才的情况下，由政府直接管理可能加大保险基金运行的风险。为了提高医疗保险基金的回报率，降低风险，有些国家的社会医疗保险基金实行民营化管理，做到“政事分开”。例如德国有上百家医疗保险协会经营法定的医疗保险基金，美国的医疗照顾计划的基金可以由政府委托民间的健康维护组织经营。
(6)监督管理一体化
在多层次医疗保障体系中，监督和管理要在政府统一领导下进行。在社会保险和政府保险模式下，政府实际上是保险计划的承办者，对保险计划负最终责任，所以政府对此有一套严格的监管标准，包括保险覆盖人群、保险待遇、基金管理机构的准入、基金操作规范等。
对于非强制性保险，参保人和保险人自由签订的协议，政府不直接干预保险计划的运行。但政府为维护参保人利益、维护社会经济稳定，必须对其进行引导和监管。政府主要是通过税收政策、市场准入制度、产品审核、基金管理规范等手段对非强制性保险进行引导和监管。